Added failing unit test: No matching triples found for predicate cc:License

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diff --git a/.guix-deploy b/.guix-deploy
index 570ae10..f79340d 100644
--- a/.guix-deploy
+++ b/.guix-deploy
@@ -1,4 +1,6 @@
 #! /bin/sh
+#
+# This script runs the web server in a Guix container
 
 GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current
 export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/
diff --git a/.guix-test b/.guix-test
new file mode 100644
index 0000000..b7b9ab3
--- /dev/null
+++ b/.guix-test
@@ -0,0 +1,11 @@
+#! /bin/sh
+#
+# This script runs the tests in a Guix container
+
+GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current
+export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/
+export GUILE_LOAD_COMPILED_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/
+
+ls $GUILE_LOAD_PATH
+
+env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ $GUIX_PROFILE/bin/guix environment -C guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycurl python-magic  nss-certs python-pyshex python-pyyaml --network openssl python-pyshex python-pyshexc minimap2 python-schema-salad python-arvados-python-client -- python3 test/test_shex.py
diff --git a/test/data/input/TN_UT2.fa b/test/data/input/TN_UT2.fa
new file mode 100644
index 0000000..d723c0a
--- /dev/null
+++ b/test/data/input/TN_UT2.fa
@@ -0,0 +1,2 @@
+>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020
+----------------------------AAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACATCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTTTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAAC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index 0000000..2c5f987
--- /dev/null
+++ b/test/data/input/TN_UT2.yaml
@@ -0,0 +1,35 @@
+id: placeholder
+
+license:
+    license_type: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
+    title: "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA"
+    attribution_name: "Mariah Taylor, Colleen Jonsson"
+    attribution_url: https://www.uthsc.edu/medicine/molecular-sciences/faculty-directory/jonsson.php
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+    host_id: "TN_UT2"
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+    sample_id: "TN_UT2"
+    specimen_source: [http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831]
+    collection_date: "2020-04-26"
+    collection_location: http://www.wikidata.org/entity/Q3289517
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+    virus_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049
+    virus_strain: "SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020"
+
+technology:
+    sample_sequencing_technology: [http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632]
+    sequence_assembly_method: https://bio.tools/BWA#!
+    additional_technology_information: Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads
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+    authors: [Mariah Taylor, Colleen Jonsson]
+    submitter_name: [Mariah Taylor, Colleen B. Jonsson, Pjotr Prins]
+    submitter_address: UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA
+    originating_lab: Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN
+    provider_sample_id: TN_UT2
+    submitter_sample_id: TN_UT2
+    submitter_orcid: [https://orcid.org/0000-0002-2640-7672,https://orcid.org/0000-0002-8021-9162]
diff --git a/test/test_shex.py b/test/test_shex.py
new file mode 100644
index 0000000..ead2396
--- /dev/null
+++ b/test/test_shex.py
@@ -0,0 +1,35 @@
+import schema_salad.schema
+import schema_salad.ref_resolver
+import schema_salad.jsonld_context
+import pkg_resources
+import logging
+import traceback
+# from rdflib import Graph, Namespace
+from pyshex.evaluate import evaluate
+import unittest
+
+class TestStringMethods(unittest.TestCase):
+
+    def test_schema(self):
+        with open("bh20sequploader/bh20seq-schema.yml") as schema_resource:
+            metadata_schema = schema_salad.schema.load_schema("https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml")
+            (document_loader,
+             avsc_names,
+             schema_metadata,
+             metaschema_loader) = metadata_schema
+            print(metadata_schema)
+            assert(isinstance(avsc_names, schema_salad.avro.schema.Names))
+            metadatafile = "test/data/input/TN_UT2.yaml"
+            doc, metadata = schema_salad.schema.load_and_validate(document_loader, avsc_names, metadatafile, True)
+            print(doc)
+            g = schema_salad.jsonld_context.makerdf("workflow", doc, document_loader.ctx)
+            shex = pkg_resources.resource_stream(__name__, "../bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf").read().decode("utf-8")
+            rslt, reason = evaluate(g, shex, doc["id"], "https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf#submissionShape")
+
+            g.serialize(format="ntriples")
+
+            if not rslt:
+                raise Exception(reason)
+
+if __name__ == '__main__':
+    unittest.main()