blob: 965229c7d1ea84b4b064c7ed6a5b562587b22be7 (
plain)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
|
PREFIX : <https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf#>
PREFIX MainSchema: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
PREFIX hostSchema: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#hostSchema/>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX efo: <http://www.ebi.ac.uk/efo/>
PREFIX evs: <http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#>
PREFIX edam: <http://edamontology.org/>
PREFIX wikidata: <http://www.wikidata.org/entity/>
:submissionShape {
MainSchema:host @:hostShape ;
MainSchema:sample @:sampleShape ;
MainSchema:submitter @:submitterShape ;
MainSchema:technology @:technologyShape ;
MainSchema:virus @:virusShape;
}
:hostShape {
efo:EFO_0000532 [ obo:NCBITaxon_~ ] ;
sio:SIO_000115 xsd:string ?;
obo:PATO_0000047 [ obo:PATO_0000384 obo:PATO_0000383 obo:PATO_0001340] ?;
obo:PATO_0000011 xsd:integer ?;
obo:NCIT_C42574 [ obo:UO_~ ] ?;
obo:NCIT_C25688 [obo:NCIT_C115935 obo:NCIT_C3833 obo:NCIT_C25269 obo:GENEPIO_0002020 obo:GENEPIO_0001849 obo:NCIT_C28554 obo:NCIT_C37987 ] ? ;
efo:EFO_0000727 xsd:string ?;
obo:VO_0000002 xsd:string {0,10};
sio:SIO_001167 xsd:string ?;
sio:SIO_001014 [ obo:HANCESTRO_~ ] ? ; #ethnicity
}
:sampleShape {
sio:SIO_000115 xsd:string;
evs:C25164 xsd:string;
obo:GAZ_00000448 [wikidata:~] ;
obo:OBI_0001895 xsd:string ?;
obo:NCIT_C41206 xsd:string ?;
obo:OBI_0001479 IRI {0,2};
obo:OBI_0001472 xsd:string ?;
sio:SIO_001167 xsd:string ?;
edam:data_2091 IRI {0,3};
}
:submitterShape {
obo:NCIT_C42781 xsd:string + ;
sio:SIO_000116 xsd:string *;
sio:SIO_000172 xsd:string ?;
obo:NCIT_C37984 xsd:string ?;
obo:NCIT_C37900 xsd:string ?;
efo:EFO_0001741 xsd:string ?;
obo:NCIT_C42781 xsd:string ?;
obo:NCIT_C19026 xsd:string ?;
sio:SIO_000115 /https:\u002F\u002Forcid.org\u002F.{4}-.{4}-.{4}-.{4}/ {0,10};
sio:SIO_001167 xsd:string ?;
}
:technologyShape {
obo:OBI_0600047 IRI {0,3} ;
efo:EFO_0002699 xsd:string ?;
obo:FLU_0000848 xsd:double OR xsd:integer {0,3};
sio:SIO_001167 xsd:string ?;
}
:virusShape{
edam:data_1875 [ obo:NCBITaxon_~ ] ;
sio:SIO_010055 xsd:string ?;
}
|
