aboutsummaryrefslogtreecommitdiff
diff options
context:
space:
mode:
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/static/main.css6
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/templates/form.html43
-rw-r--r--doc/INSTALL.md9
-rw-r--r--doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org159
-rw-r--r--example/sequence.fasta930
-rwxr-xr-xscripts/update_virtuoso/check_for_updates.py14
6 files changed, 673 insertions, 488 deletions
diff --git a/bh20simplewebuploader/static/main.css b/bh20simplewebuploader/static/main.css
index c881253..1bb9c8e 100644
--- a/bh20simplewebuploader/static/main.css
+++ b/bh20simplewebuploader/static/main.css
@@ -10,7 +10,7 @@ body {
h1, h2, h3, h4 {
font-family: 'Inter', sans-serif;
- color: #0ED1CD;
+ color: #008066;
}
h1 {
@@ -68,7 +68,7 @@ form h4 {
.button {
border-radius: 5px;
- background: #0ED1CD;
+ background: #B2F8F8;
margin: 0.3em auto;
padding: 0.4em;
}
@@ -125,7 +125,7 @@ span.dropt:hover {text-decoration: none; background: #ffffff; z-index: 6; }
}
a {
- color: #40DBD8;
+ color: #008066;
font-weight: 700;
}
diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/form.html b/bh20simplewebuploader/templates/form.html
index 1bbf515..6196624 100644
--- a/bh20simplewebuploader/templates/form.html
+++ b/bh20simplewebuploader/templates/form.html
@@ -2,7 +2,7 @@
<html>
<head>
<meta charset="UTF-8">
- <link href="https://fonts.googleapis.com/css2?family=Inter:wght@100;200;300;400;500;600;700;800;900&display=swap" rel="stylesheet">
+ <link href="https://fonts.googleapis.com/css2?family=Inter:wght@100;200;300;400;500;600;700;800;900&display=swap" rel="stylesheet">
<link href="/static/main.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<title>Web uploader for Public SARS-CoV-2 Sequence Resource</title>
@@ -21,10 +21,10 @@
<p>[Demo] Display content sequences by: </p>
<div>
- <button class="button" onclick="fetchSEQBySpecimen()">Specimen Source</button>
+ <button class="button" onclick="fetchSEQBySpecimen()">Specimen source</button>
<button class="button" onclick="fetchSEQByLocation()">Location</button>
- <button class="button" onclick="fetchSEQByTech()">Tech</button>
- <button class="button" onclick="fetchAllaccessions()">Allaccessions</button>
+ <button class="button" onclick="fetchSEQByTech()">Sequencer</button>
+ <button class="button" onclick="fetchAllaccessions()">All accessions</button>
</div>
</div>
@@ -66,7 +66,9 @@
A free command line version of the uploader can be
installed from <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource">source</a>.
</p>
-
+ <p>
+ Note that form fields contain web <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Web_Ontology_Language">onthology URI's</a> for <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Disambiguation">disambiguation</a> and machine readable metadata. For examples of use, see the <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org">BLOG</a>.
+ </p>
</div>
<div class="fasta-file-select">
@@ -75,8 +77,8 @@
<path fill-rule="evenodd" d="M5 8.854a.5.5 0 00.707 0L8 6.56l2.293 2.293A.5.5 0 1011 8.146L8.354 5.5a.5.5 0 00-.708 0L5 8.146a.5.5 0 000 .708z" clip-rule="evenodd"/>
<path fill-rule="evenodd" d="M8 6a.5.5 0 01.5.5v8a.5.5 0 01-1 0v-8A.5.5 0 018 6z" clip-rule="evenodd"/>
</svg> Upload SARS-CoV-2 Sequence</h2>
-
- <label for="fasta">Select FASTA file of assembled genome (max 50K), or FASTQ of reads (<span class="dropt" title="For a larger fastq file you'll need to use a CLI uploader">max 150MB<span style="width:500px;"></span></span>) : </label>
+
+ <label for="fasta">Select FASTA file of assembled genome (form upload <span class="dropt" title="For larger files or bulk uploads you can use a CLI uploader">max 50K<span style="width:500px;"></span></span>; FASTQ and BAM is coming soon): </label>
<br>
<input type="file" id="fasta" name="fasta" accept=".fa,.fasta,.fna,.fq" required>
<br>
@@ -97,7 +99,7 @@
<div id="metadata_upload_form_spot">
<div id="metadata_upload_form">
<br>
- <label for="metadata">Select JSON or YAML metadata file following <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml" target="_blank">this schema</a> and <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/example/metadata.yaml" target="_blank">example</a> (max 50K):</label>
+ <label for="metadata">Select JSON or YAML metadata file following <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml" target="_blank">this schema</a> and <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/example/maximum_metadata_example.yaml" target="_blank">example</a> (max 50K):</label>
<br>
<input type="file" id="metadata" name="metadata" accept=".json,.yml,.yaml" required>
<br>
@@ -105,6 +107,7 @@
</div>
</div>
+
<div id="metadata_fill_form_spot">
<div id="metadata_fill_form">
{% for record in fields %}
@@ -113,35 +116,35 @@
{% if loop.index > 1 and 2 < 3 %}
</div>
{% endif %}
- <div class="record">
+ <div class="record"> <!-- from block, e.g. host fields -->
<h4>{{ record['heading'] }}</h4>
- {% else %}
+ {% else %} <!-- handles one field -->
<div class="field-group" data-keypath="{{ record['id'] }}">
<div class="field" data-number="0">
<label for="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" title="{{ record.get('docstring', '') }}">
{{ record['label'] }}
{{ "*" if record['required'] else "" }}
{% if 'docstring' in record %}
- <a href='javascript:alert({{ record['docstring'] | tojson }})'>❓</a>
+ <a href='javascript:alert({{ record['docstring'] | tojson }})'>❓</a>
{% endif %}
{% if 'ref_iri' in record %}
- <a href="{{ record['ref_iri'] }}" target="_blank" title="Ontology Link">🔗</a>
+ <a href="{{ record['ref_iri'] }}" target="_blank" title="Ontology Link">🔗</a>
{% endif %}
</label>
{% if record['type'] == 'select' %}
- <select class="control" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }}>
- <option value="" selected>Choose one...</option>
+ <select class="control" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }}>
+ <option value="" selected>Choose one...</option>
{% for option in record['options'] %}
- <option value="{{ option[1] }}">{{ option[0] }}</option>
+ <option value="{{ option[1] }}">{{ option[0] }}</option>
{% endfor %}
- </select>
- {% else %}
- <input class="control" type="{{ record['type'] }}" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }} {{ ("step=" + record['step']) if 'step' in record else ""}}>
+ </select>
+ {% else %} <!-- input field -->
+ <input class="control" type="{{ record['type'] }}" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }} {{ ("step=" + record['step']) if 'step' in record else ""}}>
{% endif %}
</div>
{% if record['list'] %}
- <button type="button" title="Remove field" class="remove-field invisible">➖</button>
- <button type="button" title="Add field" class="add-field">➕</button>
+ <button type="button" title="Remove field" class="remove-field invisible">➖</button>
+ <button type="button" title="Add field" class="add-field">➕</button>
{% endif %}
</div>
{% endif %}
diff --git a/doc/INSTALL.md b/doc/INSTALL.md
index 8f4b2f0..d9948e6 100644
--- a/doc/INSTALL.md
+++ b/doc/INSTALL.md
@@ -1,3 +1,5 @@
+#+OPTIONS: ^:nil
+
# INSTALLATION
Other options for running this tool.
@@ -29,12 +31,15 @@ arvados-python-client-2.0.1 ciso8601-2.1.3 future-0.18.2 google-api-python-clien
3. Run the tool directly with
```sh
-guix environment guix --ad-hoc git python openssl python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex -- python3 bh20sequploader/main.py example/sequence.fasta example/metadata.yaml
+guix environment guix --ad-hoc git python openssl python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex -- python3 bh20sequploader/main.py example/sequence.fasta example/maximum_metadata_example.yaml
```
Note that python-pyshex is packaged in
http://git.genenetwork.org/guix-bioinformatics/guix-bioinformatics
+so you'll need it to the GUIX_PACKAGE_PATH - see the README in that
+repository.
+
### Using the Web Uploader
To run the web uploader in a GNU Guix environment/container
@@ -50,3 +55,5 @@ guix environment guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycu
```
WIP: add gunicorn container
+
+Note: see above on GUIX_PACKAGE_PATH.
diff --git a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org
index 647165d..617a01d 100644
--- a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org
+++ b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org
@@ -68,53 +68,151 @@ If you download the GFA or FASTA sequences you'll find sequences are
named something like
*keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta* which
refers to an internal Arvados Keep representation of the FASTA
-sequence. Keep is content-addressable which means that
+sequence. Keep is content-addressable which means that the value
e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c uniquely identifies the file by its
-contents. If the contents change, the identifier would change! We use
+contents. If the contents change, the identifier changes! We use
these identifiers throughout.
-* Fetch submitter info and other metadata
+* Predicates
+
+Lets look at all the predicates in the dataset by pasting
+the following in a SPARQL end point http://sparql.genenetwork.org/sparql/
+
+#+begin_src sql
+select distinct ?p
+{
+ ?o ?p ?s
+}
+#+end_src
+
+you can ignore the openlink and w3 ones. To reduce results to a named
+graph set the default graph to
+http://covid-19.genenetwork.org/graph/metadata.ttl in the top input
+box. There you can find a predicate for submitter that looks like
+http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter.
-We are interested in e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c and now we
-want to get some metadata. We can use a SPARQL end point hosted at
-http://sparql.genenetwork.org/sparql/. Paste in a query like
+To list all submitters, try
#+begin_src sql
-select ?p ?s
+select distinct ?s
{
- <http://arvados.org/keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta> ?p ?s
+ ?o <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter> ?s
}
#+end_src
-which will tell you that original FASTA ID is "MT293175.1". It also
-says the submitter is nodeID://b31228.
+Oh wait, it returns things like nodeID://b76150! That is not helpful,
+these are anonymous nodes in the graph. These point to another triple
+and by
#+begin_src sql
-select distinct ?id ?p ?s
+select distinct ?s
{
- <http://arvados.org/keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter> ?id .
+ ?o <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter> ?id .
?id ?p ?s
}
#+end_src
-Tells you the submitter is "Roychoudhury,P.;Greninger,A.;Jerome,K."
-with [[http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781][predicate]] explaining "The individual who is responsible for the
-content of a document." Welcome to the power of the semantic web.
+you get a list of all submitters including "University of Washington,
+Seattle, WA 98109, USA".
+
+To lift the full URL out of the query you can use a header like
+
+#+begin_src sql
+PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
+select distinct ?dataset ?submitter
+{
+ ?dataset pubseq:submitter ?id .
+ ?id ?p ?submitter
+}
+#+end_src
+
+which reads a bit better. We can also see the datasets. One of them submitted
+by University of Washington is
+is http://arvados.org/keep:00fede2c6f52b053a14edca01cfa02b7+126/sequence.fasta
+(note the ID may have changed so pick one with above query).
+
+
+* Fetch submitter info and other metadata
-To get more information about the relevant sample
+To get dataests with submitters we can do the above
#+begin_src sql
-select ?sample ?p ?o
+PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
+select distinct ?dataset ?p ?submitter
{
- <http://arvados.org/keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/sample> ?sample .
- ?sample ?p ?o
+ ?dataset pubseq:submitter ?id .
+ ?id ?p ?submitter
}
#+end_src
-we find it originates from Washington state (object
-https://www.wikidata.org/wiki/Q1223) , dated "30-Mar-2020". The
-sequencing was executed with Illumina and pipeline "custom pipeline
-v. 2020-03" which is arguably not that descriptive.
+Tells you one submitter is "Roychoudhury,P.;Greninger,A.;Jerome,K."
+with a URL [[http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781][predicate]] (http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781)
+explaining "The individual who is responsible for the content of a
+document." Well formed URIs point to real information about the URI
+itself. Welcome to the power of the semantic web.
+
+Let's focus on one sample with
+
+#+begin_src sql
+PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
+select distinct ?dataset ?submitter
+{
+ ?dataset pubseq:submitter ?id .
+ ?id ?p ?submitter .
+ FILTER(CONTAINS(?submitter,"Roychoudhury")) .
+}
+#+end_src
+
+That is a lot of samples! We just want to pick one, so let's
+see if we can get a sample ID by listing sample predicates
+
+#+begin_src sql
+PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
+select distinct ?p
+{
+ ?dataset ?p ?o .
+ ?dataset pubseq:submitter ?id .
+}
+#+end_src
+
+which lists a predicate named
+http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/sample.
+Let's zoom in on those of Roychoudhury with
+
+
+#+begin_src sql
+PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
+select distinct ?sid ?sample ?p1 ?dataset ?submitter
+{
+ ?dataset pubseq:submitter ?id .
+ ?id ?p ?submitter .
+ FILTER(CONTAINS(?submitter,"Roychoudhury")) .
+ ?dataset pubseq:sample ?sid .
+ ?sid ?p1 ?sample
+}
+#+end_src
+
+which shows pretty much [[http://sparql.genenetwork.org/sparql/?default-graph-uri=&query=PREFIX+pubseq%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fbiohackathon.org%2Fbh20-seq-schema%23MainSchema%2F%3E%0D%0Aselect+distinct+%3Fsid+%3Fsample+%3Fp1+%3Fdataset+%3Fsubmitter%0D%0A%7B%0D%0A+++%3Fdataset+pubseq%3Asubmitter+%3Fid+.%0D%0A+++%3Fid+%3Fp+%3Fsubmitter+.%0D%0A+++FILTER%28CONTAINS%28%3Fsubmitter%2C%22Roychoudhury%22%29%29+.%0D%0A+++%3Fdataset+pubseq%3Asample+%3Fsid+.%0D%0A+++%3Fsid+%3Fp1+%3Fsample%0D%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&debug=on&run=+Run+Query+][everything known]] about their submissions in
+this database. Let's focus on one sample "MT326090.1" with predicate
+http://semanticscience.org/resource/SIO_000115.
+
+#+begin_src sql
+PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
+PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
+select distinct ?sample ?p ?o
+{
+ ?sample sio:SIO_000115 "MT326090.1" .
+ ?sample ?p ?o .
+}
+#+end_src
+
+This [[http://sparql.genenetwork.org/sparql/?default-graph-uri=&query=PREFIX+pubseq%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fbiohackathon.org%2Fbh20-seq-schema%23MainSchema%2F%3E%0D%0APREFIX+sio%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fsemanticscience.org%2Fresource%2F%3E%0D%0Aselect+distinct+%3Fsample+%3Fp+%3Fo%0D%0A%7B%0D%0A+++%3Fsample+sio%3ASIO_000115+%22MT326090.1%22+.%0D%0A+++%3Fsample+%3Fp+%3Fo+.%0D%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&debug=on&run=+Run+Query+][query]] tells us the sample was submitted "2020-03-21" and
+originates from http://www.wikidata.org/entity/Q30, i.e., the USA and
+is a biospecimen collected from the back of the throat by swabbing.
+We can track it back to the original GenBank [[http://identifiers.org/insdc/MT326090.1#sequence][submission]].
+
+We have also added country and label data to make it a bit easier
+to view/query the database.
* Fetch all sequences from Washington state
@@ -133,12 +231,19 @@ select ?seq ?sample
which lists 300 sequences originating from Washington state! Which is almost
half of the set coming out of GenBank.
+* Discussion
+
+The public sequence uploader collects sequences, raw data and
+(machine) queriable metadata. Not only that: data gets analyzed in the
+pangenome and results are presented immediately. The data can be
+referenced in publications and origins are citeable.
+
* Acknowledgements
The overall effort was due to magnificent freely donated input by a
great number of people. I particularly want to thank Thomas Liener for
the great effort he made with the ontology group in getting ontology's
-and schema sorted! Peter Amstutz and Curii helped build the on-demand
-compute and back-ends. Thanks also to Michael Crusoe for supporting
-the CWL initiative. And without Erik Garrison this initiative would
-not have existed!
+and schema sorted! Peter Amstutz and [[https://arvados.org/][Arvados/Curii]] helped build the
+on-demand compute and back-ends. Thanks also to Michael Crusoe for
+supporting the [[https://www.commonwl.org/][Common Workflow Language]] initiative. And without Erik
+Garrison this initiative would not have existed!
diff --git a/example/sequence.fasta b/example/sequence.fasta
index b364687..ceb7e18 100644
--- a/example/sequence.fasta
+++ b/example/sequence.fasta
@@ -1,430 +1,500 @@
->NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome
-ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA
-CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC
-TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG
-TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC
-CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC
-GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG
-CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT
-GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC
-GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT
-TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA
-GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG
-TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG
-CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG
-TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG
-CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA
-ATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA
-CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCAC
-CAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA
-GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACT
-ACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAG
-GACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCG
-CACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCA
-CGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACA
-ACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA
-GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGAT
-TATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAG
-GTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCG
-TGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCC
-GCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG
-ATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG
-GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTT
-AAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA
-TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGT
-AAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTA
-GGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCC
-TACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT
-AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAA
-GCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGT
-ACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAA
-GGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT
-GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAA
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-ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAA
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+AATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACTGTGATGTTGTAATAGGAATTGT
+CAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAGACTCATTCAAGGAGGAGTTAGA
+TAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATTTAGGTGACATCTCTGGCATTAA
+TGCTTCAGTTGTAAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTTGCCAAGAATTT
+AAATGAATCTCTCATCGATCTCCAAGAACTTGGAAAGTATGAGCAGTATATAAAATGGCC
+ATGGTACATTTGGCTAGGTTTTATAGCTGGCTTGATTGCCATAGTAATGGTGACAATTAT
+GCTTTGCTGTATGACCAGTTGCTGTAGTTGTCTCAAGGGCTGTTGTTCTTGTGGATCCTG
+CTGCAAATTTGATGAAGACGACTCTGAGCCAGTGCTCAAAGGAGTCAAATTACATTACAC
+ATAAACGAACTTATGGATTTGTTTATGAGAATCTTCACAATTGGAACTGTAACTTTGAAG
+CAAGGTGAAATCAAGGATGCTACTCCTTCAGATTTTGTTCGCGCTACTGCAACGATACCG
+ATACAAGCCTCACTCCCTTTCGGATGGCTTATTGTTGGCGTTGCACTTCTTGCTGTTTTT
+CATAGCGCTTCCAAAATCATAACCCTCAAAAAGAGATGGCAACTAGCACTCTCCAAGGGT
+GTTCACTTTGTTTGCAACTTGCTGTTGTTGTTTGTAACAGTTTACTCACACCTTTTGCTC
+GTTGCTGTTGGCCTTGAAGCCCCTTTTCTCTATCTTTATGCTTTAGTCTACTTCTTGCAG
+AGTATAAACTTTGTAAGAATAATAATGAGGCTTTGGCTTTGCTGGAAATGCCGTTCCAAA
+AACCCATTACTTTATGATGCCAACTATTTTCTTTGCTGGCATACTAATTGTTACGACTAT
+TGTATACCTTACAATAGTGTAACTTCTTCAATTGTCATTACTTCAGGTGATGGCACAACA
+AGTCCTATTTCTGAACATGACTACCAGATTGGTGGTTATACTGAAAAATGGGAATCTGGA
+GTAAAAGACTGTGTTGTATTACACAGTTACTTCACTTCAGACTATTACCAGCTGTACTCA
+ACTCAATTGAGTACAGACACTGGTGTTGAACATGTTACCTTCTTCATCTACAATAAAATT
+GTTGATGAGCCTGAAGAACATGTCCAAATTCACACAATCGACGGTTCATCCGGAGTTGTT
+AATCCAGTAATGGAACCAATTTATGATGAACCGACGACGACTACTAGCGTGCCTTTGTAA
+GCACAAGCTGATGAGTACGAACTTATGTACTCATTCGTTTCGGAAGAGACAGGTACGTTA
+ATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCC
+ATCCTTACTGCGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGTGAGTCTTGTA
+AAACCTTCTTTTTACGTTTACTCTCGTGTTAAAAATCTGAATTCTTCTAGAGTTCCTGAT
+CTTCTGGTCTAAACGAACTAAATATTATATTAGTTTTTCTGTTTGGAACTTTAATTTTAG
+CCATGGCAGATTCCAACGGTACTATTACCGTTGAAGAGCTTAAAAAGCTCCTTGAACAAT
+GGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTTACATGGATTTGTCTTCTACAATTTGCCTATG
+CCAACAGGAATAGGTTTTTGTATATAATTAAGTTAATTTTCCTCTGGCTGTTATGGCCAG
+TAACTTTAGCTTGTTTTGTGCTTGCTGCTGTTTACAGAATAAATTGGATCACCGGTGGAA
+TTGCTATCGCAATGGCTTGTCTTGTAGGCTTGATGTGGCTCAGCTACTTCATTGCTTCTT
+TCAGACTGTTTGCGCGTACGCGTTCCATGTGGTCATTCAATCCAGAAACTAACATTCTTC
+TCAACGTGCCACTCCATGGCACTATTCTGACCAGACCGCTTCTAGAAAGTGAACTCGTAA
+TCGGAGCTGTGATCCTTCGTGGACATCTTCGTATTGCTGGACACCATCTAGGACGCTGTG
+ACATCAAGGACCTGCCTAAAGAAATCACTGTTGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACA
+AATTGGGAGCTTCGCAGCGTGTAGCAGGTGACTCAGGTTTTGCTGCATACAGTCGCTACA
+GGATTGGCAACTATAAATTAAACACAGACCATTCCAGTAGCAGTGACAATATTGCTTTGC
+TTGTACAGTAAGTGACAACAGATGTTTCATCTCGTTGACTTTCAGGTTACTATAGCAGAG
+ATATTACTAATTATTATGAGGACTTTTAAAGTTTCCATTTGGAATCTTGATTACATCATA
+AACCTCATAATTAAAAATTTATCTAAGTCACTAACTGAGAATAAATATTCTCAATTAGAT
+GAAGAGCAACCAATGGAGATTGATTAAACGAACATGAAAATTATTCTTTTCTTGGCACTG
+ATAACACTCGCTACTTGTGAGCTTTATCACTACCAAGAGTGTGTTAGAGGTACAACAGTA
+CTTTTAAAAGAACCTTGCTCTTCTGGAACATACGAGGGCAATTCACCATTTCATCCTCTA
+GCTGATAACAAATTTGCACTGACTTGCTTTAGCACTCAATTTGCTTTTGCTTGTCCTGAC
+GGCGTAAAACACGTCTATCAGTTACGTGCCAGATCAGTTTCACCTAAACTGTTCATCAGA
+CAAGAGGAAGTTCAAGAACTTTACTCTCCAATTTTTCTTATTGTTGCGGCAATAGTGTTT
+ATAACACTTTGCTTCACACTCAAAAGAAAGACAGAATGATTGAACTTTCATTAATTGACT
+TCTATTTGTGCTTTTTAGCCTTTCTGCTATTCCTTGTTTTAATTATGCTTATTATCTTTT
+GGTTCTCACTTGAACTGCAAGATCATAATGAAACTTGTCACGCCTAAACGAACATGAAAT
+TTCTTGTTTTCTTAGGAATCATCACAACTGTAGCTGCATTTCACCAAGAATGTAGTTTAC
+AGTCATGTACTCAACATCAACCATATGTAGTTGATGACCCGTGTCCTATTCACTTCTATT
+CTAAATGGTATATTAGAGTAGGAGCTAGAAAATCAGCACCTTTAATTGAATTGTGCGTGG
+ATGAGGCTGGTTCTAAATCACCCATTCAGTACATCGATATCGGTAATTATACAGTTTCCT
+GTTTACCTTTTACAATTAATTGCCAGGAACCTAAATTGGGTAGTCTTGTAGTGCGTTGTT
+CGTTCTATGAAGACTTTTTAGAGTATCATGACGTTCGTGTTGTTTTAGATTTCATCTAAA
+CGAACAAACTAAAATGTCTGATAATGGACCCCAAAATCAGCGAAATGCACCCCGCATTAC
+GTTTGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAACGCAGTGGGGCGCG
+ATCAAAACAACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACCGCTCT
+CACTCAACATGGCAAGGAAGACCTTAAATTCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACAC
+CAATAGCAGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGACGAATTCGTGG
+TGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGG
+GCCAGAAGCTGGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGA
+GGGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCACATTGGCACCCGCAATCCTGCTAACAATGCTGC
+AATCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTCTACGCAGAAGGGAG
+CAGAGGCGGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGTAGTCGCAACAGTTCAAGAAA
+TTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCTCCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGA
+TGCTGCTCTTGCTTTGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAATGTCTGG
+TAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACTGTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCTTCTAA
+GAAGCCTCGGCAAAAACGTACTGCCACTAAAGCATACAATGTAACACAAGCTTTCGGCAG
+ACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTTGGGGACCAGGAACTAATCAGACAAGGAAC
+TGATTACAAACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAGCGTTCTTCGG
+AATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACACCTTCGGGAACGTGGTTGACCTACACAGGTGC
+CATCAAATTGGATGACAAAGATCCAAATTTCAAAGATCAAGTCATTTTGCTGAATAAGCA
+TATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGCCTAAAAAGGACAAAAAGAAGAAGGC
+TGATGAAACTCAAGCCTTACCGCAGAGACAGAAGAAACAGCAAACTGTGACTCTTCTTCC
+TGCTGCAGATTTGGATGATTTCTCCAAACAATTGCAACAATCCATGAGCAGTGCTGACTC
+AACTCAGGCCTAAACTCATGCAGACCACACAAGGCAGATGGGCTATATAAACGTTTTCGC
+TTTTCCGTTTACGATATATAGTCTACTCTTGTGCAGAATGAATTCTCGTAACTACATAGC
+ACAAGTAGATGTAGTTAACTTTAATCTCACATAGCAATCTTTAATCAGTGTGTAACATTA
+GGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGT
+ACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAAT
+TTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAA
+AA
diff --git a/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py b/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py
index 0f84fb1..3deed7f 100755
--- a/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py
+++ b/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py
@@ -10,6 +10,8 @@
import requests
import time
import sys
+import os.path
+import subprocess
assert(len(sys.argv)==4)
fn = sys.argv[1]
@@ -24,18 +26,21 @@ def upload(fn):
# cmd = ("curl --digest --user dba:%s --verbose --url -G http://sparql.genenetwork.org/sparql-graph-crud-auth --data-urlencode graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph -X DELETE" % pwd).split(" ")
print("UPLOAD "+fn)
- cmd = ("curl -X PUT --digest -u dba:%s -H Content-Type:text/turtle -T %s -G http://sparql.genenetwork.org/sparql-graph-crud-auth --data-urlencode graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph" % (pwd, fn) ).split(" ")
+ cmd = ("curl -X PUT --digest -u dba:%s -H Content-Type:text/turtle -T %s -G http://sparql.genenetwork.org/sparql-graph-crud-auth --data-urlencode graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph/%s" % (pwd, fn, fn) ).split(" ")
print(cmd)
p = subprocess.Popen(cmd)
output = p.communicate()[0]
print(output)
assert(p.returncode == 0)
+# --- Always update these
+upload("semantic_enrichment/labels.ttl")
+upload("semantic_enrichment/countries.ttl")
+
url = 'https://download.lugli.arvadosapi.com/c=lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/_/mergedmetadata.ttl'
# --- Fetch headers from TTL file on Arvados
r = requests.head(url)
print(r.headers)
-
print(r.headers['Last-Modified'])
# --- Convert/validate time stamp
@@ -45,14 +50,12 @@ t_stamp = time.strptime(last_modified_str,"%a, %d %b %Y %H:%M:%S %Z" )
print(t_stamp)
# OK, it works, now check last stored value
-import os.path
stamp = None
if os.path.isfile(fn):
file = open(fn,"r")
stamp = file.read()
file.close
-import subprocess
if stamp != last_modified_str:
print("Fetch metadata TTL")
r = requests.get(url)
@@ -61,8 +64,5 @@ if stamp != last_modified_str:
f.write(r.text)
f.close
upload("metadata.ttl")
- upload("semantic_enrichment/labels.ttl")
- upload("semantic_enrichment/countries.ttl")
-
with open(fn,"w") as f:
f.write(last_modified_str)