From 7eea5e99222166731c7e55a95f6c00928289b4b9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Pjotr Prins Date: Sat, 7 Nov 2020 08:48:38 +0000 Subject: Added failing unit test: No matching triples found for predicate cc:License --- .guix-deploy | 2 ++ .guix-test | 11 +++++++++++ test/data/input/TN_UT2.fa | 2 ++ test/data/input/TN_UT2.yaml | 35 +++++++++++++++++++++++++++++++++++ test/test_shex.py | 35 +++++++++++++++++++++++++++++++++++ 5 files changed, 85 insertions(+) create mode 100644 .guix-test create mode 100644 test/data/input/TN_UT2.fa create mode 100644 test/data/input/TN_UT2.yaml create mode 100644 test/test_shex.py diff --git a/.guix-deploy b/.guix-deploy index 570ae10..f79340d 100644 --- a/.guix-deploy +++ b/.guix-deploy @@ -1,4 +1,6 @@ #! /bin/sh +# +# This script runs the web server in a Guix container GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/ diff --git a/.guix-test b/.guix-test new file mode 100644 index 0000000..b7b9ab3 --- /dev/null +++ b/.guix-test @@ -0,0 +1,11 @@ +#! /bin/sh +# +# This script runs the tests in a Guix container + +GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current +export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/ +export GUILE_LOAD_COMPILED_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/ + +ls $GUILE_LOAD_PATH + +env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ $GUIX_PROFILE/bin/guix environment -C guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex python-pyyaml --network openssl python-pyshex python-pyshexc minimap2 python-schema-salad python-arvados-python-client -- python3 test/test_shex.py diff --git a/test/data/input/TN_UT2.fa b/test/data/input/TN_UT2.fa new file mode 100644 index 0000000..d723c0a --- /dev/null +++ b/test/data/input/TN_UT2.fa @@ -0,0 +1,2 @@ +>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020 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