Fix swapped fasta/fastq

Replace example sequence with COV19 reference instead of HIV.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

3 files changed, 432 insertions, 215 deletions

diff --git a/bh20seqanalyzer/main.py b/bh20seqanalyzer/main.py
index c05b402..7626662 100644
--- a/bh20seqanalyzer/main.py
+++ b/bh20seqanalyzer/main.py
@@ -47,6 +47,7 @@ def validate_upload(api, collection, validated_project,
                 valid = False
         else:
             if "reads.fastq" in col:
+                logging.info("Upload '%s' running fastq2fasta", collection["name"])
                 start_fastq_to_fasta(api, collection, fastq_project, fastq_workflow_uuid)
                 return False
             else:
diff --git a/bh20sequploader/qc_fasta.py b/bh20sequploader/qc_fasta.py
index e3d4fe7..e47d66b 100644
--- a/bh20sequploader/qc_fasta.py
+++ b/bh20sequploader/qc_fasta.py
@@ -21,8 +21,8 @@ def qc_fasta(sequence):
                 raise ValueError("FASTA file contains multiple entries")
                 break
         sequence.seek(0)
-        return "reads.fastq"
-    elif seq_type == "text/fastq":
         return "sequence.fasta"
+    elif seq_type == "text/fastq":
+        return "reads.fastq"
     else:
         raise ValueError("Sequence file does not look like FASTA or FASTQ")
diff --git a/example/sequence.fasta b/example/sequence.fasta
index 3c4c0ef..b364687 100644
--- a/example/sequence.fasta
+++ b/example/sequence.fasta
@@ -1,214 +1,430 @@
->AF324493.2 HIV-1 vector pNL4-3, complete sequence
-TGGAAGGGCTAATTTGGTCCCAAAAAAGACAAGAGATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTA
-CTTCCCTGATTGGCAGAACTACACACCAGGGCCAGGGATCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGTGCTTC
-AAGTTAGTACCAGTTGAACCAGAGCAAGTAGAAGAGGCCAATGAAGGAGAGAACAACAGCTTGTTACACC
-CTATGAGCCAGCATGGGATGGAGGACCCGGAGGGAGAAGTATTAGTGTGGAAGTTTGACAGCCTCCTAGC
-ATTTCGTCACATGGCCCGAGAGCTGCATCCGGAGTACTACAAAGACTGCTGACATCGAGCTTTCTACAAG
-GGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCAGGGAGGTGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGAT
-GCTACATATAAGCAGCTGCTTTTTGCCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGC
-TCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTCAAAGTAGTGTG
-TGCCCGTCTGTTGTGTGACTCTGGTAACTAGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAATCTCT
-AGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAAGTAAAGCCAGAGGAGATCTCTCGACGCAGGACTCG
-GCTTGCTGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGTGAGTACGCCAAAAATTTTGACTAGC
-GGAGGCTAGAAGGAGAGAGATGGGTGCGAGAGCGTCGGTATTAAGCGGGGGAGAATTAGATAAATGGGAA
-AAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAACAATATAAACTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAGGGAGC
-TAGAACGATTCGCAGTTAATCCTGGCCTTTTAGAGACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACAGCT
-ACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCATTATATAATACAATAGCAGTCCTCTATTGT
-GTGCATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCCTTAGATAAGATAGAGGAAGAGCAAAACAAAA
-GTAAGAAAAAGGCACAGCAAGCAGCAGCTGACACAGGAAACAACAGCCAGGTCAGCCAAAATTACCCTAT
-AGTGCAGAACCTCCAGGGGCAAATGGTACATCAGGCCATATCACCTAGAACTTTAAATGCATGGGTAAAA
-GTAGTAGAAGAGAAGGCTTTCAGCCCAGAAGTAATACCCATGTTTTCAGCATTATCAGAAGGAGCCACCC
-CACAAGATTTAAATACCATGCTAAACACAGTGGGGGGACATCAAGCAGCCATGCAAATGTTAAAAGAGAC
-CATCAATGAGGAAGCTGCAGAATGGGATAGATTGCATCCAGTGCATGCAGGGCCTATTGCACCAGGCCAG
-ATGAGAGAACCAAGGGGAAGTGACATAGCAGGAACTACTAGTACCCTTCAGGAACAAATAGGATGGATGA
-CACATAATCCACCTATCCCAGTAGGAGAAATCTATAAAAGATGGATAATCCTGGGATTAAATAAAATAGT
-AAGAATGTATAGCCCTACCAGCATTCTGGACATAAGACAAGGACCAAAGGAACCCTTTAGAGACTATGTA
-GACCGATTCTATAAAACTCTAAGAGCCGAGCAAGCTTCACAAGAGGTAAAAAATTGGATGACAGAAACCT
-TGTTGGTCCAAAATGCGAACCCAGATTGTAAGACTATTTTAAAAGCATTGGGACCAGGAGCGACACTAGA
-AGAAATGATGACAGCATGTCAGGGAGTGGGGGGACCCGGCCATAAAGCAAGAGTTTTGGCTGAAGCAATG
-AGCCAAGTAACAAATCCAGCTACCATAATGATACAGAAAGGCAATTTTAGGAACCAAAGAAAGACTGTTA
-AGTGTTTCAATTGTGGCAAAGAAGGGCACATAGCCAAAAATTGCAGGGCCCCTAGGAAAAAGGGCTGTTG
-GAAATGTGGAAAGGAAGGACACCAAATGAAAGATTGTACTGAGAGACAGGCTAATTTTTTAGGGAAGATC
-TGGCCTTCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAATTTTCTTCAGAGCAGACCAGAGCCAACAGCCCCACCAGAAG
-AGAGCTTCAGGTTTGGGGAAGAGACAACAACTCCCTCTCAGAAGCAGGAGCCGATAGACAAGGAACTGTA
-TCCTTTAGCTTCCCTCAGATCACTCTTTGGCAGCGACCCCTCGTCACAATAAAGATAGGGGGGCAATTAA
-AGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGAAATGAATTTGCCAGGAAGATGGAA
-ACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGTTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGATACTCATAGAAATC
-TGCGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCTACACCTGTCAACATAATTGGAAGAAATCTGT
-TGACTCAGATTGGCTGCACTTTAAATTTTCCCATTAGTCCTATTGAGACTGTACCAGTAAAATTAAAGCC
-AGGAATGGATGGCCCAAAAGTTAAACAATGGCCATTGACAGAAGAAAAAATAAAAGCATTAGTAGAAATT
-TGTACAGAAATGGAAAAGGAAGGAAAAATTTCAAAAATTGGGCCTGAAAATCCATACAATACTCCAGTAT
-TTGCCATAAAGAAAAAAGACAGTACTAAATGGAGAAAATTAGTAGATTTCAGAGAACTTAATAAGAGAAC
-TCAAGATTTCTGGGAAGTTCAATTAGGAATACCACATCCTGCAGGGTTAAAACAGAAAAAATCAGTAACA
-GTACTGGATGTGGGCGATGCATATTTTTCAGTTCCCTTAGATAAAGACTTCAGGAAGTATACTGCATTTA
-CCATACCTAGTATAAACAATGAGACACCAGGGATTAGATATCAGTACAATGTGCTTCCACAGGGATGGAA
-AGGATCACCAGCAATATTCCAGTGTAGCATGACAAAAATCTTAGAGCCTTTTAGAAAACAAAATCCAGAC
-ATAGTCATCTATCAATACATGGATGATTTGTATGTAGGATCTGACTTAGAAATAGGGCAGCATAGAACAA
-AAATAGAGGAACTGAGACAACATCTGTTGAGGTGGGGATTTACCACACCAGACAAAAAACATCAGAAAGA
-ACCTCCATTCCTTTGGATGGGTTATGAACTCCATCCTGATAAATGGACAGTACAGCCTATAGTGCTGCCA
-GAAAAGGACAGCTGGACTGTCAATGACATACAGAAATTAGTGGGAAAATTGAATTGGGCAAGTCAGATTT
-ATGCAGGGATTAAAGTAAGGCAATTATGTAAACTTCTTAGGGGAACCAAAGCACTAACAGAAGTAGTACC
-ACTAACAGAAGAAGCAGAGCTAGAACTGGCAGAAAACAGGGAGATTCTAAAAGAACCGGTACATGGAGTG
-TATTATGACCCATCAAAAGACTTAATAGCAGAAATACAGAAGCAGGGGCAAGGCCAATGGACATATCAAA
-TTTATCAAGAGCCATTTAAAAATCTGAAAACAGGAAAGTATGCAAGAATGAAGGGTGCCCACACTAATGA
-TGTGAAACAATTAACAGAGGCAGTACAAAAAATAGCCACAGAAAGCATAGTAATATGGGGAAAGACTCCT
-AAATTTAAATTACCCATACAAAAGGAAACATGGGAAGCATGGTGGACAGAGTATTGGCAAGCCACCTGGA
-TTCCTGAGTGGGAGTTTGTCAATACCCCTCCCTTAGTGAAGTTATGGTACCAGTTAGAGAAAGAACCCAT
-AATAGGAGCAGAAACTTTCTATGTAGATGGGGCAGCCAATAGGGAAACTAAATTAGGAAAAGCAGGATAT
-GTAACTGACAGAGGAAGACAAAAAGTTGTCCCCCTAACGGACACAACAAATCAGAAGACTGAGTTACAAG
-CAATTCATCTAGCTTTGCAGGATTCGGGATTAGAAGTAAACATAGTGACAGACTCACAATATGCATTGGG
-AATCATTCAAGCACAACCAGATAAGAGTGAATCAGAGTTAGTCAGTCAAATAATAGAGCAGTTAATAAAA
-AAGGAAAAAGTCTACCTGGCATGGGTACCAGCACACAAAGGAATTGGAGGAAATGAACAAGTAGATAAAT
-TGGTCAGTGCTGGAATCAGGAAAGTACTATTTTTAGATGGAATAGATAAGGCCCAAGAAGAACATGAGAA
-ATATCACAGTAATTGGAGAGCAATGGCTAGTGATTTTAACCTACCACCTGTAGTAGCAAAAGAAATAGTA
-GCCAGCTGTGATAAATGTCAGCTAAAAGGGGAAGCCATGCATGGACAAGTAGACTGTAGCCCAGGAATAT
-GGCAGCTAGATTGTACACATTTAGAAGGAAAAGTTATCTTGGTAGCAGTTCATGTAGCCAGTGGATATAT
-AGAAGCAGAAGTAATTCCAGCAGAGACAGGGCAAGAAACAGCATACTTCCTCTTAAAATTAGCAGGAAGA
-TGGCCAGTAAAAACAGTACATACAGACAATGGCAGCAATTTCACCAGTACTACAGTTAAGGCCGCCTGTT
-GGTGGGCGGGGATCAAGCAGGAATTTGGCATTCCCTACAATCCCCAAAGTCAAGGAGTAATAGAATCTAT
-GAATAAAGAATTAAAGAAAATTATAGGACAGGTAAGAGATCAGGCTGAACATCTTAAGACAGCAGTACAA
-ATGGCAGTATTCATCCACAATTTTAAAAGAAAAGGGGGGATTGGGGGGTACAGTGCAGGGGAAAGAATAG
-TAGACATAATAGCAACAGACATACAAACTAAAGAATTACAAAAACAAATTACAAAAATTCAAAATTTTCG
-GGTTTATTACAGGGACAGCAGAGATCCAGTTTGGAAAGGACCAGCAAAGCTCCTCTGGAAAGGTGAAGGG
-GCAGTAGTAATACAAGATAATAGTGACATAAAAGTAGTGCCAAGAAGAAAAGCAAAGATCATCAGGGATT
-ATGGAAAACAGATGGCAGGTGATGATTGTGTGGCAAGTAGACAGGATGAGGATTAACACATGGAAAAGAT
-TAGTAAAACACCATATGTATATTTCAAGGAAAGCTAAGGACTGGTTTTATAGACATCACTATGAAAGTAC
-TAATCCAAAAATAAGTTCAGAAGTACACATCCCACTAGGGGATGCTAAATTAGTAATAACAACATATTGG
-GGTCTGCATACAGGAGAAAGAGACTGGCATTTGGGTCAGGGAGTCTCCATAGAATGGAGGAAAAAGAGAT
-ATAGCACACAAGTAGACCCTGACCTAGCAGACCAACTAATTCATCTGCACTATTTTGATTGTTTTTCAGA
-ATCTGCTATAAGAAATACCATATTAGGACGTATAGTTAGTCCTAGGTGTGAATATCAAGCAGGACATAAC
-AAGGTAGGATCTCTACAGTACTTGGCACTAGCAGCATTAATAAAACCAAAACAGATAAAGCCACCTTTGC
-CTAGTGTTAGGAAACTGACAGAGGACAGATGGAACAAGCCCCAGAAGACCAAGGGCCACAGAGGGAGCCA
-TACAATGAATGGACACTAGAGCTTTTAGAGGAACTTAAGAGTGAAGCTGTTAGACATTTTCCTAGGATAT
-GGCTCCATAACTTAGGACAACATATCTATGAAACTTACGGGGATACTTGGGCAGGAGTGGAAGCCATAAT
-AAGAATTCTGCAACAACTGCTGTTTATCCATTTCAGAATTGGGTGTCGACATAGCAGAATAGGCGTTACT
-CGACAGAGGAGAGCAAGAAATGGAGCCAGTAGATCCTAGACTAGAGCCCTGGAAGCATCCAGGAAGTCAG
-CCTAAAACTGCTTGTACCAATTGCTATTGTAAAAAGTGTTGCTTTCATTGCCAAGTTTGTTTCATGACAA
-AAGCCTTAGGCATCTCCTATGGCAGGAAGAAGCGGAGACAGCGACGAAGAGCTCATCAGAACAGTCAGAC
-TCATCAAGCTTCTCTATCAAAGCAGTAAGTAGTACATGTAATGCAACCTATAATAGTAGCAATAGTAGCA
-TTAGTAGTAGCAATAATAATAGCAATAGTTGTGTGGTCCATAGTAATCATAGAATATAGGAAAATATTAA
-GACAAAGAAAAATAGACAGGTTAATTGATAGACTAATAGAAAGAGCAGAAGACAGTGGCAATGAGAGTGA
-AGGAGAAGTATCAGCACTTGTGGAGATGGGGGTGGAAATGGGGCACCATGCTCCTTGGGATATTGATGAT
-CTGTAGTGCTACAGAAAAATTGTGGGTCACAGTCTATTATGGGGTACCTGTGTGGAAGGAAGCAACCACC
-ACTCTATTTTGTGCATCAGATGCTAAAGCATATGATACAGAGGTACATAATGTTTGGGCCACACATGCCT
-GTGTACCCACAGACCCCAACCCACAAGAAGTAGTATTGGTAAATGTGACAGAAAATTTTAACATGTGGAA
-AAATGACATGGTAGAACAGATGCATGAGGATATAATCAGTTTATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTA
-AAATTAACCCCACTCTGTGTTAGTTTAAAGTGCACTGATTTGAAGAATGATACTAATACCAATAGTAGTA
-GCGGGAGAATGATAATGGAGAAAGGAGAGATAAAAAACTGCTCTTTCAATATCAGCACAAGCATAAGAGA
-TAAGGTGCAGAAAGAATATGCATTCTTTTATAAACTTGATATAGTACCAATAGATAATACCAGCTATAGG
-TTGATAAGTTGTAACACCTCAGTCATTACACAGGCCTGTCCAAAGGTATCCTTTGAGCCAATTCCCATAC
-ATTATTGTGCCCCGGCTGGTTTTGCGATTCTAAAATGTAATAATAAGACGTTCAATGGAACAGGACCATG
-TACAAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATCAGGCCAGTAGTATCAACTCAACTGCTGTTAAAT
-GGCAGTCTAGCAGAAGAAGATGTAGTAATTAGATCTGCCAATTTCACAGACAATGCTAAAACCATAATAG
-TACAGCTGAACACATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATCCGTAT
-CCAGAGGGGACCAGGGAGAGCATTTGTTACAATAGGAAAAATAGGAAATATGAGACAAGCACATTGTAAC
-ATTAGTAGAGCAAAATGGAATGCCACTTTAAAACAGATAGCTAGCAAATTAAGAGAACAATTTGGAAATA
-ATAAAACAATAATCTTTAAGCAATCCTCAGGAGGGGACCCAGAAATTGTAACGCACAGTTTTAATTGTGG
-AGGGGAATTTTTCTACTGTAATTCAACACAACTGTTTAATAGTACTTGGTTTAATAGTACTTGGAGTACT
-GAAGGGTCAAATAACACTGAAGGAAGTGACACAATCACACTCCCATGCAGAATAAAACAATTTATAAACA
-TGTGGCAGGAAGTAGGAAAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCAGTGGACAAATTAGATGTTCATCAAATAT
-TACTGGGCTGCTATTAACAAGAGATGGTGGTAATAACAACAATGGGTCCGAGATCTTCAGACCTGGAGGA
-GGCGATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAAAAATTGAACCATTAGGAG
-TAGCACCCACCAAGGCAAAGAGAAGAGTGGTGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTTTGTT
-CCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACTATGGGCGCAGCGTCAATGACGCTGACGGTACAGGCCAGA
-CAATTATTGTCTGATATAGTGCAGCAGCAGAACAATTTGCTGAGGGCTATTGAGGCGCAACAGCATCTGT
-TGCAACTCACAGTCTGGGGCATCAAACAGCTCCAGGCAAGAATCCTGGCTGTGGAAAGATACCTAAAGGA
-TCAACAGCTCCTGGGGATTTGGGGTTGCTCTGGAAAACTCATTTGCACCACTGCTGTGCCTTGGAATGCT
-AGTTGGAGTAATAAATCTCTGGAACAGATTTGGAATAACATGACCTGGATGGAGTGGGACAGAGAAATTA
-ACAATTACACAAGCTTAATACACTCCTTAATTGAAGAATCGCAAAACCAGCAAGAAAAGAATGAACAAGA
-ATTATTGGAATTAGATAAATGGGCAAGTTTGTGGAATTGGTTTAACATAACAAATTGGCTGTGGTATATA
-AAATTATTCATAATGATAGTAGGAGGCTTGGTAGGTTTAAGAATAGTTTTTGCTGTACTTTCTATAGTGA
-ATAGAGTTAGGCAGGGATATTCACCATTATCGTTTCAGACCCACCTCCCAATCCCGAGGGGACCCGACAG
-GCCCGAAGGAATAGAAGAAGAAGGTGGAGAGAGAGACAGAGACAGATCCATTCGATTAGTGAACGGATCC
-TTAGCACTTATCTGGGACGATCTGCGGAGCCTGTGCCTCTTCAGCTACCACCGCTTGAGAGACTTACTCT
-TGATTGTAACGAGGATTGTGGAACTTCTGGGACGCAGGGGGTGGGAAGCCCTCAAATATTGGTGGAATCT
-CCTACAGTATTGGAGTCAGGAACTAAAGAATAGTGCTGTTAACTTGCTCAATGCCACAGCCATAGCAGTA
-GCTGAGGGGACAGATAGGGTTATAGAAGTATTACAAGCAGCTTATAGAGCTATTCGCCACATACCTAGAA
-GAATAAGACAGGGCTTGGAAAGGATTTTGCTATAAGATGGGTGGCAAGTGGTCAAAAAGTAGTGTGATTG
-GATGGCCTGCTGTAAGGGAAAGAATGAGACGAGCTGAGCCAGCAGCAGATGGGGTGGGAGCAGTATCTCG
-AGACCTAGAAAAACATGGAGCAATCACAAGTAGCAATACAGCAGCTAACAATGCTGCTTGTGCCTGGCTA
-GAAGCACAAGAGGAGGAAGAGGTGGGTTTTCCAGTCACACCTCAGGTACCTTTAAGACCAATGACTTACA
-AGGCAGCTGTAGATCTTAGCCACTTTTTAAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGCTAATTCACTCCCAAAG
-AAGACAAGATATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTACTTCCCTGATTGGCAGAACTACACA
-CCAGGGCCAGGGGTCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGTGCTACAAGCTAGTACCAGTTGAGCCAGATA
-AGGTAGAAGAGGCCAATAAAGGAGAGAACACCAGCTTGTTACACCCTGTGAGCCTGCATGGAATGGATGA
-CCCTGAGAGAGAAGTGTTAGAGTGGAGGTTTGACAGCCGCCTAGCATTTCATCACGTGGCCCGAGAGCTG
-CATCCGGAGTACTTCAAGAACTGCTGACATCGAGCTTGCTACAAGGGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCAG
-GGAGGCGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGATGCTGCATATAAGCAGCTGCTTTTTG
-CCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACT
-GCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTTCAAGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTGACTCTGGT
-AACTAGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAATCTCTAGCACCCAGGAGGTAGAGGTTGCAG
-TGAGCCAAGATCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGCAAGAAAACAAGACTGTCTAAAATAATAATAATAA
-GTTAAGGGTATTAAATATATTTATACATGGAGGTCATAAAAATATATATATTTGGGCTGGGCGCAGTGGC
-TCACACCTGCGCCCGGCCCTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGTTTGGGAGTTCCAGACCAG
-CCTGACCAACATGGAGAAACCCCTTCTCTGTGTATTTTTAGTAGATTTTATTTTATGTGTATTTTATTCA
-CAGGTATTTCTGGAAAACTGAAACTGTTTTTCCTCTACTCTGATACCACAAGAATCATCAGCACAGAGGA
-AGACTTCTGTGATCAAATGTGGTGGGAGAGGGAGGTTTTCACCAGCACATGAGCAGTCAGTTCTGCCGCA
-GACTCGGCGGGTGTCCTTCGGTTCAGTTCCAACACCGCCTGCCTGGAGAGAGGTCAGACCACAGGGTGAG
-GGCTCAGTCCCCAAGACATAAACACCCAAGACATAAACACCCAACAGGTCCACCCCGCCTGCTGCCCAGG
-CAGAGCCGATTCACCAAGACGGGAATTAGGATAGAGAAAGAGTAAGTCACACAGAGCCGGCTGTGCGGGA
-GAACGGAGTTCTATTATGACTCAAATCAGTCTCCCCAAGCATTCGGGGATCAGAGTTTTTAAGGATAACT
-TAGTGTGTAGGGGGCCAGTGAGTTGGAGATGAAAGCGTAGGGAGTCGAAGGTGTCCTTTTGCGCCGAGTC
-AGTTCCTGGGTGGGGGCCACAAGATCGGATGAGCCAGTTTATCAATCCGGGGGTGCCAGCTGATCCATGG
-AGTGCAGGGTCTGCAAAATATCTCAAGCACTGATTGATCTTAGGTTTTACAATAGTGATGTTACCCCAGG
-AACAATTTGGGGAAGGTCAGAATCTTGTAGCCTGTAGCTGCATGACTCCTAAACCATAATTTCTTTTTTG
-TTTTTTTTTTTTTATTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCAC
-AGCTCACTGCAGCCTCAACGTCGTAAGCTCAAGCGATCCTCCCACCTCAGCCTGCCTGGTAGCTGAGACT
-ACAAGCGACGCCCCAGTTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGGCAGCGTTTTGCCGTGTGGCCCTGGCTGGT
-CTCGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGACAACCGGGGCCAGTCACT
-GCACCTGGCCCTAAACCATAATTTCTAATCTTTTGGCTAATTTGTTAGTCCTACAAAGGCAGTCTAGTCC
-CCAGGCAAAAAGGGGGTTTGTTTCGGGAAAGGGCTGTTACTGTCTTTGTTTCAAACTATAAACTAAGTTC
-CTCCTAAACTTAGTTCGGCCTACACCCAGGAATGAACAAGGAGAGCTTGGAGGTTAGAAGCACGATGGAA
-TTGGTTAGGTCAGATCTCTTTCACTGTCTGAGTTATAATTTTGCAATGGTGGTTCAAAGACTGCCCGCTT
-CTGACACCAGTCGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCT
-TCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAA
-AGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCA
-AAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCAT
-CACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCC
-CTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCC
-TTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCC
-AAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTG
-AGTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAG
-GTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGAACAGTATTT
-GGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAA
-CCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGA
-AGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTC
-ATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAA
-GTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTG
-TCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCA
-TCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCCACGCTCACCGGCTCCAGATTTATCAGCAATAAACC
-AGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTG
-TTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTGCTACAGGC
-ATCGTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTA
-CATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAAGTT
-GGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGA
-TGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCT
-CTTGCCCGGCGTCAATACGGGATAATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAA
-ACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCAAGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGT
-GCACCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAA
-ATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTA
-TTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAA
-ATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACAT
-TAACCTATAAAAATAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTCTCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCT
-CTGACACATGCAGCTCCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGT
-CAGGGCGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTAC
-TGAGAGTGCACCATATGCGGTGTGAAATACCGCACAGATGCGTAAGGAGAAAATACCGCATCAGGCGCCA
-TTCGCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGGGG
-AGGCAGAGATTGCAGTAAGCTGAGATCGCAGCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTAAGACTCTGTC
-TCAAAAATAAAATAAATAAATCAATCAGATATTCCAATCTTTTCCTTTATTTATTTATTTATTTTCTATT
-TTGGAAACACAGTCCTTCCTTATTCCAGAATTACACATATATTCTATTTTTCTTTATATGCTCCAGTTTT
-TTTTAGACCTTCACCTGAAATGTGTGTATACAAAATCTAGGCCAGTCCAGCAGAGCCTAAAGGTAAAAAA
-TAAAATAATAAAAAATAAATAAAATCTAGCTCACTCCTTCACATCAAAATGGAGATACAGCTGTTAGCAT
-TAAATACCAAATAACCCATCTTGTCCTCAATAATTTTAAGCGCCTCTCTCCACCACATCTAACTCCTGTC
-AAAGGCATGTGCCCCTTCCGGGCGCTCTGCTGTGCTGCCAACCAACTGGCATGTGGACTCTGCAGGGTCC
-CTAACTGCCAAGCCCCACAGTGTGCCCTGAGGCTGCCCCTTCCTTCTAGCGGCTGCCCCCACTCGGCTTT
-GCTTTCCCTAGTTTCAGTTACTTGCGTTCAGCCAAGGTCTGAAACTAGGTGCGCACAGAGCGGTAAGACT
-GCGAGAGAAAGAGACCAGCTTTACAGGGGGTTTATCACAGTGCACCCTGACAGTCGTCAGCCTCACAGGG
-GGTTTATCACATTGCACCCTGACAGTCGTCAGCCTCACAGGGGGTTTATCACAGTGCACCCTTACAATCA
-TTCCATTTGATTCACAATTTTTTTAGTCTCTACTGTGCCTAACTTGTAAGTTAAATTTGATCAGAGGTGT
-GTTCCCAGAGGGGAAAACAGTATATACAGGGTTCAGTACTATCGCATTTCAGGCCTCCACCTGGGTCTTG
-GAATGTGTCCCCCGAGGGGTGATGACTACCTCAGTTGGATCTCCACAGGTCACAGTGACACAAGATAACC
-AAGACACCTCCCAAGGCTACCACAATGGGCCGCCCTCCACGTGCACATGGCCGGAGGAACTGCCATGTCG
-GAGGTGCAAGCACACCTGCGCATCAGAGTCCTTGGTGTGGAGGGAGGGACCAGCGCAGCTTCCAGCCATC
-CACCTGATGAACAGAACCTAGGGAAAGCCCCAGTTCTACTTACACCAGGAAAGGC
+>NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA
+CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC
+TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG
+TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC
+CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC
+GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG
+CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT
+GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC
+GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT
+TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA
+GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG
+TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG
+CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG
+TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG
+CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA
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