From 1b1283131f3c684bfff2c1b165565957ac01b4be Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Peter Amstutz Date: Fri, 10 Apr 2020 16:11:29 -0400 Subject: Fix swapped fasta/fastq Replace example sequence with COV19 reference instead of HIV. Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz --- bh20seqanalyzer/main.py | 1 + bh20sequploader/qc_fasta.py | 4 +- example/sequence.fasta | 642 +++++++++++++++++++++++++++++--------------- 3 files changed, 432 insertions(+), 215 deletions(-) diff --git a/bh20seqanalyzer/main.py b/bh20seqanalyzer/main.py index c05b402..7626662 100644 --- a/bh20seqanalyzer/main.py +++ b/bh20seqanalyzer/main.py @@ -47,6 +47,7 @@ def validate_upload(api, collection, validated_project, valid = False else: if "reads.fastq" in col: + logging.info("Upload '%s' running fastq2fasta", collection["name"]) start_fastq_to_fasta(api, collection, fastq_project, fastq_workflow_uuid) return False else: diff --git a/bh20sequploader/qc_fasta.py b/bh20sequploader/qc_fasta.py index e3d4fe7..e47d66b 100644 --- a/bh20sequploader/qc_fasta.py +++ b/bh20sequploader/qc_fasta.py @@ -21,8 +21,8 @@ def qc_fasta(sequence): raise ValueError("FASTA file contains multiple entries") break sequence.seek(0) - return "reads.fastq" - elif seq_type == "text/fastq": return "sequence.fasta" + elif seq_type == "text/fastq": + return "reads.fastq" else: raise ValueError("Sequence file does not look like FASTA or FASTQ") diff --git a/example/sequence.fasta b/example/sequence.fasta index 3c4c0ef..b364687 100644 --- a/example/sequence.fasta +++ b/example/sequence.fasta @@ -1,214 +1,430 @@ ->AF324493.2 HIV-1 vector pNL4-3, complete sequence -TGGAAGGGCTAATTTGGTCCCAAAAAAGACAAGAGATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTA -CTTCCCTGATTGGCAGAACTACACACCAGGGCCAGGGATCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGTGCTTC -AAGTTAGTACCAGTTGAACCAGAGCAAGTAGAAGAGGCCAATGAAGGAGAGAACAACAGCTTGTTACACC -CTATGAGCCAGCATGGGATGGAGGACCCGGAGGGAGAAGTATTAGTGTGGAAGTTTGACAGCCTCCTAGC -ATTTCGTCACATGGCCCGAGAGCTGCATCCGGAGTACTACAAAGACTGCTGACATCGAGCTTTCTACAAG -GGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCAGGGAGGTGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGAT -GCTACATATAAGCAGCTGCTTTTTGCCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGC -TCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTCAAAGTAGTGTG 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