diff options
| -rw-r--r-- | README.md | 8 | ||||
| -rw-r--r-- | bh20seqanalyzer/main.py | 32 | ||||
| -rw-r--r-- | bh20sequploader/bh20seq-schema.yml | 5 | ||||
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| -rw-r--r-- | example/sequence.fasta | 642 |
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@@ -59,7 +59,7 @@ sudo apt install -y virtualenv git libcurl4-openssl-dev build-essential python3- pip3 install --user git+https://github.com/arvados/bh20-seq-resource.git@master ``` -3. **Make sure the tool is on your `PATH`.** THe `pip3` command will install the uploader in `.local/bin` inside your home directory. Your shell may not know to look for commands there by default. To fix this for the terminal you currently have open, run: +3. **Make sure the tool is on your `PATH`.** The `pip3` command will install the uploader in `.local/bin` inside your home directory. Your shell may not know to look for commands there by default. To fix this for the terminal you currently have open, run: ```sh export PATH=$PATH:$HOME/.local/bin @@ -126,10 +126,10 @@ For running/developing the uploader with GNU Guix see [INSTALL.md](./doc/INSTALL # Usage -Run the uploader with a FASTA file and accompanying metadata file in [JSON-LD format](https://json-ld.org/): +Run the uploader with a FASTA or FASTQ file and accompanying metadata file in JSON or YAML: ```sh -bh20-seq-uploader example/sequence.fasta example/metadata.json +bh20-seq-uploader example/sequence.fasta example/metadata.yaml ``` ## Workflow for Generating a Pangenome @@ -174,7 +174,7 @@ pip3 install gunicorn gunicorn bh20simplewebuploader.main:app ``` -This runs on [http://127.0.0.1:8000/](http://127.0.0.1:8000/) by default, but can be adjusted with various [gunicorn options](http://docs.gunicorn.org/en/latest/run.html#commonly-used-arguments) +This runs on [http://127.0.0.1:8000/](http://127.0.0.1:8000/) by default, but can be adjusted with various [gunicorn options](http://docs.gunicorn.org/en/latest/run.html#commonly-used-arguments). diff --git a/bh20seqanalyzer/main.py b/bh20seqanalyzer/main.py index c05b402..193a268 100644 --- a/bh20seqanalyzer/main.py +++ b/bh20seqanalyzer/main.py @@ -29,7 +29,7 @@ def validate_upload(api, collection, validated_project, else: try: metadata_content = ruamel.yaml.round_trip_load(col.open("metadata.yaml")) - metadata_content["id"] = "keep:%s/metadata.yaml" % collection["portable_data_hash"] + metadata_content["id"] = "http://arvados.org/keep:%s/metadata.yaml" % collection["portable_data_hash"] add_lc_filename(metadata_content, metadata_content["id"]) valid = qc_metadata(metadata_content) and valid except Exception as e: @@ -39,19 +39,21 @@ def validate_upload(api, collection, validated_project, logging.warn("Failed metadata qc") if valid: - if "sequence.fasta" in col: - try: - qc_fasta(col.open("sequence.fasta")) - except Exception as e: - logging.warn(e) - valid = False - else: - if "reads.fastq" in col: - start_fastq_to_fasta(api, collection, fastq_project, fastq_workflow_uuid) - return False - else: - valid = False - logging.warn("Upload '%s' missing sequence.fasta", collection["name"]) + tgt = None + for n in ("sequence.fasta", "reads.fastq"): + if n not in col: + continue + with col.open(n) as qf: + tgt = qc_fasta(qf) + if tgt != n: + logging.info("Expected %s but magic says it should be %s", n, tgt) + valid = False + elif tgt == "reads.fastq": + start_fastq_to_fasta(api, collection, fastq_project, fastq_workflow_uuid) + return False + if tgt is None: + valid = False + logging.warn("Upload '%s' does not contain sequence.fasta or reads.fastq", collection["name"]) dup = api.collections().list(filters=[["owner_uuid", "=", validated_project], ["portable_data_hash", "=", col.portable_data_hash()]]).execute() @@ -144,7 +146,7 @@ def start_pangenome_analysis(api, "class": "File", "location": "keep:%s/metadata.yaml" % v["portable_data_hash"] }) - inputobj["subjects"].append("keep:%s/sequence.fasta" % v["portable_data_hash"]) + inputobj["subjects"].append("http://arvados.org/keep:%s/sequence.fasta" % v["portable_data_hash"]) run_workflow(api, analysis_project, pangenome_workflow_uuid, "Pangenome analysis", inputobj) diff --git a/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml b/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml index a072bd7..8a22db1 100644 --- a/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml +++ b/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml @@ -169,11 +169,6 @@ $graph: virus: virusSchema? technology: technologySchema submitter: submitterSchema - submission: - type: string - jsonldPredicate: - _id: "@id" - #_type: "@id" id: doc: The subject (eg the fasta/fastq file) that the metadata describes type: string? diff --git a/bh20sequploader/qc_fasta.py b/bh20sequploader/qc_fasta.py index e3d4fe7..e47d66b 100644 --- a/bh20sequploader/qc_fasta.py +++ b/bh20sequploader/qc_fasta.py @@ -21,8 +21,8 @@ def qc_fasta(sequence): raise ValueError("FASTA file contains multiple entries") break sequence.seek(0) - return "reads.fastq" - elif seq_type == "text/fastq": return "sequence.fasta" + elif seq_type == "text/fastq": + return "reads.fastq" else: raise ValueError("Sequence file does not look like FASTA or FASTQ") diff --git a/bh20sequploader/qc_metadata.py b/bh20sequploader/qc_metadata.py index 38edcaa..e477f21 100644 --- a/bh20sequploader/qc_metadata.py +++ b/bh20sequploader/qc_metadata.py @@ -5,21 +5,10 @@ import pkg_resources import logging import traceback -class CustomFetcher(schema_salad.ref_resolver.DefaultFetcher): - def check_exists(sup, url): - if url.startswith("keep:"): - return True - else: - return super().check_exists(url) - - def supported_schemes(self): # type: () -> List[str] - return ["file", "http", "https", "mailto", "keep"] - - def qc_metadata(metadatafile): schema_resource = pkg_resources.resource_stream(__name__, "bh20seq-schema.yml") cache = {"https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml": schema_resource.read().decode("utf-8")} - (loader, + (document_loader, avsc_names, schema_metadata, metaschema_loader) = schema_salad.schema.load_schema("https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml", cache=cache) @@ -28,19 +17,6 @@ def qc_metadata(metadatafile): print(avsc_names) return False - document_loader = schema_salad.ref_resolver.Loader( - loader.ctx, - schemagraph=loader.graph, - foreign_properties=loader.foreign_properties, - idx=loader.idx, - cache=loader.cache, - fetcher_constructor=CustomFetcher, - skip_schemas=loader.skip_schemas, - url_fields=loader.url_fields, - allow_attachments=loader.allow_attachments, - session=loader.session, - ) - try: doc, metadata = schema_salad.schema.load_and_validate(document_loader, avsc_names, metadatafile, True) return True diff --git a/bh20simplewebuploader/main.py b/bh20simplewebuploader/main.py index bfc7762..383ef84 100644 --- a/bh20simplewebuploader/main.py +++ b/bh20simplewebuploader/main.py @@ -184,15 +184,17 @@ def receive_files(): # We're going to work in one directory per request dest_dir = tempfile.mkdtemp() + # The uploader will happily accept a FASTQ with this name fasta_dest = os.path.join(dest_dir, 'fasta.fa') metadata_dest = os.path.join(dest_dir, 'metadata.json') try: if 'fasta' not in request.files: return (render_template('error.html', - error_message="You did not include a FASTA file."), 403) + error_message="You did not include a FASTA or FASTQ file."), 403) try: with open(fasta_dest, 'wb') as out_stream: - copy_with_limit(request.files.get('fasta').stream, out_stream) + # Use a plausible file size limit for a little FASTQ + copy_with_limit(request.files.get('fasta').stream, out_stream, limit=50*1024*1024) except FileTooBigError as e: # Delegate to the 413 error handler return handle_large_file(e) diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/form.html b/bh20simplewebuploader/templates/form.html index 6720ec7..e870b66 100644 --- a/bh20simplewebuploader/templates/form.html +++ b/bh20simplewebuploader/templates/form.html @@ -116,9 +116,9 @@ This tool can be used to upload sequenced genomes of SARS-CoV-2 samples to the <a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca">Public SARS-CoV-2 Sequence Resource</a>. Your uploaded sequence will automatically be processed and incorporated into the public pangenome. </p> <div class="fasta-file-select"> - <label for="fasta">Select FASTA file for assembled genome (max 1MB):</label> + <label for="fasta">Select FASTA file of assembled genome, or FASTQ of reads (max 50MB):</label> <br> - <input type="file" id="fasta" name="fasta" accept=".fa,.fasta,.fna" required> + <input type="file" id="fasta" name="fasta" accept=".fa,.fasta,.fna,.fq" required> <br> </div> diff --git a/example/metadata.yaml b/example/metadata.yaml index a2f6e57..c780921 100644 --- a/example/metadata.yaml +++ b/example/metadata.yaml @@ -1,5 +1,3 @@ -submission: publicSequenceResource - host: host_id: XX1 host_species: string diff --git a/example/sequence.fasta b/example/sequence.fasta index 3c4c0ef..b364687 100644 --- a/example/sequence.fasta +++ b/example/sequence.fasta @@ -1,214 +1,430 @@ ->AF324493.2 HIV-1 vector pNL4-3, complete sequence -TGGAAGGGCTAATTTGGTCCCAAAAAAGACAAGAGATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTA -CTTCCCTGATTGGCAGAACTACACACCAGGGCCAGGGATCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGTGCTTC -AAGTTAGTACCAGTTGAACCAGAGCAAGTAGAAGAGGCCAATGAAGGAGAGAACAACAGCTTGTTACACC -CTATGAGCCAGCATGGGATGGAGGACCCGGAGGGAGAAGTATTAGTGTGGAAGTTTGACAGCCTCCTAGC -ATTTCGTCACATGGCCCGAGAGCTGCATCCGGAGTACTACAAAGACTGCTGACATCGAGCTTTCTACAAG -GGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCAGGGAGGTGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGAT -GCTACATATAAGCAGCTGCTTTTTGCCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGC -TCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTCAAAGTAGTGTG -TGCCCGTCTGTTGTGTGACTCTGGTAACTAGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAATCTCT -AGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAAGTAAAGCCAGAGGAGATCTCTCGACGCAGGACTCG -GCTTGCTGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGTGAGTACGCCAAAAATTTTGACTAGC -GGAGGCTAGAAGGAGAGAGATGGGTGCGAGAGCGTCGGTATTAAGCGGGGGAGAATTAGATAAATGGGAA -AAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAACAATATAAACTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAGGGAGC -TAGAACGATTCGCAGTTAATCCTGGCCTTTTAGAGACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACAGCT -ACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCATTATATAATACAATAGCAGTCCTCTATTGT -GTGCATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCCTTAGATAAGATAGAGGAAGAGCAAAACAAAA -GTAAGAAAAAGGCACAGCAAGCAGCAGCTGACACAGGAAACAACAGCCAGGTCAGCCAAAATTACCCTAT -AGTGCAGAACCTCCAGGGGCAAATGGTACATCAGGCCATATCACCTAGAACTTTAAATGCATGGGTAAAA -GTAGTAGAAGAGAAGGCTTTCAGCCCAGAAGTAATACCCATGTTTTCAGCATTATCAGAAGGAGCCACCC -CACAAGATTTAAATACCATGCTAAACACAGTGGGGGGACATCAAGCAGCCATGCAAATGTTAAAAGAGAC -CATCAATGAGGAAGCTGCAGAATGGGATAGATTGCATCCAGTGCATGCAGGGCCTATTGCACCAGGCCAG -ATGAGAGAACCAAGGGGAAGTGACATAGCAGGAACTACTAGTACCCTTCAGGAACAAATAGGATGGATGA -CACATAATCCACCTATCCCAGTAGGAGAAATCTATAAAAGATGGATAATCCTGGGATTAAATAAAATAGT -AAGAATGTATAGCCCTACCAGCATTCTGGACATAAGACAAGGACCAAAGGAACCCTTTAGAGACTATGTA -GACCGATTCTATAAAACTCTAAGAGCCGAGCAAGCTTCACAAGAGGTAAAAAATTGGATGACAGAAACCT -TGTTGGTCCAAAATGCGAACCCAGATTGTAAGACTATTTTAAAAGCATTGGGACCAGGAGCGACACTAGA -AGAAATGATGACAGCATGTCAGGGAGTGGGGGGACCCGGCCATAAAGCAAGAGTTTTGGCTGAAGCAATG -AGCCAAGTAACAAATCCAGCTACCATAATGATACAGAAAGGCAATTTTAGGAACCAAAGAAAGACTGTTA -AGTGTTTCAATTGTGGCAAAGAAGGGCACATAGCCAAAAATTGCAGGGCCCCTAGGAAAAAGGGCTGTTG -GAAATGTGGAAAGGAAGGACACCAAATGAAAGATTGTACTGAGAGACAGGCTAATTTTTTAGGGAAGATC -TGGCCTTCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAATTTTCTTCAGAGCAGACCAGAGCCAACAGCCCCACCAGAAG -AGAGCTTCAGGTTTGGGGAAGAGACAACAACTCCCTCTCAGAAGCAGGAGCCGATAGACAAGGAACTGTA -TCCTTTAGCTTCCCTCAGATCACTCTTTGGCAGCGACCCCTCGTCACAATAAAGATAGGGGGGCAATTAA -AGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGAAATGAATTTGCCAGGAAGATGGAA -ACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGTTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGATACTCATAGAAATC -TGCGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCTACACCTGTCAACATAATTGGAAGAAATCTGT -TGACTCAGATTGGCTGCACTTTAAATTTTCCCATTAGTCCTATTGAGACTGTACCAGTAAAATTAAAGCC -AGGAATGGATGGCCCAAAAGTTAAACAATGGCCATTGACAGAAGAAAAAATAAAAGCATTAGTAGAAATT -TGTACAGAAATGGAAAAGGAAGGAAAAATTTCAAAAATTGGGCCTGAAAATCCATACAATACTCCAGTAT -TTGCCATAAAGAAAAAAGACAGTACTAAATGGAGAAAATTAGTAGATTTCAGAGAACTTAATAAGAGAAC -TCAAGATTTCTGGGAAGTTCAATTAGGAATACCACATCCTGCAGGGTTAAAACAGAAAAAATCAGTAACA -GTACTGGATGTGGGCGATGCATATTTTTCAGTTCCCTTAGATAAAGACTTCAGGAAGTATACTGCATTTA -CCATACCTAGTATAAACAATGAGACACCAGGGATTAGATATCAGTACAATGTGCTTCCACAGGGATGGAA -AGGATCACCAGCAATATTCCAGTGTAGCATGACAAAAATCTTAGAGCCTTTTAGAAAACAAAATCCAGAC -ATAGTCATCTATCAATACATGGATGATTTGTATGTAGGATCTGACTTAGAAATAGGGCAGCATAGAACAA -AAATAGAGGAACTGAGACAACATCTGTTGAGGTGGGGATTTACCACACCAGACAAAAAACATCAGAAAGA -ACCTCCATTCCTTTGGATGGGTTATGAACTCCATCCTGATAAATGGACAGTACAGCCTATAGTGCTGCCA -GAAAAGGACAGCTGGACTGTCAATGACATACAGAAATTAGTGGGAAAATTGAATTGGGCAAGTCAGATTT -ATGCAGGGATTAAAGTAAGGCAATTATGTAAACTTCTTAGGGGAACCAAAGCACTAACAGAAGTAGTACC -ACTAACAGAAGAAGCAGAGCTAGAACTGGCAGAAAACAGGGAGATTCTAAAAGAACCGGTACATGGAGTG -TATTATGACCCATCAAAAGACTTAATAGCAGAAATACAGAAGCAGGGGCAAGGCCAATGGACATATCAAA -TTTATCAAGAGCCATTTAAAAATCTGAAAACAGGAAAGTATGCAAGAATGAAGGGTGCCCACACTAATGA -TGTGAAACAATTAACAGAGGCAGTACAAAAAATAGCCACAGAAAGCATAGTAATATGGGGAAAGACTCCT -AAATTTAAATTACCCATACAAAAGGAAACATGGGAAGCATGGTGGACAGAGTATTGGCAAGCCACCTGGA -TTCCTGAGTGGGAGTTTGTCAATACCCCTCCCTTAGTGAAGTTATGGTACCAGTTAGAGAAAGAACCCAT -AATAGGAGCAGAAACTTTCTATGTAGATGGGGCAGCCAATAGGGAAACTAAATTAGGAAAAGCAGGATAT -GTAACTGACAGAGGAAGACAAAAAGTTGTCCCCCTAACGGACACAACAAATCAGAAGACTGAGTTACAAG -CAATTCATCTAGCTTTGCAGGATTCGGGATTAGAAGTAAACATAGTGACAGACTCACAATATGCATTGGG -AATCATTCAAGCACAACCAGATAAGAGTGAATCAGAGTTAGTCAGTCAAATAATAGAGCAGTTAATAAAA -AAGGAAAAAGTCTACCTGGCATGGGTACCAGCACACAAAGGAATTGGAGGAAATGAACAAGTAGATAAAT -TGGTCAGTGCTGGAATCAGGAAAGTACTATTTTTAGATGGAATAGATAAGGCCCAAGAAGAACATGAGAA -ATATCACAGTAATTGGAGAGCAATGGCTAGTGATTTTAACCTACCACCTGTAGTAGCAAAAGAAATAGTA -GCCAGCTGTGATAAATGTCAGCTAAAAGGGGAAGCCATGCATGGACAAGTAGACTGTAGCCCAGGAATAT -GGCAGCTAGATTGTACACATTTAGAAGGAAAAGTTATCTTGGTAGCAGTTCATGTAGCCAGTGGATATAT -AGAAGCAGAAGTAATTCCAGCAGAGACAGGGCAAGAAACAGCATACTTCCTCTTAAAATTAGCAGGAAGA -TGGCCAGTAAAAACAGTACATACAGACAATGGCAGCAATTTCACCAGTACTACAGTTAAGGCCGCCTGTT -GGTGGGCGGGGATCAAGCAGGAATTTGGCATTCCCTACAATCCCCAAAGTCAAGGAGTAATAGAATCTAT -GAATAAAGAATTAAAGAAAATTATAGGACAGGTAAGAGATCAGGCTGAACATCTTAAGACAGCAGTACAA -ATGGCAGTATTCATCCACAATTTTAAAAGAAAAGGGGGGATTGGGGGGTACAGTGCAGGGGAAAGAATAG -TAGACATAATAGCAACAGACATACAAACTAAAGAATTACAAAAACAAATTACAAAAATTCAAAATTTTCG -GGTTTATTACAGGGACAGCAGAGATCCAGTTTGGAAAGGACCAGCAAAGCTCCTCTGGAAAGGTGAAGGG -GCAGTAGTAATACAAGATAATAGTGACATAAAAGTAGTGCCAAGAAGAAAAGCAAAGATCATCAGGGATT -ATGGAAAACAGATGGCAGGTGATGATTGTGTGGCAAGTAGACAGGATGAGGATTAACACATGGAAAAGAT -TAGTAAAACACCATATGTATATTTCAAGGAAAGCTAAGGACTGGTTTTATAGACATCACTATGAAAGTAC -TAATCCAAAAATAAGTTCAGAAGTACACATCCCACTAGGGGATGCTAAATTAGTAATAACAACATATTGG -GGTCTGCATACAGGAGAAAGAGACTGGCATTTGGGTCAGGGAGTCTCCATAGAATGGAGGAAAAAGAGAT -ATAGCACACAAGTAGACCCTGACCTAGCAGACCAACTAATTCATCTGCACTATTTTGATTGTTTTTCAGA -ATCTGCTATAAGAAATACCATATTAGGACGTATAGTTAGTCCTAGGTGTGAATATCAAGCAGGACATAAC -AAGGTAGGATCTCTACAGTACTTGGCACTAGCAGCATTAATAAAACCAAAACAGATAAAGCCACCTTTGC -CTAGTGTTAGGAAACTGACAGAGGACAGATGGAACAAGCCCCAGAAGACCAAGGGCCACAGAGGGAGCCA -TACAATGAATGGACACTAGAGCTTTTAGAGGAACTTAAGAGTGAAGCTGTTAGACATTTTCCTAGGATAT -GGCTCCATAACTTAGGACAACATATCTATGAAACTTACGGGGATACTTGGGCAGGAGTGGAAGCCATAAT -AAGAATTCTGCAACAACTGCTGTTTATCCATTTCAGAATTGGGTGTCGACATAGCAGAATAGGCGTTACT -CGACAGAGGAGAGCAAGAAATGGAGCCAGTAGATCCTAGACTAGAGCCCTGGAAGCATCCAGGAAGTCAG -CCTAAAACTGCTTGTACCAATTGCTATTGTAAAAAGTGTTGCTTTCATTGCCAAGTTTGTTTCATGACAA -AAGCCTTAGGCATCTCCTATGGCAGGAAGAAGCGGAGACAGCGACGAAGAGCTCATCAGAACAGTCAGAC -TCATCAAGCTTCTCTATCAAAGCAGTAAGTAGTACATGTAATGCAACCTATAATAGTAGCAATAGTAGCA -TTAGTAGTAGCAATAATAATAGCAATAGTTGTGTGGTCCATAGTAATCATAGAATATAGGAAAATATTAA -GACAAAGAAAAATAGACAGGTTAATTGATAGACTAATAGAAAGAGCAGAAGACAGTGGCAATGAGAGTGA -AGGAGAAGTATCAGCACTTGTGGAGATGGGGGTGGAAATGGGGCACCATGCTCCTTGGGATATTGATGAT -CTGTAGTGCTACAGAAAAATTGTGGGTCACAGTCTATTATGGGGTACCTGTGTGGAAGGAAGCAACCACC -ACTCTATTTTGTGCATCAGATGCTAAAGCATATGATACAGAGGTACATAATGTTTGGGCCACACATGCCT -GTGTACCCACAGACCCCAACCCACAAGAAGTAGTATTGGTAAATGTGACAGAAAATTTTAACATGTGGAA -AAATGACATGGTAGAACAGATGCATGAGGATATAATCAGTTTATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTA -AAATTAACCCCACTCTGTGTTAGTTTAAAGTGCACTGATTTGAAGAATGATACTAATACCAATAGTAGTA -GCGGGAGAATGATAATGGAGAAAGGAGAGATAAAAAACTGCTCTTTCAATATCAGCACAAGCATAAGAGA -TAAGGTGCAGAAAGAATATGCATTCTTTTATAAACTTGATATAGTACCAATAGATAATACCAGCTATAGG -TTGATAAGTTGTAACACCTCAGTCATTACACAGGCCTGTCCAAAGGTATCCTTTGAGCCAATTCCCATAC -ATTATTGTGCCCCGGCTGGTTTTGCGATTCTAAAATGTAATAATAAGACGTTCAATGGAACAGGACCATG -TACAAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATCAGGCCAGTAGTATCAACTCAACTGCTGTTAAAT -GGCAGTCTAGCAGAAGAAGATGTAGTAATTAGATCTGCCAATTTCACAGACAATGCTAAAACCATAATAG -TACAGCTGAACACATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATCCGTAT -CCAGAGGGGACCAGGGAGAGCATTTGTTACAATAGGAAAAATAGGAAATATGAGACAAGCACATTGTAAC -ATTAGTAGAGCAAAATGGAATGCCACTTTAAAACAGATAGCTAGCAAATTAAGAGAACAATTTGGAAATA -ATAAAACAATAATCTTTAAGCAATCCTCAGGAGGGGACCCAGAAATTGTAACGCACAGTTTTAATTGTGG -AGGGGAATTTTTCTACTGTAATTCAACACAACTGTTTAATAGTACTTGGTTTAATAGTACTTGGAGTACT -GAAGGGTCAAATAACACTGAAGGAAGTGACACAATCACACTCCCATGCAGAATAAAACAATTTATAAACA -TGTGGCAGGAAGTAGGAAAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCAGTGGACAAATTAGATGTTCATCAAATAT -TACTGGGCTGCTATTAACAAGAGATGGTGGTAATAACAACAATGGGTCCGAGATCTTCAGACCTGGAGGA -GGCGATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAAAAATTGAACCATTAGGAG -TAGCACCCACCAAGGCAAAGAGAAGAGTGGTGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTTTGTT -CCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACTATGGGCGCAGCGTCAATGACGCTGACGGTACAGGCCAGA -CAATTATTGTCTGATATAGTGCAGCAGCAGAACAATTTGCTGAGGGCTATTGAGGCGCAACAGCATCTGT -TGCAACTCACAGTCTGGGGCATCAAACAGCTCCAGGCAAGAATCCTGGCTGTGGAAAGATACCTAAAGGA -TCAACAGCTCCTGGGGATTTGGGGTTGCTCTGGAAAACTCATTTGCACCACTGCTGTGCCTTGGAATGCT -AGTTGGAGTAATAAATCTCTGGAACAGATTTGGAATAACATGACCTGGATGGAGTGGGACAGAGAAATTA -ACAATTACACAAGCTTAATACACTCCTTAATTGAAGAATCGCAAAACCAGCAAGAAAAGAATGAACAAGA -ATTATTGGAATTAGATAAATGGGCAAGTTTGTGGAATTGGTTTAACATAACAAATTGGCTGTGGTATATA -AAATTATTCATAATGATAGTAGGAGGCTTGGTAGGTTTAAGAATAGTTTTTGCTGTACTTTCTATAGTGA -ATAGAGTTAGGCAGGGATATTCACCATTATCGTTTCAGACCCACCTCCCAATCCCGAGGGGACCCGACAG -GCCCGAAGGAATAGAAGAAGAAGGTGGAGAGAGAGACAGAGACAGATCCATTCGATTAGTGAACGGATCC -TTAGCACTTATCTGGGACGATCTGCGGAGCCTGTGCCTCTTCAGCTACCACCGCTTGAGAGACTTACTCT -TGATTGTAACGAGGATTGTGGAACTTCTGGGACGCAGGGGGTGGGAAGCCCTCAAATATTGGTGGAATCT -CCTACAGTATTGGAGTCAGGAACTAAAGAATAGTGCTGTTAACTTGCTCAATGCCACAGCCATAGCAGTA -GCTGAGGGGACAGATAGGGTTATAGAAGTATTACAAGCAGCTTATAGAGCTATTCGCCACATACCTAGAA -GAATAAGACAGGGCTTGGAAAGGATTTTGCTATAAGATGGGTGGCAAGTGGTCAAAAAGTAGTGTGATTG -GATGGCCTGCTGTAAGGGAAAGAATGAGACGAGCTGAGCCAGCAGCAGATGGGGTGGGAGCAGTATCTCG -AGACCTAGAAAAACATGGAGCAATCACAAGTAGCAATACAGCAGCTAACAATGCTGCTTGTGCCTGGCTA -GAAGCACAAGAGGAGGAAGAGGTGGGTTTTCCAGTCACACCTCAGGTACCTTTAAGACCAATGACTTACA -AGGCAGCTGTAGATCTTAGCCACTTTTTAAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGCTAATTCACTCCCAAAG -AAGACAAGATATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTACTTCCCTGATTGGCAGAACTACACA -CCAGGGCCAGGGGTCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGTGCTACAAGCTAGTACCAGTTGAGCCAGATA -AGGTAGAAGAGGCCAATAAAGGAGAGAACACCAGCTTGTTACACCCTGTGAGCCTGCATGGAATGGATGA -CCCTGAGAGAGAAGTGTTAGAGTGGAGGTTTGACAGCCGCCTAGCATTTCATCACGTGGCCCGAGAGCTG -CATCCGGAGTACTTCAAGAACTGCTGACATCGAGCTTGCTACAAGGGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCAG -GGAGGCGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGATGCTGCATATAAGCAGCTGCTTTTTG -CCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACT -GCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTTCAAGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTGACTCTGGT -AACTAGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAATCTCTAGCACCCAGGAGGTAGAGGTTGCAG -TGAGCCAAGATCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGCAAGAAAACAAGACTGTCTAAAATAATAATAATAA -GTTAAGGGTATTAAATATATTTATACATGGAGGTCATAAAAATATATATATTTGGGCTGGGCGCAGTGGC -TCACACCTGCGCCCGGCCCTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGTTTGGGAGTTCCAGACCAG -CCTGACCAACATGGAGAAACCCCTTCTCTGTGTATTTTTAGTAGATTTTATTTTATGTGTATTTTATTCA 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