aboutsummaryrefslogtreecommitdiff
diff options
context:
space:
mode:
-rw-r--r--.guix-deploy2
-rw-r--r--.guix-test11
-rw-r--r--bh20seqanalyzer/main.py2
-rw-r--r--bh20sequploader/bh20seq-schema.yml8
-rw-r--r--bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf7
-rw-r--r--bh20sequploader/main.py5
-rw-r--r--bh20sequploader/qc_fasta.py9
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/main.py32
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/static/main.js6
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/templates/blog.html5
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/templates/home.html2
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/templates/menu.html2
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/templates/resource.html4
-rw-r--r--doc/INSTALL.md25
-rw-r--r--doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.html127
-rw-r--r--doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.org21
-rw-r--r--doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.html261
-rw-r--r--doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.org162
-rw-r--r--doc/web/download.html172
-rw-r--r--doc/web/download.org2
-rw-r--r--example/uthsc_example.yaml4
-rw-r--r--scripts/db_enrichment/.gitignore1
-rw-r--r--scripts/db_enrichment/country_enrichment.py64
-rw-r--r--scripts/db_enrichment/input_location.csv8
-rw-r--r--scripts/db_enrichment/readme.md14
-rwxr-xr-xscripts/update_virtuoso/check_for_updates.py52
-rw-r--r--scripts/uthsc_samples/.gitignore1
-rw-r--r--scripts/uthsc_samples/template.yaml35
-rw-r--r--scripts/uthsc_samples/uthsc_samples.py59
-rw-r--r--semantic_enrichment/countries.ttl127
-rw-r--r--test/data/10_samples.fa20
-rw-r--r--test/data/10_samples.xlsxbin0 -> 18888 bytes
-rw-r--r--test/data/input/TN_UT2.fa2
-rw-r--r--test/data/input/TN_UT2.yaml35
-rw-r--r--test/data/regression/TN_UT2.rdf33
-rw-r--r--test/rest-api.html148
-rw-r--r--test/rest-api.org29
-rw-r--r--test/runner.py17
-rw-r--r--test/test_shex.py36
-rw-r--r--test/test_sparql.py39
-rw-r--r--workflows/pangenome-generate/arv-main.cwl2
-rw-r--r--workflows/pangenome-generate/collect-seqs.cwl2
-rw-r--r--workflows/pangenome-generate/collect-seqs.py2
-rw-r--r--workflows/pangenome-generate/from_sparql.cwl23
-rw-r--r--workflows/pangenome-generate/from_sparql.py8
-rwxr-xr-xworkflows/update-workflows.sh2
46 files changed, 1125 insertions, 503 deletions
diff --git a/.guix-deploy b/.guix-deploy
index 570ae10..f79340d 100644
--- a/.guix-deploy
+++ b/.guix-deploy
@@ -1,4 +1,6 @@
#! /bin/sh
+#
+# This script runs the web server in a Guix container
GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current
export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/
diff --git a/.guix-test b/.guix-test
new file mode 100644
index 0000000..26d2548
--- /dev/null
+++ b/.guix-test
@@ -0,0 +1,11 @@
+#! /bin/sh
+#
+# This script runs the tests in a Guix container
+
+GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current
+export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/
+export GUILE_LOAD_COMPILED_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/
+
+ls $GUILE_LOAD_PATH
+
+env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ $GUIX_PROFILE/bin/guix environment -C guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex python-pyyaml --network openssl python-pyshex python-pyshexc minimap2 python-schema-salad python-arvados-python-client -- python3 test/runner.py
diff --git a/bh20seqanalyzer/main.py b/bh20seqanalyzer/main.py
index 5f00080..0906958 100644
--- a/bh20seqanalyzer/main.py
+++ b/bh20seqanalyzer/main.py
@@ -215,7 +215,7 @@ class SeqAnalyzer:
most_recent_analysis = self.api.groups().list(filters=[['owner_uuid', '=', self.pangenome_analysis_project]],
order="created_at desc").execute()
for m in most_recent_analysis["items"]:
- wf = self.get_workflow_output_from_project(m["uuid"], "arv-main.cwl")
+ wf = self.get_workflow_output_from_project(m["uuid"], "collect-seqs.cwl")
if wf is None:
continue
src = self.api.collections().get(uuid=wf["output_uuid"]).execute()
diff --git a/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml b/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml
index 861a5ca..645be5e 100644
--- a/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml
+++ b/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml
@@ -1,6 +1,6 @@
$base: http://biohackathon.org/bh20-seq-schema
$namespaces:
- cc: http://creativecommons.org/ns#
+ cc: https://creativecommons.org/ns#
dc: http://purl.org/metadata/dublin_core_elements#
sch: https://schema.org/
efo: http://www.ebi.ac.uk/efo/
@@ -19,6 +19,8 @@ $graph:
type: string
jsonldPredicate:
_id: https://creativecommons.org/ns#License
+ _type: "@id"
+ noLinkCheck: true
title:
doc: Attribution title related to data license
type: string?
@@ -34,11 +36,15 @@ $graph:
type: string?
jsonldPredicate:
_id: https://creativecommons.org/ns#attributionURL
+ _type: "@id"
+ noLinkCheck: true
attribution_source:
doc: Attribution source URL related to data license
type: string?
jsonldPredicate:
_id: https://creativecommons.org/ns#attributionSource
+ _type: "@id"
+ noLinkCheck: true
- name: hostSchema
type: record
diff --git a/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf b/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf
index 89ecd00..1b15c58 100644
--- a/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf
+++ b/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf
@@ -1,7 +1,8 @@
PREFIX : <https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf#>
PREFIX MainSchema: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
PREFIX hostSchema: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#hostSchema/>
-PREFIX cc: <http://creativecommons.org/ns#>
+PREFIX cc: <https://creativecommons.org/ns#>
+PREFIX cclicenses: <https://creativecommons.org/licenses/>
PREFIX dc: <http://purl.org/metadata/dublin_core_elements#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
@@ -71,9 +72,9 @@ PREFIX wikidata: <http://www.wikidata.org/entity/>
}
:licenseShape{
- cc:License xsd:string ;
+ cc:License [ cclicenses:~ ] ;
dc:Title xsd:string ?;
cc:attributionName xsd:string ?;
- cc:attributionURL xsd:string ?;
+ cc:attributionURL /^http/ ;
cc:attributionSource xsd:string ?;
}
diff --git a/bh20sequploader/main.py b/bh20sequploader/main.py
index f89b458..ea0fa70 100644
--- a/bh20sequploader/main.py
+++ b/bh20sequploader/main.py
@@ -49,7 +49,7 @@ sequence for enough overlap with the reference genome
failed = True
except Exception as e:
log.exception("Failed metadata QC")
- failed = True
+ failed = True # continue with the FASTA checker
target = []
try:
@@ -64,13 +64,14 @@ sequence for enough overlap with the reference genome
target[1] = ("reads_2."+target[1][0][6:], target[1][1], target[1][2])
if do_qc and target[0][2] == 'text/fasta' and sample_id != target[0][1]:
- raise ValueError("The sample_id field in the metadata must be the same as the FASTA header")
+ raise ValueError(f"The sample_id field in the metadata ({sample_id}) must be the same as the FASTA header ({target[0][1]})")
except Exception as e:
log.exception("Failed sequence QC")
failed = True
if failed:
+ log.debug("Bailing out!")
exit(1)
return target
diff --git a/bh20sequploader/qc_fasta.py b/bh20sequploader/qc_fasta.py
index f567f0a..814fb3e 100644
--- a/bh20sequploader/qc_fasta.py
+++ b/bh20sequploader/qc_fasta.py
@@ -66,7 +66,8 @@ def qc_fasta(arg_sequence, check_with_mimimap2=True):
similarity = 0
try:
- cmd = ["minimap2", "-c -x asm20", tmp1.name, tmp2.name]
+ log.debug("Trying to run minimap2")
+ cmd = ["minimap2", "-c", "-x", "asm20", tmp1.name, tmp2.name]
logging.info("QC checking similarity to reference")
logging.info(" ".join(cmd))
result = subprocess.run(cmd, stdout=subprocess.PIPE)
@@ -83,9 +84,7 @@ def qc_fasta(arg_sequence, check_with_mimimap2=True):
if similarity < 70.0:
raise ValueError(
- "QC fail for {}: alignment to reference was less than 70%% (was %2.2f%%)".format(
- seqlabel, similarity
- ))
+ f"QC fail for {seqlabel}: alignment to reference was less than 70% (was {similarity})")
return "sequence.fasta" + gz, seqlabel, seq_type
elif seq_type == "text/fastq":
@@ -93,4 +92,6 @@ def qc_fasta(arg_sequence, check_with_mimimap2=True):
sequence.detach()
return "reads.fastq" + gz, seqlabel, seq_type
else:
+ log.debug(seqlabel)
+ log.debug(seq_type)
raise ValueError("Sequence file ({}) does not look like a DNA FASTA or FASTQ".format(arg_sequence))
diff --git a/bh20simplewebuploader/main.py b/bh20simplewebuploader/main.py
index 510df1c..fc145e6 100644
--- a/bh20simplewebuploader/main.py
+++ b/bh20simplewebuploader/main.py
@@ -687,13 +687,27 @@ sparqlURL='http://sparql.genenetwork.org/sparql/'
@app.route('/resource/<id>')
def resource(id):
"""Get a COVID19 resource using identifier"""
+
query=f"""
PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
select distinct ?sample ?geoname ?date ?source ?geo ?sampletype ?institute ?sequenceuri
+where {{
{{
?sample sio:SIO_000115 "{id}" .
?sequenceuri pubseq:sample ?sample .
+}}
+union
+{{
+ <http://collections.lugli.arvadosapi.com/c={id}/sequence.fasta> pubseq:sample ?sample .
+ ?sequenceuri pubseq:sample ?sample .
+}}
+union
+{{
+ <http://covid19.genenetwork.org/resource/{id}> pubseq:sample ?sample .
+ ?sequenceuri pubseq:sample ?sample .
+}}
+
?sample <http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00000448> ?geo .
?geo rdfs:label ?geoname .
?sample <http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25164> ?date .
@@ -711,8 +725,9 @@ select distinct ?sample ?geoname ?date ?source ?geo ?sampletype ?institute ?sequ
logging.info("^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^")
# return jsonify({'sequences': int(result[0]["num"]["value"])})
sequenceuri=sample['sequenceuri']['value']
- collectionuri=sequenceuri.split('sequence.fasta')[0]
- metauri=collectionuri+'metadata.yaml'
+ m = re.match(r"http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=([^/]*)/sequence.fasta|http://covid19.genenetwork.org/resource/(.*)", sequenceuri)
+ fastauri = "http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=%s/sequence.fasta" % m.group(1)
+ metauri = "http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=%s/metadata.yaml" % m.group(1)
locationuri=sample['geo']['value']
location=sample['geoname']['value']
date=sample['date']['value']
@@ -727,7 +742,18 @@ select distinct ?sample ?geoname ?date ?source ?geo ?sampletype ?institute ?sequ
institute=''
if 'institute' in sample:
institute=sample['institute']['value']
- return render_template('permalink.html',id=id,menu='',uri=f"http://covid19.genenetwork.org/resource/{id}",sequenceuri=sequenceuri,locationuri=locationuri,location=location,date=date,source=source,sampletype=sampletype,institute=institute,collectionuri=collectionuri,metauri=metauri)
+ return render_template('permalink.html',
+ id=id,
+ menu='',
+ uri=f"http://covid19.genenetwork.org/resource/{id}",
+ sequenceuri=fastauri,
+ locationuri=locationuri,
+ location=location,
+ date=date,
+ source=source,
+ sampletype=sampletype,
+ institute=institute,
+ metauri=metauri)
# http://covid19.genenetwork.org/location?label=http://www.wikidata.org/entity/Q114
# http://localhost:5067/location?label=http://www.wikidata.org/entity/Q114
diff --git a/bh20simplewebuploader/static/main.js b/bh20simplewebuploader/static/main.js
index 89bc603..6cc0d9f 100644
--- a/bh20simplewebuploader/static/main.js
+++ b/bh20simplewebuploader/static/main.js
@@ -68,6 +68,12 @@ function fetchHTMLTable(apiEndPoint) {
htmlString="<table>"
for (var i=0; i<data.length;i++) {
let url = data[i]["key"];
+ continents = ["Q538", "Q48", "Q49", "Q18", "Q15", "Q27611" ];
+ node = url.split("/").pop();
+ console.log(continents.includes(node));
+ if (url.includes("wikidata") && !continents.includes(node)) {
+ url = "http://covid19.genenetwork.org/location?label="+url ;
+ }
let label = data[i]["label"];
htmlString=htmlString+"<tr><td><a href=\""+url+"\">"+label+"</a></td><td>"+data[i]["count"]+"<td></tr>"
}
diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/blog.html b/bh20simplewebuploader/templates/blog.html
index 88ce4c3..fa08f5b 100644
--- a/bh20simplewebuploader/templates/blog.html
+++ b/bh20simplewebuploader/templates/blog.html
@@ -9,12 +9,11 @@
{{ embed|safe }}
<hr>
- <h1>Other blog entries</h1>
+ <h1>Other documents</h1>
{% else %}
- {% include 'blurb.html' %}
- <h2>BLOG Entries:</h2>
+ <h2>Documents:</h2>
{% endif %}
<section class="blog-entries">
diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/home.html b/bh20simplewebuploader/templates/home.html
index 516fb33..be948f6 100644
--- a/bh20simplewebuploader/templates/home.html
+++ b/bh20simplewebuploader/templates/home.html
@@ -91,7 +91,7 @@
URI's</a>
for <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Disambiguation">disambiguation</a>
and machine readable metadata. For examples of
- use, see the <a href="/blog">BLOG</a>.
+ use, see the <a href="/blog">docs</a>.
</p>
</div>
</section>
diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/menu.html b/bh20simplewebuploader/templates/menu.html
index 5d5fdc8..8e6ef52 100644
--- a/bh20simplewebuploader/templates/menu.html
+++ b/bh20simplewebuploader/templates/menu.html
@@ -6,7 +6,7 @@
<a href="/status" class="{{ 'active' if menu=='STATUS' }}">STATUS</a>
<a href="/demo" class="{{ 'active' if menu=='DEMO' }}">DEMO</a>
<a href="/export" class="{{ 'active' if menu=='EXPORT' }}">EXPORT</a>
- <a href="/blog" class="{{ 'active' if menu=='BLOG' }}">BLOG</a>
+ <a href="/blog" class="{{ 'active' if menu=='BLOG' }}">DOCS</a>
<a href="/about" class="{{ 'active' if menu=='ABOUT' }}">ABOUT</a>
<a href="/contact" class="{{ 'active' if menu=='CONTACT' }}">CONTACT</a>
<a href="javascript:void(0);" class="icon" onclick="myFunction()">
diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/resource.html b/bh20simplewebuploader/templates/resource.html
index fc52f13..4c50fb9 100644
--- a/bh20simplewebuploader/templates/resource.html
+++ b/bh20simplewebuploader/templates/resource.html
@@ -10,8 +10,8 @@
<p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/projects/lugli-j7d0g-5ct8p1i1wrgyjvp#Data_collections">All sequences project</a></p>
<p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/relabeledSeqs.sorted_by_quality_and_len.fasta">All sequences (FASTA) relabled and deduplicated</a></p>
<p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/mergedmetadata.ttl">Metadata (RDF) for all sequences</a></p>
- <p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/relabeledSeqs.sorted_by_quality_and_len.g6.gfa">All sequences in Graphical Fragment Assembly (GFA)</a> - <a href="https://github.com/GFA-spec/GFA-spec">More about GFA</a></p>
- <p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/relabeledSeqs.sorted_by_quality_and_len.g6.unchop.sorted.odgi">All sequences in Optimized Dynamic Genome/Graph Implementation (ODGI)</a> - <a href="https://github.com/vgteam/odgi">More about ODGI</a></p>
+ <!-- <p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/relabeledSeqs.sorted_by_quality_and_len.g6.gfa">All sequences in Graphical Fragment Assembly (GFA)</a> - <a href="https://github.com/GFA-spec/GFA-spec">More about GFA</a></p> -->
+ <!-- <p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/relabeledSeqs.sorted_by_quality_and_len.g6.unchop.sorted.odgi">All sequences in Optimized Dynamic Genome/Graph Implementation (ODGI)</a> - <a href="https://github.com/vgteam/odgi">More about ODGI</a></p> -->
<!-- <p><a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/relabeledSeqs_dedup_relabeledSeqs_dedup.ttl.xz">All sequences in RDF using spodgi</a> - <a href="https://github.com/pangenome/spodgi">More about spodgi</a></p> -->
diff --git a/doc/INSTALL.md b/doc/INSTALL.md
index 0180a4b..0367c63 100644
--- a/doc/INSTALL.md
+++ b/doc/INSTALL.md
@@ -31,7 +31,7 @@ arvados-python-client-2.0.1 ciso8601-2.1.3 future-0.18.2 google-api-python-clien
3. Run the tool directly with
```sh
-guix environment guix --ad-hoc git python openssl python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex -- python3 bh20sequploader/main.py example/sequence.fasta example/maximum_metadata_example.yaml
+guix environment guix --ad-hoc git python openssl python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex -- python3 bh20sequploader/main.py example/maximum_metadata_example.yaml example/sequence.fasta
```
Note that python-pyshex is packaged in
@@ -44,6 +44,12 @@ repository. E.g.
env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ ~/opt/guix/bin/guix environment -C guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex python-pyyaml --network openssl python-pyshex python-pyshexc minimap2 python-schema-salad python-arvados-python-client --share=/export/tmp -- env TMPDIR=/export/tmp python3 bh20sequploader/main.py --help
```
+Latest successful Guix run
+
+```sh
+env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ ~/opt/guix/bin/guix environment guix --ad-hoc git python openssl python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex python-arvados-python-client python-schema-salad minimap2 -- python3 bh20sequploader/main.py scripts/uthsc_samples/yaml/AL_UT14.yaml scripts/uthsc_samples/yaml/AL_UT14.fa
+```
+
### Using the Web Uploader
To run the web uploader in a GNU Guix environment/container run it with something like
@@ -68,6 +74,17 @@ penguin2:~/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource$ env GUIX_PACKAGE_PATH=~/i
Note: see above on GUIX_PACKAGE_PATH.
+## Run country semantic enrichment script
+
+ cd bh20-seq-resource/scripts/db_enrichment
+ edit input_location.csv
+ guix environment guix --ad-hoc git python nss-certs python-rdflib -- python3 country_enrichment.py
+
+## Run the tests
+
+ guix package -i python-requests python-pandas python-jinja2 python -p ~/opt/python-dev
+ . ~/opt/python-dev/etc/profile
+
## Run Virtuoso-ose
@@ -90,3 +107,9 @@ And run from the data dir
guix environment --ad-hoc virtuoso-ose -- virtuoso-t -f
Visit http://localhost:8890/sparql
+
+To update the turtle files do
+
+ guix environment -C guix --ad-hoc python python-requests raptor2 curl --network -- python3 ./scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py cache.txt dba dba
+
+where dba is the default password.
diff --git a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.html b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.html
index 567980d..eff6fcd 100644
--- a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.html
+++ b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.html
@@ -3,7 +3,7 @@
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
<head>
-<!-- 2020-08-26 Wed 05:01 -->
+<!-- 2020-11-10 Tue 05:08 -->
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<title>COVID-19 PubSeq - Arvados</title>
@@ -40,7 +40,7 @@
}
pre.src {
position: relative;
- overflow: visible;
+ overflow: auto;
padding-top: 1.2em;
}
pre.src:before {
@@ -195,50 +195,26 @@
</style>
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- elem.cacheClassTarget = target.className;
- target.className = "code-highlighted";
- elem.className = "code-highlighted";
- }
- }
- function CodeHighlightOff(elem, id)
- {
- var target = document.getElementById(id);
- if(elem.cacheClassElem)
- elem.className = elem.cacheClassElem;
- if(elem.cacheClassTarget)
- target.className = elem.cacheClassTarget;
- }
-/*]]>*///-->
+ function CodeHighlightOn(elem, id)
+ {
+ var target = document.getElementById(id);
+ if(null != target) {
+ elem.classList.add("code-highlighted");
+ target.classList.add("code-highlighted");
+ }
+ }
+ function CodeHighlightOff(elem, id)
+ {
+ var target = document.getElementById(id);
+ if(null != target) {
+ elem.classList.remove("code-highlighted");
+ target.classList.remove("code-highlighted");
+ }
+ }
+ /*]]>*///-->
+// @license-end
</script>
</head>
<body>
@@ -252,18 +228,18 @@ for the JavaScript code in this tag.
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul>
-<li><a href="#org6501d83">1. The Arvados Web Server</a></li>
-<li><a href="#orgcb7854f">2. The Arvados file interface</a></li>
-<li><a href="#orgc8c3ccd">3. The PubSeq Arvados shell</a></li>
-<li><a href="#org028c1b4">4. Wiring up CWL</a></li>
-<li><a href="#org7cdc8cc">5. Using the Arvados API</a></li>
-<li><a href="#org5961211">6. Troubleshooting</a></li>
+<li><a href="#org10ef830">1. The Arvados Web Server</a></li>
+<li><a href="#orgb6a7a42">2. The Arvados file interface</a></li>
+<li><a href="#org0c7b94e">3. The PubSeq Arvados shell</a></li>
+<li><a href="#org756005d">4. Wiring up CWL</a></li>
+<li><a href="#orgf30b46f">5. Using the Arvados API</a></li>
+<li><a href="#org3af3122">6. Troubleshooting</a></li>
</ul>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org6501d83" class="outline-2">
-<h2 id="org6501d83"><span class="section-number-2">1</span> The Arvados Web Server</h2>
+<div id="outline-container-org10ef830" class="outline-2">
+<h2 id="org10ef830"><span class="section-number-2">1</span> The Arvados Web Server</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-1">
<p>
We are using Arvados to run common workflow language (CWL) pipelines.
@@ -283,8 +259,8 @@ workflows and the output of analysis pipelines (here CWL workflows).
</div>
-<div id="outline-container-orgcb7854f" class="outline-2">
-<h2 id="orgcb7854f"><span class="section-number-2">2</span> The Arvados file interface</h2>
+<div id="outline-container-orgb6a7a42" class="outline-2">
+<h2 id="orgb6a7a42"><span class="section-number-2">2</span> The Arvados file interface</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-2">
<p>
Arvados has the web server, but it also has a REST API and associated
@@ -361,8 +337,8 @@ arv-get 2be6af7b4741f2a5c5f8ff2bc6152d73+1955623+Ab9ad65d7fe958a053b3a57d545839d
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgc8c3ccd" class="outline-2">
-<h2 id="orgc8c3ccd"><span class="section-number-2">3</span> The PubSeq Arvados shell</h2>
+<div id="outline-container-org0c7b94e" class="outline-2">
+<h2 id="org0c7b94e"><span class="section-number-2">3</span> The PubSeq Arvados shell</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-3">
<p>
When you login to Arvados (you can request permission from us) it is
@@ -414,11 +390,34 @@ the git repo and starts a new run calling into
/data/pubseq/bh20-seq-resource/venv3/bin/bh20-seq-analyzer which is
essentially <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/2baa88b766ec540bd34b96599014dd16e393af39/bh20seqanalyzer/main.py#L354">monitoring</a> for uploads.
</p>
+
+<p>
+On <code>run --help</code>
+</p>
+
+<pre class="example" id="org93c3a8a">
+optional arguments:
+ -h, --help show this help message and exit
+ --uploader-project UPLOADER_PROJECT
+ --pangenome-analysis-project PANGENOME_ANALYSIS_PROJECT
+ --fastq-project FASTQ_PROJECT
+ --validated-project VALIDATED_PROJECT
+ --workflow-def-project WORKFLOW_DEF_PROJECT
+ --pangenome-workflow-uuid PANGENOME_WORKFLOW_UUID
+ --fastq-workflow-uuid FASTQ_WORKFLOW_UUID
+ --exclude-list EXCLUDE_LIST
+ --latest-result-collection LATEST_RESULT_COLLECTION
+ --kickoff
+ --no-start-analysis
+ --once
+ --print-status PRINT_STATUS
+ --revalidate
+</pre>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org028c1b4" class="outline-2">
-<h2 id="org028c1b4"><span class="section-number-2">4</span> Wiring up CWL</h2>
+<div id="outline-container-org756005d" class="outline-2">
+<h2 id="org756005d"><span class="section-number-2">4</span> Wiring up CWL</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-4">
<p>
In above script <code>bh20-seq-analyzer</code> you can see that the <a href="https://www.commonwl.org/">Common
@@ -459,8 +458,8 @@ For more see <a href="https://hpc.guix.info/blog/2019/01/creating-a-reproducible
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org7cdc8cc" class="outline-2">
-<h2 id="org7cdc8cc"><span class="section-number-2">5</span> Using the Arvados API</h2>
+<div id="outline-container-orgf30b46f" class="outline-2">
+<h2 id="orgf30b46f"><span class="section-number-2">5</span> Using the Arvados API</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-5">
<p>
Arvados provides a rich API for accessing internals of the Cloud
@@ -476,8 +475,8 @@ get a list of <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/2baa88b
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org5961211" class="outline-2">
-<h2 id="org5961211"><span class="section-number-2">6</span> Troubleshooting</h2>
+<div id="outline-container-org3af3122" class="outline-2">
+<h2 id="org3af3122"><span class="section-number-2">6</span> Troubleshooting</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-6">
<p>
When workflows have errors we should check the logs in Arvados.
@@ -494,7 +493,7 @@ see what parts failed.
</div>
</div>
<div id="postamble" class="status">
-<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-08-26 Wed 05:01</small>.
+<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-11-09 Mon 01:20</small>.
</div>
</body>
</html>
diff --git a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.org b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.org
index 4b827f5..d7816ba 100644
--- a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.org
+++ b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part2.org
@@ -96,6 +96,27 @@ the git repo and starts a new run calling into
/data/pubseq/bh20-seq-resource/venv3/bin/bh20-seq-analyzer which is
essentially [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/2baa88b766ec540bd34b96599014dd16e393af39/bh20seqanalyzer/main.py#L354][monitoring]] for uploads.
+On ~run --help~
+
+#+begin_example
+optional arguments:
+ -h, --help show this help message and exit
+ --uploader-project UPLOADER_PROJECT
+ --pangenome-analysis-project PANGENOME_ANALYSIS_PROJECT
+ --fastq-project FASTQ_PROJECT
+ --validated-project VALIDATED_PROJECT
+ --workflow-def-project WORKFLOW_DEF_PROJECT
+ --pangenome-workflow-uuid PANGENOME_WORKFLOW_UUID
+ --fastq-workflow-uuid FASTQ_WORKFLOW_UUID
+ --exclude-list EXCLUDE_LIST
+ --latest-result-collection LATEST_RESULT_COLLECTION
+ --kickoff
+ --no-start-analysis
+ --once
+ --print-status PRINT_STATUS
+ --revalidate
+#+end_example
+
* Wiring up CWL
In above script ~bh20-seq-analyzer~ you can see that the [[https://www.commonwl.org/][Common
diff --git a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.html b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.html
index 788c1d2..b49830b 100644
--- a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.html
+++ b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.html
@@ -3,7 +3,7 @@
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
<head>
-<!-- 2020-10-27 Tue 06:43 -->
+<!-- 2020-11-05 Thu 07:28 -->
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<title>COVID-19 PubSeq Uploading Data (part 3)</title>
@@ -224,52 +224,66 @@
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul>
-<li><a href="#orga9eabf3">1. Uploading Data</a></li>
-<li><a href="#org643e745">2. Step 1: Upload sequence</a></li>
-<li><a href="#org0874b9f">3. Step 2: Add metadata</a>
+<li><a href="#org85998fd">1. Introduction</a></li>
+<li><a href="#orge783233">2. Uploading data</a></li>
+<li><a href="#orgc5810d7">3. Step 1: Upload sequence</a></li>
+<li><a href="#org5a4ae99">4. Step 2: Add metadata</a>
<ul>
-<li><a href="#orgaaa44f2">3.1. Obligatory fields</a>
+<li><a href="#orga9824de">4.1. Obligatory fields</a>
<ul>
-<li><a href="#orgf38cdbf">3.1.1. Sample ID (sample_id)</a></li>
-<li><a href="#org34b5b06">3.1.2. Collection date</a></li>
-<li><a href="#org221f1cf">3.1.3. Collection location</a></li>
-<li><a href="#org75d1dad">3.1.4. Sequencing technology</a></li>
-<li><a href="#org990e897">3.1.5. Authors</a></li>
+<li><a href="#org407fde2">4.1.1. Sample ID (sample_id)</a></li>
+<li><a href="#orgee3bb35">4.1.2. Collection date</a></li>
+<li><a href="#org123bf0c">4.1.3. Collection location</a></li>
+<li><a href="#org41b1f83">4.1.4. Sequencing technology</a></li>
+<li><a href="#org9bab62e">4.1.5. Authors</a></li>
</ul>
</li>
-<li><a href="#org959072e">3.2. Optional fields</a>
+<li><a href="#org7071af8">4.2. Optional fields</a>
<ul>
-<li><a href="#org561b754">3.2.1. Host information</a></li>
-<li><a href="#org774a993">3.2.2. Collecting institution</a></li>
-<li><a href="#orgcf096cf">3.2.3. Specimen source</a></li>
-<li><a href="#orgeac0fd8">3.2.4. Source database accession</a></li>
-<li><a href="#org3c0aebd">3.2.5. Strain name</a></li>
+<li><a href="#org2a04fdb">4.2.1. Host information</a></li>
+<li><a href="#orgc4084bc">4.2.2. Collecting institution</a></li>
+<li><a href="#orge552325">4.2.3. Specimen source</a></li>
+<li><a href="#org2577e1f">4.2.4. Source database accession</a></li>
+<li><a href="#org0305fb3">4.2.5. Strain name</a></li>
</ul>
</li>
</ul>
</li>
-<li><a href="#org9f09957">4. Step 3: Submit to COVID-19 PubSeq</a>
+<li><a href="#orgdf67705">5. Step 3: Submit to COVID-19 PubSeq</a>
<ul>
-<li><a href="#org25372da">4.1. Trouble shooting</a></li>
+<li><a href="#orgd33218c">5.1. Trouble shooting</a></li>
</ul>
</li>
-<li><a href="#org8d1b4ad">5. Step 4: Check output</a></li>
-<li><a href="#orgd86b3dc">6. Bulk sequence uploader</a>
+<li><a href="#orgbf4cd0f">6. Step 4: Check output</a></li>
+<li><a href="#orgc8d6fa4">7. Bulk sequence uploader</a>
<ul>
-<li><a href="#orgc4aa7a1">6.1. Run the uploader (CLI)</a></li>
-<li><a href="#org46687b5">6.2. Example: uploading bulk GenBank sequences</a></li>
-<li><a href="#orgbc228bc">6.3. Example: preparing metadata</a></li>
+<li><a href="#org338ebf7">7.1. Run the uploader (CLI)</a></li>
+<li><a href="#org46d5e2f">7.2. Example: uploading bulk GenBank sequences</a></li>
+<li><a href="#orgbfc3f90">7.3. Example: preparing metadata</a></li>
</ul>
</li>
</ul>
</div>
</div>
+<div id="outline-container-org85998fd" class="outline-2">
+<h2 id="org85998fd"><span class="section-number-2">1</span> Introduction</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-1">
+<p>
+In this document we explain how to upload data into COVID-19 PubSeq.
+This can happen through a web page, or through a command line
+script. We'll also show how to parametrize uploads by using templates.
+The procedure is much easier than with other repositories and can be
+fully automated. Once uploaded you can use our export API to prepare
+for other repositories.
+</p>
+</div>
+</div>
-<div id="outline-container-orga9eabf3" class="outline-2">
-<h2 id="orga9eabf3"><span class="section-number-2">1</span> Uploading Data</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-1">
+<div id="outline-container-orge783233" class="outline-2">
+<h2 id="orge783233"><span class="section-number-2">2</span> Uploading data</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-2">
<p>
The COVID-19 PubSeq allows you to upload your SARS-Cov-2 strains to a
public resource for global comparisons. A recompute of the pangenome
@@ -278,9 +292,9 @@ gets triggered on upload. Read the <a href="./about">ABOUT</a> page for more inf
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org643e745" class="outline-2">
-<h2 id="org643e745"><span class="section-number-2">2</span> Step 1: Upload sequence</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-2">
+<div id="outline-container-orgc5810d7" class="outline-2">
+<h2 id="orgc5810d7"><span class="section-number-2">3</span> Step 1: Upload sequence</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-3">
<p>
To upload a sequence in the <a href="http://covid19.genenetwork.org/">web upload page</a> hit the browse button and
select the FASTA file on your local hard disk.
@@ -307,9 +321,9 @@ an improved pangenome.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org0874b9f" class="outline-2">
-<h2 id="org0874b9f"><span class="section-number-2">3</span> Step 2: Add metadata</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-3">
+<div id="outline-container-org5a4ae99" class="outline-2">
+<h2 id="org5a4ae99"><span class="section-number-2">4</span> Step 2: Add metadata</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-4">
<p>
The <a href="./">web upload page</a> contains fields for adding metadata. Metadata is
not only important for attribution, is also important for
@@ -334,13 +348,13 @@ the web form. Here we add some extra information.
</p>
</div>
-<div id="outline-container-orgaaa44f2" class="outline-3">
-<h3 id="orgaaa44f2"><span class="section-number-3">3.1</span> Obligatory fields</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-3-1">
+<div id="outline-container-orga9824de" class="outline-3">
+<h3 id="orga9824de"><span class="section-number-3">4.1</span> Obligatory fields</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-4-1">
</div>
-<div id="outline-container-orgf38cdbf" class="outline-4">
-<h4 id="orgf38cdbf"><span class="section-number-4">3.1.1</span> Sample ID (sample_id)</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-1-1">
+<div id="outline-container-org407fde2" class="outline-4">
+<h4 id="org407fde2"><span class="section-number-4">4.1.1</span> Sample ID (sample_id)</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-1-1">
<p>
This is a string field that defines a unique sample identifier by the
submitter. In addition to sample_id we also have host_id,
@@ -357,18 +371,18 @@ Here we add the GenBank ID MT536190.1.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org34b5b06" class="outline-4">
-<h4 id="org34b5b06"><span class="section-number-4">3.1.2</span> Collection date</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-1-2">
+<div id="outline-container-orgee3bb35" class="outline-4">
+<h4 id="orgee3bb35"><span class="section-number-4">4.1.2</span> Collection date</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-1-2">
<p>
Estimated collection date. The GenBank page says April 6, 2020.
</p>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org221f1cf" class="outline-4">
-<h4 id="org221f1cf"><span class="section-number-4">3.1.3</span> Collection location</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-1-3">
+<div id="outline-container-org123bf0c" class="outline-4">
+<h4 id="org123bf0c"><span class="section-number-4">4.1.3</span> Collection location</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-1-3">
<p>
A search on wikidata says Los Angeles is
<a href="https://www.wikidata.org/entity/Q65">https://www.wikidata.org/entity/Q65</a>
@@ -376,18 +390,18 @@ A search on wikidata says Los Angeles is
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org75d1dad" class="outline-4">
-<h4 id="org75d1dad"><span class="section-number-4">3.1.4</span> Sequencing technology</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-1-4">
+<div id="outline-container-org41b1f83" class="outline-4">
+<h4 id="org41b1f83"><span class="section-number-4">4.1.4</span> Sequencing technology</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-1-4">
<p>
GenBank entry says Illumina, so we can fill that in
</p>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org990e897" class="outline-4">
-<h4 id="org990e897"><span class="section-number-4">3.1.5</span> Authors</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-1-5">
+<div id="outline-container-org9bab62e" class="outline-4">
+<h4 id="org9bab62e"><span class="section-number-4">4.1.5</span> Authors</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-1-5">
<p>
GenBank entry says 'Lamers,S., Nolan,D.J., Rose,R., Cross,S., Moraga
Amador,D., Yang,T., Caruso,L., Navia,W., Von Borstel,L., Hui Zhou,X.,
@@ -397,17 +411,17 @@ Freehan,A. and Garcia-Diaz,J.', so we can fill that in.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org959072e" class="outline-3">
-<h3 id="org959072e"><span class="section-number-3">3.2</span> Optional fields</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-3-2">
+<div id="outline-container-org7071af8" class="outline-3">
+<h3 id="org7071af8"><span class="section-number-3">4.2</span> Optional fields</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-4-2">
<p>
All other fields are optional. But let's see what we can add.
</p>
</div>
-<div id="outline-container-org561b754" class="outline-4">
-<h4 id="org561b754"><span class="section-number-4">3.2.1</span> Host information</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-2-1">
+<div id="outline-container-org2a04fdb" class="outline-4">
+<h4 id="org2a04fdb"><span class="section-number-4">4.2.1</span> Host information</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-2-1">
<p>
Sadly, not much is known about the host from GenBank. A little
sleuthing renders an interesting paper by some of the authors titled
@@ -420,27 +434,27 @@ did to the person and what the person was like (say age group).
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org774a993" class="outline-4">
-<h4 id="org774a993"><span class="section-number-4">3.2.2</span> Collecting institution</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-2-2">
+<div id="outline-container-orgc4084bc" class="outline-4">
+<h4 id="orgc4084bc"><span class="section-number-4">4.2.2</span> Collecting institution</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-2-2">
<p>
We can fill that in.
</p>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgcf096cf" class="outline-4">
-<h4 id="orgcf096cf"><span class="section-number-4">3.2.3</span> Specimen source</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-2-3">
+<div id="outline-container-orge552325" class="outline-4">
+<h4 id="orge552325"><span class="section-number-4">4.2.3</span> Specimen source</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-2-3">
<p>
We have that: nasopharyngeal swab
</p>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgeac0fd8" class="outline-4">
-<h4 id="orgeac0fd8"><span class="section-number-4">3.2.4</span> Source database accession</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-2-4">
+<div id="outline-container-org2577e1f" class="outline-4">
+<h4 id="org2577e1f"><span class="section-number-4">4.2.4</span> Source database accession</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-2-4">
<p>
Genbank which is <a href="http://identifiers.org/insdc/MT536190.1#sequence">http://identifiers.org/insdc/MT536190.1#sequence</a>.
Note we plug in our own identifier MT536190.1.
@@ -448,9 +462,9 @@ Note we plug in our own identifier MT536190.1.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org3c0aebd" class="outline-4">
-<h4 id="org3c0aebd"><span class="section-number-4">3.2.5</span> Strain name</h4>
-<div class="outline-text-4" id="text-3-2-5">
+<div id="outline-container-org0305fb3" class="outline-4">
+<h4 id="org0305fb3"><span class="section-number-4">4.2.5</span> Strain name</h4>
+<div class="outline-text-4" id="text-4-2-5">
<p>
SARS-CoV-2/human/USA/LA-BIE-070/2020
</p>
@@ -459,9 +473,9 @@ SARS-CoV-2/human/USA/LA-BIE-070/2020
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org9f09957" class="outline-2">
-<h2 id="org9f09957"><span class="section-number-2">4</span> Step 3: Submit to COVID-19 PubSeq</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-4">
+<div id="outline-container-orgdf67705" class="outline-2">
+<h2 id="orgdf67705"><span class="section-number-2">5</span> Step 3: Submit to COVID-19 PubSeq</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-5">
<p>
Once you have the sequence and the metadata together, hit
the 'Add to Pangenome' button. The data will be checked,
@@ -470,9 +484,9 @@ submitted and the workflows should kick in!
</div>
-<div id="outline-container-org25372da" class="outline-3">
-<h3 id="org25372da"><span class="section-number-3">4.1</span> Trouble shooting</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-4-1">
+<div id="outline-container-orgd33218c" class="outline-3">
+<h3 id="orgd33218c"><span class="section-number-3">5.1</span> Trouble shooting</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-5-1">
<p>
We got an error saying: {"stem": "<a href="http://www.wikidata.org/entity/">http://www.wikidata.org/entity/</a>",&#x2026;
which means that our location field was not formed correctly! After
@@ -485,9 +499,9 @@ submit button.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org8d1b4ad" class="outline-2">
-<h2 id="org8d1b4ad"><span class="section-number-2">5</span> Step 4: Check output</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-5">
+<div id="outline-container-orgbf4cd0f" class="outline-2">
+<h2 id="orgbf4cd0f"><span class="section-number-2">6</span> Step 4: Check output</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-6">
<p>
The current pipeline takes 5.5 hours to complete! Once it completes
the updated data can be checked on the <a href="./download">DOWNLOAD</a> page. After completion
@@ -497,9 +511,9 @@ in.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgd86b3dc" class="outline-2">
-<h2 id="orgd86b3dc"><span class="section-number-2">6</span> Bulk sequence uploader</h2>
-<div class="outline-text-2" id="text-6">
+<div id="outline-container-orgc8d6fa4" class="outline-2">
+<h2 id="orgc8d6fa4"><span class="section-number-2">7</span> Bulk sequence uploader</h2>
+<div class="outline-text-2" id="text-7">
<p>
Above steps require a manual upload of one sequence with metadata.
What if you have a number of sequences you want to upload in bulk?
@@ -510,6 +524,39 @@ the web form and gets validated from the same <a href="https://github.com/arvado
that you need to create/generate for your samples looks like
</p>
+<p>
+A minimal example of metadata looks like
+</p>
+
+<div class="org-src-container">
+<pre class="src src-json">id: placeholder
+
+license:
+ license_type: http://creativecommons.org/licenses/by/<span style="color: #8bc34a;">4.0</span>/
+
+host:
+ host_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_<span style="color: #8bc34a;">9606</span>
+
+sample:
+ sample_id: XX
+ collection_date: <span style="color: #9ccc65;">"2020-01-01"</span>
+ collection_location: http://www.wikidata.org/entity/Q<span style="color: #8bc34a;">148</span>
+
+virus:
+ virus_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_<span style="color: #8bc34a;">2697049</span>
+
+technology:
+ sample_sequencing_technology: [http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_<span style="color: #8bc34a;">0008632</span>]
+
+submitter:
+ authors: [John Doe]
+</pre>
+</div>
+
+<p>
+a more elaborate example (note most fields are optional) may look like
+</p>
+
<div class="org-src-container">
<pre class="src src-json">id: placeholder
@@ -559,11 +606,20 @@ submitter:
additional_submitter_information: Optional free text field for additional information
</pre>
</div>
+
+<p>
+more metadata is yummy. <a href="https://yummydata.org/">Yummydata</a> is useful to a wider community. Note
+that many of the terms in above example are URIs, such as
+host_species: <a href="http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606">http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606</a>. We use
+web ontologies for these to make the data less ambiguous and more
+FAIR. Check out the option fields as defined in the schema. If it is not listed
+a little bit of web searching may be required or <a href="./contact">contact</a> us.
+</p>
</div>
-<div id="outline-container-orgc4aa7a1" class="outline-3">
-<h3 id="orgc4aa7a1"><span class="section-number-3">6.1</span> Run the uploader (CLI)</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-6-1">
+<div id="outline-container-org338ebf7" class="outline-3">
+<h3 id="org338ebf7"><span class="section-number-3">7.1</span> Run the uploader (CLI)</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-7-1">
<p>
Installing with pip you should be
able to run
@@ -574,7 +630,6 @@ bh20sequploader sequence.fasta metadata.yaml
</pre>
-
<p>
Alternatively the script can be installed from <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource#installation">github</a>. Run on the
command line
@@ -617,9 +672,9 @@ The web interface using this exact same script so it should just work
</div>
-<div id="outline-container-org46687b5" class="outline-3">
-<h3 id="org46687b5"><span class="section-number-3">6.2</span> Example: uploading bulk GenBank sequences</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-6-2">
+<div id="outline-container-org46d5e2f" class="outline-3">
+<h3 id="org46d5e2f"><span class="section-number-3">7.2</span> Example: uploading bulk GenBank sequences</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-7-2">
<p>
We also use above script to bulk upload GenBank sequences with a <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/scripts/download_genbank_data/from_genbank_to_fasta_and_yaml.py">FASTA
and YAML</a> extractor specific for GenBank. This means that the steps we
@@ -645,14 +700,15 @@ ls $<span style="color: #ffcc80;">dir_fasta_and_yaml</span>/*.yaml | <span style
</div>
-<div id="outline-container-orgbc228bc" class="outline-3">
-<h3 id="orgbc228bc"><span class="section-number-3">6.3</span> Example: preparing metadata</h3>
-<div class="outline-text-3" id="text-6-3">
+<div id="outline-container-orgbfc3f90" class="outline-3">
+<h3 id="orgbfc3f90"><span class="section-number-3">7.3</span> Example: preparing metadata</h3>
+<div class="outline-text-3" id="text-7-3">
<p>
-Usually, metadata are available in tabular format, like spreadsheets. As an example, we provide a script
-<a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/tree/master/scripts/esr_samples">esr_samples.py</a> to show you how to parse
-your metadata in YAML files ready for the upload. To execute the script, go in the ~bh20-seq-resource/scripts/esr_samples
-and execute
+Usually, metadata are available in a tabular format, such as
+spreadsheets. As an example, we provide a script <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/tree/master/scripts/esr_samples">esr_samples.py</a> to
+show you how to parse your metadata in YAML files ready for the
+upload. To execute the script, go in the
+~bh20-seq-resource/scripts/esr_samples and execute
</p>
<div class="org-src-container">
@@ -661,14 +717,27 @@ and execute
</div>
<p>
-You will find the YAML files in the `yaml` folder which will be created in the same directory.
+You will find the YAML files in the `yaml` folder which will be
+created in the same directory.
+</p>
+
+<p>
+In the example we use Python pandas to read the spreadsheet into a
+tabular structure. Next we use a <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/scripts/esr_samples/template.yaml">template.yaml</a> file that gets filled
+in by <code>esr_samples.py</code> so we get a metadata YAML file for each sample.
+</p>
+
+<p>
+Next run the earlier CLI uploader for each YAML and FASTA combination.
+It can't be much easier than this. For ESR we uploaded a batch of 600
+sequences this way. See <a href="http://covid19.genenetwork.org/resource/20VR0995">example</a>.
</p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="postamble" class="status">
-<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-10-27 Tue 06:43</small>.
+<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-11-05 Thu 07:27</small>.
</div>
</body>
</html>
diff --git a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.org b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.org
index fb68251..d0d6c7f 100644
--- a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.org
+++ b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part3.org
@@ -7,10 +7,19 @@
#+HTML_HEAD: <link rel="Blog stylesheet" type="text/css" href="blog.css" />
#+OPTIONS: ^:nil
+* Introduction
+
+In this document we explain how to upload data into COVID-19 PubSeq.
+This can happen through a web page, or through a command line
+script. We'll also show how to parametrize uploads by using templates.
+The procedure is much easier than with other repositories and can be
+fully automated. Once uploaded you can use our export API to prepare
+for other repositories.
* Table of Contents :TOC:noexport:
- - [[#uploading-data][Uploading Data]]
+ - [[#introduction][Introduction]]
+ - [[#uploading-data][Uploading data]]
- [[#step-1-upload-sequence][Step 1: Upload sequence]]
- [[#step-2-add-metadata][Step 2: Add metadata]]
- [[#obligatory-fields][Obligatory fields]]
@@ -23,7 +32,7 @@
- [[#example-uploading-bulk-genbank-sequences][Example: uploading bulk GenBank sequences]]
- [[#example-preparing-metadata][Example: preparing metadata]]
-* Uploading Data
+* Uploading data
The COVID-19 PubSeq allows you to upload your SARS-Cov-2 strains to a
public resource for global comparisons. A recompute of the pangenome
@@ -165,55 +174,91 @@ file an associated metadata in [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/bl
the web form and gets validated from the same [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml][schema]] looks. The YAML
that you need to create/generate for your samples looks like
+A minimal example of metadata looks like
+
+#+begin_src json
+ id: placeholder
+
+ license:
+ license_type: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
+
+ host:
+ host_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606
+
+ sample:
+ sample_id: XX
+ collection_date: "2020-01-01"
+ collection_location: http://www.wikidata.org/entity/Q148
+
+ virus:
+ virus_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049
+
+ technology:
+ sample_sequencing_technology: [http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632]
+
+ submitter:
+ authors: [John Doe]
+#+end_src
+
+a more elaborate example (note most fields are optional) may look like
+
#+begin_src json
-id: placeholder
-
-host:
- host_id: XX1
- host_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606
- host_sex: http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000384
- host_age: 20
- host_age_unit: http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000036
- host_health_status: http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C25269
- host_treatment: Process in which the act is intended to modify or alter host status (Compounds)
- host_vaccination: [vaccines1,vaccine2]
- ethnicity: http://purl.obolibrary.org/obo/HANCESTRO_0010
- additional_host_information: Optional free text field for additional information
-
-sample:
- sample_id: Id of the sample as defined by the submitter
- collector_name: Name of the person that took the sample
- collecting_institution: Institute that was responsible of sampling
- specimen_source: [http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831,http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155835]
- collection_date: "2020-01-01"
- collection_location: http://www.wikidata.org/entity/Q148
- sample_storage_conditions: frozen specimen
- source_database_accession: [http://identifiers.org/insdc/LC522350.1#sequence]
- additional_collection_information: Optional free text field for additional information
-
-virus:
- virus_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049
- virus_strain: SARS-CoV-2/human/CHN/HS_8/2020
-
-technology:
- sample_sequencing_technology: [http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0009173,http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0009173]
- sequence_assembly_method: Protocol used for assembly
- sequencing_coverage: [70.0, 100.0]
- additional_technology_information: Optional free text field for additional information
-
-submitter:
- authors: [John Doe, Joe Boe, Jonny Oe]
- submitter_name: [John Doe]
- submitter_address: John Doe's address
- originating_lab: John Doe kitchen
- lab_address: John Doe's address
- provider_sample_id: XXX1
- submitter_sample_id: XXX2
- publication: PMID00001113
- submitter_orcid: [https://orcid.org/0000-0000-0000-0000,https://orcid.org/0000-0000-0000-0001]
- additional_submitter_information: Optional free text field for additional information
+ id: placeholder
+
+ host:
+ host_id: XX1
+ host_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606
+ host_sex: http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000384
+ host_age: 20
+ host_age_unit: http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000036
+ host_health_status: http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C25269
+ host_treatment: Process in which the act is intended to modify or alter host status (Compounds)
+ host_vaccination: [vaccines1,vaccine2]
+ ethnicity: http://purl.obolibrary.org/obo/HANCESTRO_0010
+ additional_host_information: Optional free text field for additional information
+
+ sample:
+ sample_id: Id of the sample as defined by the submitter
+ collector_name: Name of the person that took the sample
+ collecting_institution: Institute that was responsible of sampling
+ specimen_source: [http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831,http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155835]
+ collection_date: "2020-01-01"
+ collection_location: http://www.wikidata.org/entity/Q148
+ sample_storage_conditions: frozen specimen
+ source_database_accession: [http://identifiers.org/insdc/LC522350.1#sequence]
+ additional_collection_information: Optional free text field for additional information
+
+ virus:
+ virus_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049
+ virus_strain: SARS-CoV-2/human/CHN/HS_8/2020
+
+ technology:
+ sample_sequencing_technology: [http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0009173,http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0009173]
+ sequence_assembly_method: Protocol used for assembly
+ sequencing_coverage: [70.0, 100.0]
+ additional_technology_information: Optional free text field for additional information
+
+ submitter:
+ authors: [John Doe, Joe Boe, Jonny Oe]
+ submitter_name: [John Doe]
+ submitter_address: John Doe's address
+ originating_lab: John Doe kitchen
+ lab_address: John Doe's address
+ provider_sample_id: XXX1
+ submitter_sample_id: XXX2
+ publication: PMID00001113
+ submitter_orcid: [https://orcid.org/0000-0000-0000-0000,https://orcid.org/0000-0000-0000-0001]
+ additional_submitter_information: Optional free text field for additional information
#+end_src
+more metadata is yummy when stored in RDF. [[https://yummydata.org/][Yummydata]] is useful to a wider community. Note
+that many of the terms in above example are URIs, such as
+host_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606. We use
+web ontologies for these to make the data less ambiguous and more
+FAIR. Check out the option fields as defined in the schema. If it is not listed,
+check the [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/semantic_enrichment/labels.ttl][labels.ttl]] file. Also,
+a little bit of web searching may be required or [[./contact][contact]] us.
+
** Run the uploader (CLI)
Installing with pip you should be
@@ -221,7 +266,6 @@ able to run
: bh20sequploader sequence.fasta metadata.yaml
-
Alternatively the script can be installed from [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource#installation][github]]. Run on the
command line
@@ -274,13 +318,23 @@ done
** Example: preparing metadata
-Usually, metadata are available in tabular format, like spreadsheets. As an example, we provide a script
-[[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/tree/master/scripts/esr_samples][esr_samples.py]] to show you how to parse
-your metadata in YAML files ready for the upload. To execute the script, go in the ~bh20-seq-resource/scripts/esr_samples
-and execute
+Usually, metadata are available in a tabular format, such as
+spreadsheets. As an example, we provide a script [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/tree/master/scripts/esr_samples][esr_samples.py]] to
+show you how to parse your metadata in YAML files ready for the
+upload. To execute the script, go in the
+~bh20-seq-resource/scripts/esr_samples and execute
#+BEGIN_SRC sh
python3 esr_samples.py
#+END_SRC
-You will find the YAML files in the `yaml` folder which will be created in the same directory.
+You will find the YAML files in the `yaml` folder which will be
+created in the same directory.
+
+In the example we use Python pandas to read the spreadsheet into a
+tabular structure. Next we use a [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/scripts/esr_samples/template.yaml][template.yaml]] file that gets filled
+in by ~esr_samples.py~ so we get a metadata YAML file for each sample.
+
+Next run the earlier CLI uploader for each YAML and FASTA combination.
+It can't be much easier than this. For ESR we uploaded a batch of 600
+sequences this way writing a few lines of Python [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/scripts/esr_samples/esr_samples.py][code]]. See [[http://covid19.genenetwork.org/resource/20VR0995][example]].
diff --git a/doc/web/download.html b/doc/web/download.html
index 998c87b..2c8b5f7 100644
--- a/doc/web/download.html
+++ b/doc/web/download.html
@@ -3,7 +3,7 @@
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
<head>
-<!-- 2020-08-24 Mon 03:08 -->
+<!-- 2020-11-05 Thu 05:26 -->
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<title>Download</title>
@@ -40,7 +40,7 @@
}
pre.src {
position: relative;
- overflow: visible;
+ overflow: auto;
padding-top: 1.2em;
}
pre.src:before {
@@ -194,50 +194,26 @@
/*]]>*/-->
</style>
<script type="text/javascript">
-/*
-@licstart The following is the entire license notice for the
-JavaScript code in this tag.
-
-Copyright (C) 2012-2020 Free Software Foundation, Inc.
-
-The JavaScript code in this tag is free software: you can
-redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU
-General Public License (GNU GPL) as published by the Free Software
-Foundation, either version 3 of the License, or (at your option)
-any later version. The code is distributed WITHOUT ANY WARRANTY;
-without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
-FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU GPL for more details.
-
-As additional permission under GNU GPL version 3 section 7, you
-may distribute non-source (e.g., minimized or compacted) forms of
-that code without the copy of the GNU GPL normally required by
-section 4, provided you include this license notice and a URL
-through which recipients can access the Corresponding Source.
-
-
-@licend The above is the entire license notice
-for the JavaScript code in this tag.
-*/
+// @license magnet:?xt=urn:btih:e95b018ef3580986a04669f1b5879592219e2a7a&dn=public-domain.txt Public Domain
<!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
- function CodeHighlightOn(elem, id)
- {
- var target = document.getElementById(id);
- if(null != target) {
- elem.cacheClassElem = elem.className;
- elem.cacheClassTarget = target.className;
- target.className = "code-highlighted";
- elem.className = "code-highlighted";
- }
- }
- function CodeHighlightOff(elem, id)
- {
- var target = document.getElementById(id);
- if(elem.cacheClassElem)
- elem.className = elem.cacheClassElem;
- if(elem.cacheClassTarget)
- target.className = elem.cacheClassTarget;
- }
-/*]]>*///-->
+ function CodeHighlightOn(elem, id)
+ {
+ var target = document.getElementById(id);
+ if(null != target) {
+ elem.classList.add("code-highlighted");
+ target.classList.add("code-highlighted");
+ }
+ }
+ function CodeHighlightOff(elem, id)
+ {
+ var target = document.getElementById(id);
+ if(null != target) {
+ elem.classList.remove("code-highlighted");
+ target.classList.remove("code-highlighted");
+ }
+ }
+ /*]]>*///-->
+// @license-end
</script>
</head>
<body>
@@ -247,35 +223,35 @@ for the JavaScript code in this tag.
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul>
-<li><a href="#orgc7d7db3">1. Workflow runs</a></li>
-<li><a href="#org3b6bb40">2. FASTA files</a></li>
-<li><a href="#orgef20a06">3. Metadata</a></li>
-<li><a href="#orgaabb9da">4. Pangenome</a>
+<li><a href="#orgf894fd0">1. Workflow runs</a></li>
+<li><a href="#org51b7162">2. FASTA files</a></li>
+<li><a href="#org572ed1f">3. Metadata</a></li>
+<li><a href="#org6b6b3d3">4. Pangenome</a>
<ul>
-<li><a href="#org1171db3">4.1. Pangenome GFA format</a></li>
-<li><a href="#orgfc74439">4.2. Pangenome in ODGI format</a></li>
-<li><a href="#orge6bb923">4.3. Pangenome RDF format</a></li>
-<li><a href="#org5978f5c">4.4. Pangenome Browser format</a></li>
+<li><a href="#org9f4caf2">4.1. Pangenome GFA format</a></li>
+<li><a href="#org110286f">4.2. Pangenome in ODGI format</a></li>
+<li><a href="#orgc83e017">4.3. Pangenome RDF format</a></li>
+<li><a href="#org8b1948b">4.4. Pangenome Browser format</a></li>
</ul>
</li>
-<li><a href="#orgae23127">5. Log of workflow output</a></li>
-<li><a href="#org88613e5">6. All files</a></li>
-<li><a href="#org97e0327">7. Planned</a>
+<li><a href="#org3848ad3">5. Log of workflow output</a></li>
+<li><a href="#org3ecd561">6. All files</a></li>
+<li><a href="#orga83843e">7. Planned</a>
<ul>
-<li><a href="#org35758f9">7.1. Raw sequence data</a></li>
-<li><a href="#orgab1c848">7.2. Multiple Sequence Alignment (MSA)</a></li>
-<li><a href="#orgadb7ade">7.3. Phylogenetic tree</a></li>
-<li><a href="#org3ec62c4">7.4. Protein prediction</a></li>
+<li><a href="#orgcdeb8a1">7.1. Raw sequence data</a></li>
+<li><a href="#org25b78b5">7.2. Multiple Sequence Alignment (MSA)</a></li>
+<li><a href="#org02f524d">7.3. Phylogenetic tree</a></li>
+<li><a href="#org78366fa">7.4. Protein prediction</a></li>
</ul>
</li>
-<li><a href="#orga430457">8. Source code</a></li>
-<li><a href="#org768f91e">9. Citing PubSeq</a></li>
+<li><a href="#org3344c28">8. Source code</a></li>
+<li><a href="#orgdd54c12">9. Citing PubSeq</a></li>
</ul>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgc7d7db3" class="outline-2">
-<h2 id="orgc7d7db3"><span class="section-number-2">1</span> Workflow runs</h2>
+<div id="outline-container-orgf894fd0" class="outline-2">
+<h2 id="orgf894fd0"><span class="section-number-2">1</span> Workflow runs</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-1">
<p>
The last runs can be viewed <a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/projects/lugli-j7d0g-y4k4uswcqi3ku56#Subprojects">here</a>. If you click on a run you can see
@@ -286,8 +262,8 @@ is listed under <code>Data collections</code>. All current data is listed
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org3b6bb40" class="outline-2">
-<h2 id="org3b6bb40"><span class="section-number-2">2</span> FASTA files</h2>
+<div id="outline-container-org51b7162" class="outline-2">
+<h2 id="org51b7162"><span class="section-number-2">2</span> FASTA files</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-2">
<p>
The <b>public sequence resource</b> provides all uploaded sequences as
@@ -297,15 +273,15 @@ also provide a single file <a href="https://collections.lugli.arvadosapi.com/c=l
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgef20a06" class="outline-2">
-<h2 id="orgef20a06"><span class="section-number-2">3</span> Metadata</h2>
+<div id="outline-container-org572ed1f" class="outline-2">
+<h2 id="org572ed1f"><span class="section-number-2">3</span> Metadata</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-3">
<p>
Metadata can be downloaded as <a href="https://www.w3.org/TR/turtle/">Turtle RDF</a> as a <a href="https://collections.lugli.arvadosapi.com/c=lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/mergedmetadata.ttl">mergedmetadat.ttl</a> which
can be loaded into any RDF triple-store. We provide a Virtuoso SPARQL
endpoint ourselves which can be queried from
<a href="http://sparql.genenetwork.org/sparql/">http://sparql.genenetwork.org/sparql/</a>. Query examples can be found in
-our <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org">BLOG</a>.
+the <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org">DOCS</a>
</p>
<p>
@@ -320,8 +296,8 @@ graph can be downloaded from below Pangenome RDF format.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgaabb9da" class="outline-2">
-<h2 id="orgaabb9da"><span class="section-number-2">4</span> Pangenome</h2>
+<div id="outline-container-org6b6b3d3" class="outline-2">
+<h2 id="org6b6b3d3"><span class="section-number-2">4</span> Pangenome</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-4">
<p>
Pangenome data is made available in multiple guises. Variation graphs
@@ -329,8 +305,8 @@ Pangenome data is made available in multiple guises. Variation graphs
</p>
</div>
-<div id="outline-container-org1171db3" class="outline-3">
-<h3 id="org1171db3"><span class="section-number-3">4.1</span> Pangenome GFA format</h3>
+<div id="outline-container-org9f4caf2" class="outline-3">
+<h3 id="org9f4caf2"><span class="section-number-3">4.1</span> Pangenome GFA format</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-4-1">
<p>
<a href="https://github.com/GFA-spec/GFA-spec">GFA</a> is a standard for graphical fragment assembly and consumed
@@ -339,8 +315,8 @@ by tools such as <a href="https://github.com/vgteam/vg">vgtools</a>.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgfc74439" class="outline-3">
-<h3 id="orgfc74439"><span class="section-number-3">4.2</span> Pangenome in ODGI format</h3>
+<div id="outline-container-org110286f" class="outline-3">
+<h3 id="org110286f"><span class="section-number-3">4.2</span> Pangenome in ODGI format</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-4-2">
<p>
<a href="https://github.com/vgteam/odgi">ODGI</a> is a format that supports an optimised dynamic genome/graph
@@ -349,8 +325,8 @@ implementation.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orge6bb923" class="outline-3">
-<h3 id="orge6bb923"><span class="section-number-3">4.3</span> Pangenome RDF format</h3>
+<div id="outline-container-orgc83e017" class="outline-3">
+<h3 id="orgc83e017"><span class="section-number-3">4.3</span> Pangenome RDF format</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-4-3">
<p>
An RDF file that includes the sequences themselves in a variation
@@ -361,8 +337,8 @@ graph can be downloaded from
</div>
-<div id="outline-container-org5978f5c" class="outline-3">
-<h3 id="org5978f5c"><span class="section-number-3">4.4</span> Pangenome Browser format</h3>
+<div id="outline-container-org8b1948b" class="outline-3">
+<h3 id="org8b1948b"><span class="section-number-3">4.4</span> Pangenome Browser format</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-4-4">
<p>
The many JSON files that are named as
@@ -373,8 +349,8 @@ Pangenome browser.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgae23127" class="outline-2">
-<h2 id="orgae23127"><span class="section-number-2">5</span> Log of workflow output</h2>
+<div id="outline-container-org3848ad3" class="outline-2">
+<h2 id="org3848ad3"><span class="section-number-2">5</span> Log of workflow output</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-5">
<p>
Including in below link is a log file of the last workflow runs.
@@ -382,8 +358,8 @@ Including in below link is a log file of the last workflow runs.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org88613e5" class="outline-2">
-<h2 id="org88613e5"><span class="section-number-2">6</span> All files</h2>
+<div id="outline-container-org3ecd561" class="outline-2">
+<h2 id="org3ecd561"><span class="section-number-2">6</span> All files</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-6">
<p>
<a href="https://collections.lugli.arvadosapi.com/c=lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/">https://collections.lugli.arvadosapi.com/c=lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/</a>
@@ -391,16 +367,16 @@ Including in below link is a log file of the last workflow runs.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org97e0327" class="outline-2">
-<h2 id="org97e0327"><span class="section-number-2">7</span> Planned</h2>
+<div id="outline-container-orga83843e" class="outline-2">
+<h2 id="orga83843e"><span class="section-number-2">7</span> Planned</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-7">
<p>
We are planning the add the following output (see also
</p>
</div>
-<div id="outline-container-org35758f9" class="outline-3">
-<h3 id="org35758f9"><span class="section-number-3">7.1</span> Raw sequence data</h3>
+<div id="outline-container-orgcdeb8a1" class="outline-3">
+<h3 id="orgcdeb8a1"><span class="section-number-3">7.1</span> Raw sequence data</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-7-1">
<p>
See <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/issues/16">fastq tracker</a> and <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/issues/63">BAM tracker</a>.
@@ -408,8 +384,8 @@ See <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/issues/16">fastq track
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgab1c848" class="outline-3">
-<h3 id="orgab1c848"><span class="section-number-3">7.2</span> Multiple Sequence Alignment (MSA)</h3>
+<div id="outline-container-org25b78b5" class="outline-3">
+<h3 id="org25b78b5"><span class="section-number-3">7.2</span> Multiple Sequence Alignment (MSA)</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-7-2">
<p>
See <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/issues/11">MSA tracker</a>.
@@ -417,8 +393,8 @@ See <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/issues/11">MSA tracker
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgadb7ade" class="outline-3">
-<h3 id="orgadb7ade"><span class="section-number-3">7.3</span> Phylogenetic tree</h3>
+<div id="outline-container-org02f524d" class="outline-3">
+<h3 id="org02f524d"><span class="section-number-3">7.3</span> Phylogenetic tree</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-7-3">
<p>
See <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/issues/43">Phylo tracker</a>.
@@ -426,8 +402,8 @@ See <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/issues/43">Phylo track
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org3ec62c4" class="outline-3">
-<h3 id="org3ec62c4"><span class="section-number-3">7.4</span> Protein prediction</h3>
+<div id="outline-container-org78366fa" class="outline-3">
+<h3 id="org78366fa"><span class="section-number-3">7.4</span> Protein prediction</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-7-4">
<p>
We aim to make protein predictions available.
@@ -436,8 +412,8 @@ We aim to make protein predictions available.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orga430457" class="outline-2">
-<h2 id="orga430457"><span class="section-number-2">8</span> Source code</h2>
+<div id="outline-container-org3344c28" class="outline-2">
+<h2 id="org3344c28"><span class="section-number-2">8</span> Source code</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-8">
<p>
All source code for this website and tooling is available
@@ -447,8 +423,8 @@ from
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org768f91e" class="outline-2">
-<h2 id="org768f91e"><span class="section-number-2">9</span> Citing PubSeq</h2>
+<div id="outline-container-orgdd54c12" class="outline-2">
+<h2 id="orgdd54c12"><span class="section-number-2">9</span> Citing PubSeq</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-9">
<p>
See the <a href="./about">FAQ</a>.
@@ -457,7 +433,7 @@ See the <a href="./about">FAQ</a>.
</div>
</div>
<div id="postamble" class="status">
-<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-08-24 Mon 03:07</small>.
+<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-11-05 Thu 05:26</small>.
</div>
</body>
</html>
diff --git a/doc/web/download.org b/doc/web/download.org
index a3f1949..44fbeb1 100644
--- a/doc/web/download.org
+++ b/doc/web/download.org
@@ -39,7 +39,7 @@ Metadata can be downloaded as [[https://www.w3.org/TR/turtle/][Turtle RDF]] as a
can be loaded into any RDF triple-store. We provide a Virtuoso SPARQL
endpoint ourselves which can be queried from
http://sparql.genenetwork.org/sparql/. Query examples can be found in
-our [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org][BLOG]].
+the [[https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org][DOCS]]
The Swiss Institute of Bioinformatics has included this data in
https://covid-19-sparql.expasy.org/ and made it part of [[https://www.uniprot.org/][Uniprot]].
diff --git a/example/uthsc_example.yaml b/example/uthsc_example.yaml
index 18188dc..956faf1 100644
--- a/example/uthsc_example.yaml
+++ b/example/uthsc_example.yaml
@@ -1,10 +1,10 @@
id: placeholder
license:
- license_type: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
+ license_type: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
title: "Sample"
attribution_name: "Mariah Taylor, Colleen Jonsson"
- attribution_url: https://www.uthsc.edu/rbl/
+ attribution_url: https://www.uthsc.edu/medicine/molecular-sciences/faculty-directory/jonsson.php
host:
host_id: TN_UT2
diff --git a/scripts/db_enrichment/.gitignore b/scripts/db_enrichment/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000..30b159b
--- /dev/null
+++ b/scripts/db_enrichment/.gitignore
@@ -0,0 +1 @@
+enriched_output.txt
diff --git a/scripts/db_enrichment/country_enrichment.py b/scripts/db_enrichment/country_enrichment.py
index 8dcf5f2..37329fb 100644
--- a/scripts/db_enrichment/country_enrichment.py
+++ b/scripts/db_enrichment/country_enrichment.py
@@ -1,3 +1,12 @@
+# This script by @LLTommy queries the main SPARQL end point to find what
+# collections are missing country information for GPS coordinates, such
+#
+# <http://www.wikidata.org/entity/Q657004> rdfs:label "Canterbury Region" ;
+# ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q664> ;
+# ns1:P625 "Point(172.0 -43.6)" .
+#
+# See also the ./readme.md
+
import requests
import csv
from rdflib import Graph, Literal, RDF, URIRef
@@ -30,30 +39,49 @@ def callSPARQL(query):
g = Graph()
+test_query="""
+# Use with https://query.wikidata.org/
+SELECT DISTINCT ?a ?label ?country ?continent ?coor WHERE {
+ BIND (XXX as ?a) .
+ OPTIONAL {
+ ?a wdt:P625 ?coor.
+ }
+ ?a rdfs:label ?label .
+ ?a wdt:P17 ?country.
+ ?country rdfs:label ?country_label .
+ OPTIONAL {
+ ?country wdt:P30 ?continent.
+ ?continent rdfs:label ?continent_label
+ FILTER (lang(?continent_label)='en')
+ }
+ FILTER (lang(?country_label)='en')
+ FILTER (lang(?label)='en')
+}
+"""
+# wdt:P625 are GEO coordinates
query = """
construct {
- ?a wdt:P625 ?c.
+ ?a wdt:P625 ?c.
?a rdfs:label ?label .
- ?a wdt:P17 ?country.
- ?country rdfs:label ?country_label .
- ?country wdt:P30 ?continent.
- ?continent rdfs:label ?continent_label
-} WHERE
-{
- BIND (XXX as ?a) .
- ?a wdt:P625 ?c.
+ ?a wdt:P17 ?country.
+ ?country rdfs:label ?country_label .
+ ?country wdt:P30 ?continent .
+ ?continent rdfs:label ?continent_label .
+} WHERE
+{
+ BIND (XXX as ?a) .
?a rdfs:label ?label .
- ?a wdt:P17 ?country.
- ?country rdfs:label ?country_label .
- ?country wdt:P30 ?continent.
+ ?a wdt:P17 ?country.
+ ?country rdfs:label ?country_label .
+ ?country wdt:P30 ?continent.
?continent rdfs:label ?continent_label
- FILTER (lang(?continent_label)='en')
+ FILTER (lang(?continent_label)='en')
FILTER (lang(?country_label)='en')
- FILTER (lang(?label)='en')
-
-}
+ FILTER (lang(?label)='en')
+ OPTIONAL { ?a wdt:P625 ?c }
+}
"""""
outputFile = 'input_location.csv'
@@ -65,6 +93,8 @@ with open(outputFile, 'r') as csvfile:
counter=counter+1
try:
+ testq = test_query.replace("XXX", "<"+row[0]+">")
+ print(testq)
tmpquery=query.replace("XXX", "<"+row[0]+">")
print(tmpquery)
@@ -88,4 +118,4 @@ with open(outputFile, 'r') as csvfile:
raise
print(g.serialize(format='n3').decode("utf-8"))
-g.serialize(destination='enriched_ouput.txt', format='turtle') \ No newline at end of file
+g.serialize(destination='enriched_output.txt', format='turtle')
diff --git a/scripts/db_enrichment/input_location.csv b/scripts/db_enrichment/input_location.csv
index 364afc8..8c3308f 100644
--- a/scripts/db_enrichment/input_location.csv
+++ b/scripts/db_enrichment/input_location.csv
@@ -1,2 +1,6 @@
-http://www.wikidata.org/entity/Q111904
-http://www.wikidata.org/entity/Q1070 \ No newline at end of file
+http://www.wikidata.org/entity/Q7960498
+http://www.wikidata.org/entity/Q692895
+http://www.wikidata.org/entity/Q2722074
+http://www.wikidata.org/entity/Q25622187
+http://www.wikidata.org/entity/Q27684996
+http://www.wikidata.org/entity/Q2757125
diff --git a/scripts/db_enrichment/readme.md b/scripts/db_enrichment/readme.md
index 55ec496..7539104 100644
--- a/scripts/db_enrichment/readme.md
+++ b/scripts/db_enrichment/readme.md
@@ -11,11 +11,15 @@ File containing information about the countries in our database. Additional info
This SPARQL query (http://sparql.genenetwork.org/sparql/) retrieves all countries (ids) from our database that do not have a label yet:
->SELECT DISTINCT ?geoLocation WHERE
->{
->?fasta ?x [ <<http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00000448>> ?geoLocation] .
->FILTER NOT EXISTS {?geoLocation <<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label>> ?geoLocation_tmp_label}
->}
+```sparql
+SELECT DISTINCT ?geoLocation WHERE
+{
+ ?fasta ?x [ <http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00000448> ?geoLocation] .
+ FILTER NOT EXISTS {?geoLocation <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?geoLocation_tmp_label}
+}
+```
+
+[Run query](http://sparql.genenetwork.org/sparql/?default-graph-uri=&query=%0D%0ASELECT+DISTINCT+%3FgeoLocation++WHERE%0D%0A%7B%0D%0A++%3Ffasta+%3Fx+%5B+%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FGAZ_00000448%3E+%3FgeoLocation%5D+.%0D%0A++FILTER+NOT+EXISTS+%7B%3FgeoLocation+%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23label%3E+%3FgeoLocation_tmp_label%7D%0D%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&debug=on&run=+Run+Query+)
- Use the list of identifiers created with the query above as input for the update script *country_enrichment.py*. The script creates a temporary .ttl file in this folder
- Merge the output of the script above manually into the file semantic_enrichment/countries.ttl (TODO: Improve script output so manual intervention no longer needed. Currently there are "double entries" for continents in the output)
diff --git a/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py b/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py
index 8761c8a..939a575 100755
--- a/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py
+++ b/scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py
@@ -4,7 +4,7 @@
#
# You can run this in a Guix container with
#
-# ~/opt/guix/bin/guix environment -C guix --ad-hoc python python-requests curl --network -- python3 ./scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py cache.txt dba dba
+# ~/opt/guix/bin/guix environment -C guix --ad-hoc raptor2 python python-requests curl --network -- python3 ./scripts/update_virtuoso/check_for_updates.py cache.txt dba dba
#
# Note you'll need to run from the root dir. Remove the ./cache.txt file if you want to force an update.
#
@@ -19,6 +19,11 @@ fn = sys.argv[1]
user = sys.argv[2]
pwd = sys.argv[3]
+no_cache = False
+if fn == "--no-cache":
+ no_cache = True
+ print("Skipping cache check and download of metadata.ttl")
+
scriptdir = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
print(scriptdir)
basedir = os.path.dirname(os.path.dirname(scriptdir))
@@ -29,6 +34,15 @@ def upload(fn):
# print("DELETE "+fn)
# cmd = ("curl --digest --user dba:%s --verbose --url -G http://sparql.genenetwork.org/sparql-graph-crud-auth --data-urlencode graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph -X DELETE" % pwd).split(" ")
+ print("VALIDATE "+fn)
+ cmd = f"rapper -i turtle {fn}"
+ print(cmd)
+ p = subprocess.Popen(cmd.split(" "),stdout=subprocess.PIPE,stderr=subprocess.PIPE)
+ out, err = p.communicate()
+ if p.returncode != 0:
+ print(out,err)
+ assert(p.returncode == 0)
+
print("UPLOADING "+fn)
cmd = ("curl -X PUT --digest -u dba:%s -H Content-Type:text/turtle -T %s -G http://sparql.genenetwork.org/sparql-graph-crud-auth --data-urlencode graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph/%s" % (pwd, fn, os.path.basename(fn)) )
print(cmd)
@@ -39,24 +53,26 @@ def upload(fn):
url = 'https://download.lugli.arvadosapi.com/c=lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/_/mergedmetadata.ttl'
# --- Fetch headers from TTL file on Arvados
+# curl --head https://download.lugli.arvadosapi.com/c=lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/_/mergedmetadata.ttl
r = requests.head(url)
print(r.headers)
-print(r.headers['Last-Modified'])
+if not no_cache:
+ print(r.headers['Last-Modified'])
-# --- Convert/validate time stamp
-# ValueError: time data 'Tue, 21 Apr 2020 23:47:43 GMT' does not match format '%a %b %d %H:%M:%S %Y'
-last_modified_str = r.headers['Last-Modified']
-t_stamp = time.strptime(last_modified_str,"%a, %d %b %Y %H:%M:%S %Z" )
-print(t_stamp)
+ # --- Convert/validate time stamp
+ # ValueError: time data 'Tue, 21 Apr 2020 23:47:43 GMT' does not match format '%a %b %d %H:%M:%S %Y'
+ last_modified_str = r.headers['Last-Modified']
+ t_stamp = time.strptime(last_modified_str,"%a, %d %b %Y %H:%M:%S %Z" )
+ print(t_stamp)
-# OK, it works, now check last stored value
+# OK, it works, now check last stored value in the cache
stamp = None
if os.path.isfile(fn):
file = open(fn,"r")
stamp = file.read()
file.close
-if stamp != last_modified_str:
+if no_cache or stamp != last_modified_str:
print("Delete graphs")
for graph in ["labels.ttl", "metadata.ttl", "countries.ttl"]:
cmd = ("curl --digest -u dba:%s --verbose --url http://127.0.0.1:8890/sparql-graph-crud-auth?graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph/%s -X DELETE" % (pwd, graph))
@@ -69,14 +85,16 @@ if stamp != last_modified_str:
upload(basedir+"/semantic_enrichment/labels.ttl")
upload(basedir+"/semantic_enrichment/countries.ttl")
- print("Fetch metadata TTL")
- r = requests.get(url)
- assert(r.status_code == 200)
- with open("metadata.ttl", "w") as f:
- f.write(r.text)
- f.close
+ if not no_cache:
+ print("Fetch metadata TTL")
+ r = requests.get(url)
+ assert(r.status_code == 200)
+ with open("metadata.ttl", "w") as f:
+ f.write(r.text)
+ f.close
upload("metadata.ttl")
- with open(fn,"w") as f:
- f.write(last_modified_str)
+ if not no_cache:
+ with open(fn,"w") as f:
+ f.write(last_modified_str)
else:
print("Metadata is up to date")
diff --git a/scripts/uthsc_samples/.gitignore b/scripts/uthsc_samples/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000..8786e3f
--- /dev/null
+++ b/scripts/uthsc_samples/.gitignore
@@ -0,0 +1 @@
+yaml
diff --git a/scripts/uthsc_samples/template.yaml b/scripts/uthsc_samples/template.yaml
new file mode 100644
index 0000000..07e0828
--- /dev/null
+++ b/scripts/uthsc_samples/template.yaml
@@ -0,0 +1,35 @@
+id: placeholder
+
+license:
+ license_type: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
+ title: "$strain"
+ attribution_name: "Mariah Taylor, Colleen B. Jonsson"
+ attribution_url: https://www.uthsc.edu/medicine/molecular-sciences/faculty-directory/jonsson.php
+
+host:
+ host_id: "$sample_id"
+ host_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606
+
+sample:
+ sample_id: "$sample_id"
+ specimen_source: [http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831]
+ collection_date: "$collection_date"
+ collection_location: $location
+
+virus:
+ virus_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049
+ virus_strain: "$strain"
+
+technology:
+ sample_sequencing_technology: [http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632]
+ sequence_assembly_method: https://bio.tools/BWA#!
+ additional_technology_information: "Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads"
+
+submitter:
+ authors: [Mariah Taylor, Colleen B. Jonsson]
+ submitter_name: [Mariah Taylor, Colleen B. Jonsson, Pjotr Prins]
+ submitter_address: UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA
+ originating_lab: Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN
+ provider_sample_id: $sample_id
+ submitter_sample_id: $sample_id
+ submitter_orcid: [https://orcid.org/0000-0002-2640-7672,https://orcid.org/0000-0002-8021-9162]
diff --git a/scripts/uthsc_samples/uthsc_samples.py b/scripts/uthsc_samples/uthsc_samples.py
new file mode 100644
index 0000000..54c70ee
--- /dev/null
+++ b/scripts/uthsc_samples/uthsc_samples.py
@@ -0,0 +1,59 @@
+import os
+import pandas as pd
+from string import Template
+from dateutil.parser import parse
+import re
+
+import sys
+
+# Metadata in tabular format in a spreadsheet(?!)
+xlsx = '../../test/data/10_samples.xlsx'
+
+# Template in a text file
+template_yaml = 'template.yaml'
+
+dir_output = 'yaml'
+
+if not os.path.exists(dir_output):
+ os.makedirs(dir_output)
+
+table = pd.read_excel(xlsx)
+
+print(table)
+
+for index, row in table.iterrows():
+ sample = row['Sample ID']
+ print(f"Processing sample {sample}...")
+
+ with open(template_yaml) as f:
+ text = Template(f.read())
+ with open(os.path.join(dir_output,f"{sample}.yaml"), 'w') as fw:
+ sample_id = sample
+ sample_name = sample
+ collection_date = parse(str(row['Collection Date'])).strftime('%Y-%m-%d')
+ locationx = row['City']+", "+row['State']+", USA"
+ location = "http://www.wikidata.org/entity/Q16563" # Memphis by default
+ map = {
+ "Pegram": "http://www.wikidata.org/entity/Q3289517",
+ "Alexander": "http://www.wikidata.org/entity/Q79663",
+ "Smithville": "http://www.wikidata.org/entity/Q2145339",
+ "Nashville": "http://www.wikidata.org/entity/Q23197",
+ "Madison": "http://www.wikidata.org/entity/Q494755"
+ }
+
+ for name in map:
+ p = re.compile(name)
+ if p.match(locationx):
+ location = map[name]
+ break
+
+ strain = f"SARS-CoV-2/human/USA/{sample}/2020"
+ fw.write(text.substitute(sample_id=sample_id,
+ sample_name=sample_name,
+ collection_date=collection_date,
+ location=location,
+ locationx=locationx,
+ strain=strain
+ ))
+
+ print(f"Run: python3 bh20sequploader/main.py scripts/uthsc_samples/yaml/{sample}.yaml scripts/uthsc_samples/yaml/{sample}.fa")
diff --git a/semantic_enrichment/countries.ttl b/semantic_enrichment/countries.ttl
index 08e9c38..cb5a503 100644
--- a/semantic_enrichment/countries.ttl
+++ b/semantic_enrichment/countries.ttl
@@ -220,7 +220,6 @@
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q30> ;
ns1:P625 "Point(-120.0 37.0)" .
-
<http://www.wikidata.org/entity/Q155> rdfs:label "Brazil" ;
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q155> ;
ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q18> ;
@@ -349,11 +348,6 @@
ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q538> ;
ns1:P625 "Point(137.0 -28.0)" .
-<http://www.wikidata.org/entity/Q668> rdfs:label "India" ;
- ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
- ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
- ns1:P625 "Point(83.0 22.8)" .
-
<http://www.wikidata.org/entity/Q739> rdfs:label "Colombia" ;
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q739> ;
ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q18> ;
@@ -1157,7 +1151,9 @@
ns1:P625 "Point(28.0 -14.0)" .
<http://www.wikidata.org/entity/Q96> rdfs:label "Mexico" ;
- ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q49> .
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q96> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q49> ;
+ ns1:P625 "Point(-102.0 23.0)" .
<http://www.wikidata.org/entity/Q1028> rdfs:label "Morocco" ;
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q1028> ;
@@ -1170,32 +1166,17 @@
<http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
ns1:P625 "Point(94.25 66.416666666)" .
-<http://www.wikidata.org/entity/Q183> rdfs:label "Germany" ;
- ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q46> .
-
-<http://www.wikidata.org/entity/Q29> rdfs:label "Spain" ;
- ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q46> .
-
-<http://www.wikidata.org/entity/Q38> rdfs:label "Italy" ;
- ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q46> .
-
<http://www.wikidata.org/entity/Q55> rdfs:label "Netherlands" ;
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q29999> ;
ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q27611>,
<http://www.wikidata.org/entity/Q46> ;
ns1:P625 "Point(5.55 52.316666666)" .
-<http://www.wikidata.org/entity/Q810> rdfs:label "Jordan" ;
- ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> .
-
<http://www.wikidata.org/entity/Q1044> rdfs:label "Sierra Leone" ;
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q1044> ;
ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q15> ;
ns1:P625 "Point(-11.916667 8.5)" .
-<http://www.wikidata.org/entity/Q17> rdfs:label "Japan" ;
- ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> .
-
<http://www.wikidata.org/entity/Q948> rdfs:label "Tunisia" ;
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q948> ;
ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q15> ;
@@ -1328,7 +1309,109 @@
ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q79> ;
ns1:P625 "Point(31.239444444 30.056111111)" .
+<http://www.wikidata.org/entity/Q2145339> rdfs:label "Smithville" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q30> ;
+ ns1:P625 "Point(-85.820833333 35.957222222)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q23197> rdfs:label "Nashville" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q30> ;
+ ns1:P625 "Point(-86.783888888 36.165)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q3289517> rdfs:label "Pegram" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q30> ;
+ ns1:P625 "Point(-87.051666666 36.101666666)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q494755> rdfs:label "Madison County" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q30> ;
+ ns1:P625 "Point(-88.84 35.61)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q79663> rdfs:label "Alexander City" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q30> ;
+ ns1:P625 "Point(-85.936008 32.933157)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q1922283> rdfs:label "Mehsana" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P625 "Point(72.4 23.6)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q3037> rdfs:label "Kathmandu" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q837> ;
+ ns1:P625 "Point(85.366666666 27.716666666)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q490> rdfs:label "Milan" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q38> ;
+ ns1:P625 "Point(9.19 45.466944444)" .
+<http://www.wikidata.org/entity/Q677037> rdfs:label "Telangana" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P625 "Point(79.59 17.99)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q928> rdfs:label "Philippines" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q928> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
+ ns1:P625 "Point(123.0 12.0)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q1922283> rdfs:label "Mehsana" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P625 "Point(72.4 23.6)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q17> rdfs:label "Japan" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q17> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
+ ns1:P625 "Point(136.0 35.0)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q183> rdfs:label "Germany" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q183> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q46> ;
+ ns1:P625 "Point(10.0 51.0)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q29> rdfs:label "Spain" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q29> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q46> ;
+ ns1:P625 "Point(-3.5 40.2)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q810> rdfs:label "Jordan" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q810> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
+ ns1:P625 "Point(36.5 31.2)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q843> rdfs:label "Pakistan" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q843> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
+ ns1:P625 "Point(71.0 30.0)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q928> rdfs:label "Philippines" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q928> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
+ ns1:P625 "Point(123.0 12.0)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q25622187> rdfs:label "Bayad" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P625 "Point(73.0 20.8)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q2722074> rdfs:label "Adajan" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P625 "Point(72.49 21.1)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q2757125> rdfs:label "Choryasi Taluka" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P625 "Point(73.0 20.8)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q27684996> rdfs:label "Daskroi" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P625 "Point(72.0 22.0)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q692895> rdfs:label "Wairarapa" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q664> ;
+ ns1:P625 "Point(174.0 -41.2)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q7960498> rdfs:label "Waitemata City" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q664> ;
+ ns1:P625 "Point(174.0 -41.2)" .
+
+<http://www.wikidata.org/entity/Q668> rdfs:label "India" ;
+ ns1:P17 <http://www.wikidata.org/entity/Q668> ;
+ ns1:P30 <http://www.wikidata.org/entity/Q48> ;
+ ns1:P625 "Point(83.0 22.8)" .
<http://www.wikidata.org/entity/Q538> rdfs:label "Oceania" .
<http://www.wikidata.org/entity/Q49> rdfs:label "North America" .
diff --git a/test/data/10_samples.fa b/test/data/10_samples.fa
new file mode 100644
index 0000000..80a8a9d
--- /dev/null
+++ b/test/data/10_samples.fa
@@ -0,0 +1,20 @@
+>SARS-CoV-2/human/USA/AL_UT14/2020
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+>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020
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+>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT11/2020
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+>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT15/2020
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+>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT22/2020
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+>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020
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+_:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 <http://edamontology.org/data_1875> <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049> .
+_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 <http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25164> "2020-04-26" .
+<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/virus> _:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 .
+_:N572d266882144945822657d869333da9 <http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0600047> <http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632> .
+<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/technology> _:N572d266882144945822657d869333da9 .
+_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781> "Mariah Taylor" .
+_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781> "TN_UT2" .
+_:N572d266882144945822657d869333da9 <http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0002699> "https://bio.tools/BWA#!" .
+_:Nc89d151473da47de943e512a926416a8 <http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000532> <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606> .
+_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 <https://creativecommons.org/ns#License> <https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/> .
+_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C37984> "Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN" .
+_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 <https://creativecommons.org/ns#attributionName> "Mariah Taylor, Colleen Jonsson" .
+_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 <http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00000448> <http://www.wikidata.org/entity/Q3289517> .
+_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://semanticscience.org/resource/SIO_000116> "Colleen B. Jonsson" .
+_:Nc89d151473da47de943e512a926416a8 <http://semanticscience.org/resource/SIO_000115> "TN_UT2" .
+_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 <http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0001479> <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831> .
+<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/host> _:Nc89d151473da47de943e512a926416a8 .
+
diff --git a/test/rest-api.html b/test/rest-api.html
index 6e5bf5a..2059ccb 100644
--- a/test/rest-api.html
+++ b/test/rest-api.html
@@ -3,7 +3,7 @@
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en">
<head>
-<!-- 2020-07-21 Tue 05:38 -->
+<!-- 2020-11-05 Thu 05:21 -->
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" />
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" />
<title>PubSeq REST API</title>
@@ -40,7 +40,7 @@
}
pre.src {
position: relative;
- overflow: visible;
+ overflow: auto;
padding-top: 1.2em;
}
pre.src:before {
@@ -195,50 +195,26 @@
</style>
<link rel="Blog stylesheet" type="text/css" href="blog.css" />
<script type="text/javascript">
-/*
-@licstart The following is the entire license notice for the
-JavaScript code in this tag.
-
-Copyright (C) 2012-2020 Free Software Foundation, Inc.
-
-The JavaScript code in this tag is free software: you can
-redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU
-General Public License (GNU GPL) as published by the Free Software
-Foundation, either version 3 of the License, or (at your option)
-any later version. The code is distributed WITHOUT ANY WARRANTY;
-without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
-FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU GPL for more details.
-
-As additional permission under GNU GPL version 3 section 7, you
-may distribute non-source (e.g., minimized or compacted) forms of
-that code without the copy of the GNU GPL normally required by
-section 4, provided you include this license notice and a URL
-through which recipients can access the Corresponding Source.
-
-
-@licend The above is the entire license notice
-for the JavaScript code in this tag.
-*/
+// @license magnet:?xt=urn:btih:e95b018ef3580986a04669f1b5879592219e2a7a&dn=public-domain.txt Public Domain
<!--/*--><![CDATA[/*><!--*/
- function CodeHighlightOn(elem, id)
- {
- var target = document.getElementById(id);
- if(null != target) {
- elem.cacheClassElem = elem.className;
- elem.cacheClassTarget = target.className;
- target.className = "code-highlighted";
- elem.className = "code-highlighted";
- }
- }
- function CodeHighlightOff(elem, id)
- {
- var target = document.getElementById(id);
- if(elem.cacheClassElem)
- elem.className = elem.cacheClassElem;
- if(elem.cacheClassTarget)
- target.className = elem.cacheClassTarget;
- }
-/*]]>*///-->
+ function CodeHighlightOn(elem, id)
+ {
+ var target = document.getElementById(id);
+ if(null != target) {
+ elem.classList.add("code-highlighted");
+ target.classList.add("code-highlighted");
+ }
+ }
+ function CodeHighlightOff(elem, id)
+ {
+ var target = document.getElementById(id);
+ if(null != target) {
+ elem.classList.remove("code-highlighted");
+ target.classList.remove("code-highlighted");
+ }
+ }
+ /*]]>*///-->
+// @license-end
</script>
</head>
<body>
@@ -252,31 +228,31 @@ for the JavaScript code in this tag.
<h2>Table of Contents</h2>
<div id="text-table-of-contents">
<ul>
-<li><a href="#orgc76638c">1. PubSeq REST API</a>
+<li><a href="#org2e7d6bb">1. PubSeq REST API</a>
<ul>
-<li><a href="#org247cf63">1.1. Introduction</a></li>
-<li><a href="#orgcc2b1b0">1.2. Search for an entry</a></li>
-<li><a href="#org0ef2d2f">1.3. Fetch metadata</a></li>
-<li><a href="#org82c693c">1.4. Fetch EBI XML</a></li>
+<li><a href="#orgc61d641">1.1. Introduction</a></li>
+<li><a href="#org368b8a5">1.2. Search for an entry</a></li>
+<li><a href="#org2cb1511">1.3. Fetch metadata</a></li>
+<li><a href="#orgd3ad7fd">1.4. Fetch EBI XML</a></li>
</ul>
</li>
-<li><a href="#org49153e2">2. Configure emacs to run tests</a></li>
+<li><a href="#org77f889e">2. Configure emacs to run tests</a></li>
</ul>
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgc76638c" class="outline-2">
-<h2 id="orgc76638c"><span class="section-number-2">1</span> PubSeq REST API</h2>
+<div id="outline-container-org2e7d6bb" class="outline-2">
+<h2 id="org2e7d6bb"><span class="section-number-2">1</span> PubSeq REST API</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-1">
<p>
Here we document the public REST API that comes with PubSeq. The tests
-run in the amazing emacs <a href="https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html">org-babel</a>. See the bottom of this document
-for running the tests inside emacs.
+run in emacs <a href="https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html">org-babel</a>. See the bottom of this document for running
+the tests inside emacs. See bottom of the page how to run tests.
</p>
</div>
-<div id="outline-container-org247cf63" class="outline-3">
-<h3 id="org247cf63"><span class="section-number-3">1.1</span> Introduction</h3>
+<div id="outline-container-orgc61d641" class="outline-3">
+<h3 id="orgc61d641"><span class="section-number-3">1.1</span> Introduction</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-1-1">
<p>
We built a REST API for COVID-19 PubSeq. The API source code can be
@@ -290,8 +266,8 @@ found in <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/tree/master/bh20s
<div class="org-src-container">
<pre class="src src-js">{
- "service": "PubSeq",
- "version": 0.1
+ <span style="color: #9ccc65;">"service"</span>: <span style="color: #9ccc65;">"PubSeq"</span>,
+ <span style="color: #9ccc65;">"version"</span>: 0.1
}
</pre>
</div>
@@ -301,12 +277,12 @@ The Python3 version is
</p>
<div class="org-src-container">
-<pre class="src src-python">import requests
-baseURL="http://localhost:5000" # for development
-# baseURL="http://covid19.genenetwork.org"
-response = requests.get(baseURL+"/api/version")
-response_body = response.json()
-assert response_body["service"] == "PubSeq", "PubSeq API not found"
+<pre class="src src-python"><span style="color: #fff59d;">import</span> requests
+<span style="color: #ffcc80;">baseURL</span>=<span style="color: #9ccc65;">"http://localhost:5067"</span> <span style="color: #b0bec5;"># </span><span style="color: #b0bec5;">for development</span>
+<span style="color: #b0bec5;"># </span><span style="color: #b0bec5;">baseURL="http://covid19.genenetwork.org"</span>
+<span style="color: #ffcc80;">response</span> = requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/version"</span>)
+<span style="color: #ffcc80;">response_body</span> = response.json()
+<span style="color: #fff59d;">assert</span> response_body[<span style="color: #9ccc65;">"service"</span>] == <span style="color: #9ccc65;">"PubSeq"</span>, <span style="color: #9ccc65;">"PubSeq API not found"</span>
response_body
</pre>
</div>
@@ -341,8 +317,8 @@ response_body
</div>
</div>
-<div id="outline-container-orgcc2b1b0" class="outline-3">
-<h3 id="orgcc2b1b0"><span class="section-number-3">1.2</span> Search for an entry</h3>
+<div id="outline-container-org368b8a5" class="outline-3">
+<h3 id="org368b8a5"><span class="section-number-3">1.2</span> Search for an entry</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-1-2">
<p>
When you use the search box on PubSeq it queries the REST end point
@@ -350,7 +326,7 @@ for information on the search items. For example
</p>
<div class="org-src-container">
-<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+"/api/search?s=MT533203.1").json()
+<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/search?s=MT533203.1"</span>).json()
</pre>
</div>
@@ -386,10 +362,10 @@ for information on the search items. For example
<tr>
<td class="org-left">collection</td>
<td class="org-left">:</td>
-<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126</a></td>
+<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126</a></td>
<td class="org-left">fasta</td>
<td class="org-left">:</td>
-<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta</a></td>
+<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta</a></td>
<td class="org-left">id</td>
<td class="org-left">:</td>
<td class="org-left">MT533203.1</td>
@@ -408,8 +384,8 @@ acts as a deduplication uuid.
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org0ef2d2f" class="outline-3">
-<h3 id="org0ef2d2f"><span class="section-number-3">1.3</span> Fetch metadata</h3>
+<div id="outline-container-org2cb1511" class="outline-3">
+<h3 id="org2cb1511"><span class="section-number-3">1.3</span> Fetch metadata</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-1-3">
<p>
Using above collection link you can fetch the metadata in JSON as it
@@ -423,7 +399,7 @@ because is does a bit more in terms of expansion
</p>
<div class="org-src-container">
-<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+"/api/sample/MT533203.1.json").json()
+<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/sample/MT533203.1.json"</span>).json()
</pre>
</div>
@@ -483,13 +459,13 @@ because is does a bit more in terms of expansion
<tr>
<td class="org-left">collection</td>
<td class="org-left">:</td>
-<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126</a></td>
+<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126</a></td>
<td class="org-left">date</td>
<td class="org-left">:</td>
<td class="org-right">2020-04-27</td>
<td class="org-left">fasta</td>
<td class="org-left">:</td>
-<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta</a></td>
+<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta</a></td>
<td class="org-left">id</td>
<td class="org-left">:</td>
<td class="org-left">MT533203.1</td>
@@ -513,8 +489,8 @@ because is does a bit more in terms of expansion
-<div id="outline-container-org82c693c" class="outline-3">
-<h3 id="org82c693c"><span class="section-number-3">1.4</span> Fetch EBI XML</h3>
+<div id="outline-container-orgd3ad7fd" class="outline-3">
+<h3 id="orgd3ad7fd"><span class="section-number-3">1.4</span> Fetch EBI XML</h3>
<div class="outline-text-3" id="text-1-4">
<p>
PubSeq provides an API that is used to export formats that are
@@ -523,11 +499,11 @@ documented <a href="http://covid19.genenetwork.org/blog?id=using-covid-19-pubseq
</p>
<div class="org-src-container">
-<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+"/api/ebi/sample-MT326090.1.xml").text
+<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/ebi/sample-MT326090.1.xml"</span>).text
</pre>
</div>
-<pre class="example">
+<pre class="example" id="orgb2d805a">
&lt;?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?&gt;
&lt;SAMPLE_SET&gt;
&lt;SAMPLE alias="MT326090.1" center_name="COVID-19 PubSeq"&gt;
@@ -584,20 +560,20 @@ documented <a href="http://covid19.genenetwork.org/blog?id=using-covid-19-pubseq
</div>
</div>
-<div id="outline-container-org49153e2" class="outline-2">
-<h2 id="org49153e2"><span class="section-number-2">2</span> Configure emacs to run tests</h2>
+<div id="outline-container-org77f889e" class="outline-2">
+<h2 id="org77f889e"><span class="section-number-2">2</span> Configure emacs to run tests</h2>
<div class="outline-text-2" id="text-2">
<p>
-Execute a code
-block with C-c C-c. You may need to set
+Execute a code block with C-c C-c. You may need to set
</p>
<div class="org-src-container">
<pre class="src src-elisp">(org-babel-do-load-languages
'org-babel-load-languages
'((python . t)))
-(setq org-babel-python-command "python3")
-(setq org-babel-eval-verbose t)
+(<span style="color: #fff59d;">setq</span> org-babel-python-command <span style="color: #9ccc65;">"python3"</span>)
+(<span style="color: #fff59d;">setq</span> org-babel-eval-verbose t)
+(<span style="color: #fff59d;">setq</span> org-confirm-babel-evaluate nil)
</pre>
</div>
@@ -617,7 +593,7 @@ To see output of the inpreter open then <b>Python</b> buffer.
</div>
</div>
<div id="postamble" class="status">
-<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-07-21 Tue 05:38</small>.
+<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-11-05 Thu 05:21</small>.
</div>
</body>
</html>
diff --git a/test/rest-api.org b/test/rest-api.org
index 559c272..66639c3 100644
--- a/test/rest-api.org
+++ b/test/rest-api.org
@@ -2,6 +2,10 @@
# C-c ! insert date (use . for active agenda, C-u C-c ! for date+time, C-u C-c . for time)
# C-c C-t task rotate
# RSS_IMAGE_URL: http://xxxx.xxxx.free.fr/rss_icon.png
+# C-c C-c to run test blocks
+#
+# This page runs tests and the HTML export doubles as documentation on
+# http://covid19.genenetwork.org/apidoc
#+TITLE: PubSeq REST API
#+AUTHOR: Pjotr Prins
@@ -13,8 +17,8 @@
* PubSeq REST API
Here we document the public REST API that comes with PubSeq. The tests
-run in the amazing emacs [[https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html][org-babel]]. See the bottom of this document
-for running the tests inside emacs.
+run in emacs [[https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html][org-babel]]. See the bottom of this document for running
+the tests inside emacs. See bottom of the page how to run tests.
** Introduction
@@ -36,7 +40,7 @@ The Python3 version is
#+begin_src python :session :exports both
import requests
-baseURL="http://localhost:5000" # for development
+baseURL="http://localhost:5067" # for development
# baseURL="http://covid19.genenetwork.org"
response = requests.get(baseURL+"/api/version")
response_body = response.json()
@@ -57,7 +61,7 @@ requests.get(baseURL+"/api/search?s=MT533203.1").json()
#+end_src
#+RESULTS:
-| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence |
+| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence |
where collection is the raw uploaded data. The hash value in ~c=~ is
computed on the contents of the Arvados keep [[https://doc.arvados.org/v2.0/user/tutorials/tutorial-keep-mount-gnu-linux.html][collection]] and effectively
@@ -77,7 +81,7 @@ requests.get(baseURL+"/api/sample/MT533203.1.json").json()
#+end_src
#+RESULTS:
-| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126 | date | : | 2020-04-27 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence | mapper | : | minimap v. 2.17 | sequencer | : | http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632 | specimen | : | http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831 |
+| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126 | date | : | 2020-04-27 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence | mapper | : | minimap v. 2.17 | sequencer | : | http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632 | specimen | : | http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831 |
@@ -148,19 +152,18 @@ requests.get(baseURL+"/api/ebi/sample-MT326090.1.xml").text
* Configure emacs to run tests
-Execute a code
-block with C-c C-c. You may need to set
+Execute a code block with C-c C-c. You may need to set
#+begin_src elisp
-(org-babel-do-load-languages
- 'org-babel-load-languages
- '((python . t)))
-(setq org-babel-python-command "python3")
-(setq org-babel-eval-verbose t)
+ (org-babel-do-load-languages
+ 'org-babel-load-languages
+ '((python . t)))
+ (setq org-babel-python-command "python3")
+ (setq org-babel-eval-verbose t)
+ (setq org-confirm-babel-evaluate nil)
#+end_src
#+RESULTS:
-: python3
To skip confirmations you may also want to set
diff --git a/test/runner.py b/test/runner.py
new file mode 100644
index 0000000..3cfe042
--- /dev/null
+++ b/test/runner.py
@@ -0,0 +1,17 @@
+# Run tests. python3 test/runner.py
+
+import unittest
+
+# initialize the test suite
+loader = unittest.TestLoader()
+suite = unittest.TestSuite()
+
+import test_shex
+import test_sparql
+
+suite.addTests(loader.loadTestsFromModule(test_shex))
+suite.addTests(loader.loadTestsFromModule(test_sparql))
+
+# initialize a runner, pass it your suite and run it
+runner = unittest.TextTestRunner(verbosity=3)
+result = runner.run(suite)
diff --git a/test/test_shex.py b/test/test_shex.py
new file mode 100644
index 0000000..728bfdc
--- /dev/null
+++ b/test/test_shex.py
@@ -0,0 +1,36 @@
+# Run with python3 test/test_shex.py
+
+import schema_salad.schema
+import schema_salad.ref_resolver
+import schema_salad.jsonld_context
+from pyshex.evaluate import evaluate
+import unittest
+
+class TestShexMethods(unittest.TestCase):
+
+ def test_schema(self):
+ with open("bh20sequploader/bh20seq-schema.yml") as schema_resource:
+ metadata_schema = schema_salad.schema.load_schema("bh20sequploader/bh20seq-schema.yml")
+ (document_loader,
+ avsc_names,
+ schema_metadata,
+ metaschema_loader) = metadata_schema
+ # print(metadata_schema)
+ self.assertTrue(isinstance(avsc_names, schema_salad.avro.schema.Names))
+ metadatafile = "test/data/input/TN_UT2.yaml"
+ doc, metadata = schema_salad.schema.load_and_validate(document_loader, avsc_names, metadatafile, True)
+ print(doc)
+ g = schema_salad.jsonld_context.makerdf("workflow", doc, document_loader.ctx)
+ with open("bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf") as f:
+ shex = f.read()
+ # Note the https link simply acts as a URI descriptor (it does not fetch)
+ rslt, reason = evaluate(g, shex, doc["id"], "https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf#submissionShape")
+
+ with open("test/data/regression/TN_UT2.rdf","w") as f:
+ f.write(g.serialize(format="ntriples").decode("utf-8"))
+
+ if not rslt:
+ raise Exception(reason)
+
+if __name__ == '__main__':
+ unittest.main()
diff --git a/test/test_sparql.py b/test/test_sparql.py
new file mode 100644
index 0000000..41cf717
--- /dev/null
+++ b/test/test_sparql.py
@@ -0,0 +1,39 @@
+# Run with python3 test/test_sparql.py
+
+import unittest
+import requests
+import logging
+
+
+
+class TestSPARQL(unittest.TestCase):
+
+ def test_sparql(self):
+ sparqlURL='http://sparql.genenetwork.org/sparql/'
+ id = "http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0002e93b86ad77824620bf938b97e134+126/sequence.fasta"
+ id = "MT800005.1"
+ query=f"""
+PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/>
+PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
+select distinct ?sample ?geoname ?date ?source ?geo ?sampletype ?institute ?sequenceuri
+{{
+ ?sample sio:SIO_000115 "{id}" .
+ ?sequenceuri pubseq:sample ?sample .
+ ?sample <http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00000448> ?geo .
+ ?geo rdfs:label ?geoname .
+ ?sample <http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25164> ?date .
+ OPTIONAL {{ ?sample <http://edamontology.org/data_2091> ?source }}
+ OPTIONAL {{ ?sample <http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0001479> ?sampletype }}
+ OPTIONAL {{ ?sample <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C41206> ?institute }}
+}}
+ """
+ print(query)
+ payload = {'query': query, 'format': 'json'}
+ r = requests.get(sparqlURL, params=payload)
+ result = r.json()['results']['bindings']
+ # for now we just take the first one
+ print(result)
+ self.assertEqual(result[0]['geoname']['value'],'Mahuva')
+
+if __name__ == '__main__':
+ unittest.main()
diff --git a/workflows/pangenome-generate/arv-main.cwl b/workflows/pangenome-generate/arv-main.cwl
index dae47e6..1d71ee3 100644
--- a/workflows/pangenome-generate/arv-main.cwl
+++ b/workflows/pangenome-generate/arv-main.cwl
@@ -36,7 +36,7 @@ steps:
run: collect-seqs.cwl
in:
src_project: src_project
- schema: metadataSchema
+ metadataSchema: metadataSchema
exclude: exclude
out: [relabeledSeqs, mergedMetadata]
pangenome-generate:
diff --git a/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.cwl b/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.cwl
index 3511df1..635108f 100644
--- a/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.cwl
+++ b/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.cwl
@@ -25,7 +25,7 @@ inputs:
src_project:
type: string
inputBinding: {position: 2}
- schema:
+ metadataSchema:
type: File
inputBinding: {position: 3}
exclude:
diff --git a/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.py b/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.py
index af4a0dc..1a0807c 100644
--- a/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.py
+++ b/workflows/pangenome-generate/collect-seqs.py
@@ -38,7 +38,7 @@ for item in validated:
pdh = item["portable_data_hash"]
with arvados.collection.CollectionReader(pdh, api_client=api, keep_client=keepclient) as col:
with col.open("sequence.fasta", "rt") as fa:
- subject = "http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=%s/sequence.fasta" % pdh
+ subject = "http://covid19.genenetwork.org/resource/%s" % pdh
label = fa.readline().strip()
merged_metadata.write("<%s> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema/original_fasta_label> \"%s\" .\n" % (subject, label[1:].replace('"', '\\"')))
skip = (subject in blacklist or label[1:] in blacklist)
diff --git a/workflows/pangenome-generate/from_sparql.cwl b/workflows/pangenome-generate/from_sparql.cwl
new file mode 100644
index 0000000..5bc0792
--- /dev/null
+++ b/workflows/pangenome-generate/from_sparql.cwl
@@ -0,0 +1,23 @@
+cwlVersion: v1.1
+class: CommandLineTool
+requirements:
+ DockerRequirement:
+ dockerFile: |
+ FROM debian:10
+ RUN apt-get update && apt-get -yq --no-install-recommends install samtools python3-rdflib
+ dockerImageId: rdflib-and-samtools
+inputs:
+ script:
+ type: File
+ default:
+ class: File
+ location: from_sparql.py
+ metadata: File
+ fasta:
+ type: File
+ secondaryFiles: [.fai]
+ query: string
+stdout: selected.fasta
+outputs:
+ selected: stdout
+arguments: [python3, $(inputs.script), $(inputs.metadata), $(inputs.fasta), $(inputs.query)]
diff --git a/workflows/pangenome-generate/from_sparql.py b/workflows/pangenome-generate/from_sparql.py
new file mode 100644
index 0000000..4610cad
--- /dev/null
+++ b/workflows/pangenome-generate/from_sparql.py
@@ -0,0 +1,8 @@
+from rdflib import Graph
+import sys
+import subprocess
+g = Graph()
+g.parse(sys.argv[1], format="nt")
+res = g.query(sys.argv[3])
+for r in res:
+ subprocess.run(["samtools", "faidx", sys.argv[2], r[0]])
diff --git a/workflows/update-workflows.sh b/workflows/update-workflows.sh
index 3b69a58..5182ec4 100755
--- a/workflows/update-workflows.sh
+++ b/workflows/update-workflows.sh
@@ -1,3 +1,3 @@
#!/bin/sh
arvados-cwl-runner --project-uuid=lugli-j7d0g-5hswinmpyho8dju --update-workflow=lugli-7fd4e-2zp9q4jo5xpif9y fastq2fasta/fastq2fasta.cwl
-arvados-cwl-runner --project-uuid=lugli-j7d0g-5hswinmpyho8dju --update-workflow=lugli-7fd4e-mqfu9y3ofnpnho1 pangenome-generate/arv-main.cwl
+arvados-cwl-runner --project-uuid=lugli-j7d0g-5hswinmpyho8dju --update-workflow=lugli-7fd4e-mqfu9y3ofnpnho1 pangenome-generate/collect-seqs.cwl