diff options
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diff --git a/bh20simplewebuploader/static/main.css b/bh20simplewebuploader/static/main.css index c881253..1bb9c8e 100644 --- a/bh20simplewebuploader/static/main.css +++ b/bh20simplewebuploader/static/main.css @@ -10,7 +10,7 @@ body { h1, h2, h3, h4 { font-family: 'Inter', sans-serif; - color: #0ED1CD; + color: #008066; } h1 { @@ -68,7 +68,7 @@ form h4 { .button { border-radius: 5px; - background: #0ED1CD; + background: #B2F8F8; margin: 0.3em auto; padding: 0.4em; } @@ -125,7 +125,7 @@ span.dropt:hover {text-decoration: none; background: #ffffff; z-index: 6; } } a { - color: #40DBD8; + color: #008066; font-weight: 700; } diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/form.html b/bh20simplewebuploader/templates/form.html index 1bbf515..6196624 100644 --- a/bh20simplewebuploader/templates/form.html +++ b/bh20simplewebuploader/templates/form.html @@ -2,7 +2,7 @@ <html> <head> <meta charset="UTF-8"> - <link href="https://fonts.googleapis.com/css2?family=Inter:wght@100;200;300;400;500;600;700;800;900&display=swap" rel="stylesheet"> + <link href="https://fonts.googleapis.com/css2?family=Inter:wght@100;200;300;400;500;600;700;800;900&display=swap" rel="stylesheet"> <link href="/static/main.css" rel="stylesheet" type="text/css"> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1"> <title>Web uploader for Public SARS-CoV-2 Sequence Resource</title> @@ -21,10 +21,10 @@ <p>[Demo] Display content sequences by: </p> <div> - <button class="button" onclick="fetchSEQBySpecimen()">Specimen Source</button> + <button class="button" onclick="fetchSEQBySpecimen()">Specimen source</button> <button class="button" onclick="fetchSEQByLocation()">Location</button> - <button class="button" onclick="fetchSEQByTech()">Tech</button> - <button class="button" onclick="fetchAllaccessions()">Allaccessions</button> + <button class="button" onclick="fetchSEQByTech()">Sequencer</button> + <button class="button" onclick="fetchAllaccessions()">All accessions</button> </div> </div> @@ -66,7 +66,9 @@ A free command line version of the uploader can be installed from <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource">source</a>. </p> - + <p> + Note that form fields contain web <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Web_Ontology_Language">onthology URI's</a> for <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Disambiguation">disambiguation</a> and machine readable metadata. For examples of use, see the <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org">BLOG</a>. + </p> </div> <div class="fasta-file-select"> @@ -75,8 +77,8 @@ <path fill-rule="evenodd" d="M5 8.854a.5.5 0 00.707 0L8 6.56l2.293 2.293A.5.5 0 1011 8.146L8.354 5.5a.5.5 0 00-.708 0L5 8.146a.5.5 0 000 .708z" clip-rule="evenodd"/> <path fill-rule="evenodd" d="M8 6a.5.5 0 01.5.5v8a.5.5 0 01-1 0v-8A.5.5 0 018 6z" clip-rule="evenodd"/> </svg> Upload SARS-CoV-2 Sequence</h2> - - <label for="fasta">Select FASTA file of assembled genome (max 50K), or FASTQ of reads (<span class="dropt" title="For a larger fastq file you'll need to use a CLI uploader">max 150MB<span style="width:500px;"></span></span>) : </label> + + <label for="fasta">Select FASTA file of assembled genome (form upload <span class="dropt" title="For larger files or bulk uploads you can use a CLI uploader">max 50K<span style="width:500px;"></span></span>; FASTQ and BAM is coming soon): </label> <br> <input type="file" id="fasta" name="fasta" accept=".fa,.fasta,.fna,.fq" required> <br> @@ -97,7 +99,7 @@ <div id="metadata_upload_form_spot"> <div id="metadata_upload_form"> <br> - <label for="metadata">Select JSON or YAML metadata file following <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml" target="_blank">this schema</a> and <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/example/metadata.yaml" target="_blank">example</a> (max 50K):</label> + <label for="metadata">Select JSON or YAML metadata file following <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml" target="_blank">this schema</a> and <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/blob/master/example/maximum_metadata_example.yaml" target="_blank">example</a> (max 50K):</label> <br> <input type="file" id="metadata" name="metadata" accept=".json,.yml,.yaml" required> <br> @@ -105,6 +107,7 @@ </div> </div> + <div id="metadata_fill_form_spot"> <div id="metadata_fill_form"> {% for record in fields %} @@ -113,35 +116,35 @@ {% if loop.index > 1 and 2 < 3 %} </div> {% endif %} - <div class="record"> + <div class="record"> <!-- from block, e.g. host fields --> <h4>{{ record['heading'] }}</h4> - {% else %} + {% else %} <!-- handles one field --> <div class="field-group" data-keypath="{{ record['id'] }}"> <div class="field" data-number="0"> <label for="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" title="{{ record.get('docstring', '') }}"> {{ record['label'] }} {{ "*" if record['required'] else "" }} {% if 'docstring' in record %} - <a href='javascript:alert({{ record['docstring'] | tojson }})'>❓</a> + <a href='javascript:alert({{ record['docstring'] | tojson }})'>❓</a> {% endif %} {% if 'ref_iri' in record %} - <a href="{{ record['ref_iri'] }}" target="_blank" title="Ontology Link">🔗</a> + <a href="{{ record['ref_iri'] }}" target="_blank" title="Ontology Link">🔗</a> {% endif %} </label> {% if record['type'] == 'select' %} - <select class="control" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }}> - <option value="" selected>Choose one...</option> + <select class="control" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }}> + <option value="" selected>Choose one...</option> {% for option in record['options'] %} - <option value="{{ option[1] }}">{{ option[0] }}</option> + <option value="{{ option[1] }}">{{ option[0] }}</option> {% endfor %} - </select> - {% else %} - <input class="control" type="{{ record['type'] }}" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }} {{ ("step=" + record['step']) if 'step' in record else ""}}> + </select> + {% else %} <!-- input field --> + <input class="control" type="{{ record['type'] }}" id="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" name="{{ record['id'] }}{{ '[0]' if record['list'] else ''}}" {{ "required" if record['required'] else "" }} {{ ("step=" + record['step']) if 'step' in record else ""}}> {% endif %} </div> {% if record['list'] %} - <button type="button" title="Remove field" class="remove-field invisible">➖</button> - <button type="button" title="Add field" class="add-field">➕</button> + <button type="button" title="Remove field" class="remove-field invisible">➖</button> + <button type="button" title="Add field" class="add-field">➕</button> {% endif %} </div> {% endif %} diff --git a/doc/INSTALL.md b/doc/INSTALL.md index 8f4b2f0..d9948e6 100644 --- a/doc/INSTALL.md +++ b/doc/INSTALL.md @@ -1,3 +1,5 @@ +#+OPTIONS: ^:nil + # INSTALLATION Other options for running this tool. @@ -29,12 +31,15 @@ arvados-python-client-2.0.1 ciso8601-2.1.3 future-0.18.2 google-api-python-clien 3. Run the tool directly with ```sh -guix environment guix --ad-hoc git python openssl python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex -- python3 bh20sequploader/main.py example/sequence.fasta example/metadata.yaml +guix environment guix --ad-hoc git python openssl python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex -- python3 bh20sequploader/main.py example/sequence.fasta example/maximum_metadata_example.yaml ``` Note that python-pyshex is packaged in http://git.genenetwork.org/guix-bioinformatics/guix-bioinformatics +so you'll need it to the GUIX_PACKAGE_PATH - see the README in that +repository. + ### Using the Web Uploader To run the web uploader in a GNU Guix environment/container @@ -50,3 +55,5 @@ guix environment guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycu ``` WIP: add gunicorn container + +Note: see above on GUIX_PACKAGE_PATH. diff --git a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org index 647165d..617a01d 100644 --- a/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org +++ b/doc/blog/using-covid-19-pubseq-part1.org @@ -68,53 +68,151 @@ If you download the GFA or FASTA sequences you'll find sequences are named something like *keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta* which refers to an internal Arvados Keep representation of the FASTA -sequence. Keep is content-addressable which means that +sequence. Keep is content-addressable which means that the value e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c uniquely identifies the file by its -contents. If the contents change, the identifier would change! We use +contents. If the contents change, the identifier changes! We use these identifiers throughout. -* Fetch submitter info and other metadata +* Predicates + +Lets look at all the predicates in the dataset by pasting +the following in a SPARQL end point http://sparql.genenetwork.org/sparql/ + +#+begin_src sql +select distinct ?p +{ + ?o ?p ?s +} +#+end_src + +you can ignore the openlink and w3 ones. To reduce results to a named +graph set the default graph to +http://covid-19.genenetwork.org/graph/metadata.ttl in the top input +box. There you can find a predicate for submitter that looks like +http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter. -We are interested in e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c and now we -want to get some metadata. We can use a SPARQL end point hosted at -http://sparql.genenetwork.org/sparql/. Paste in a query like +To list all submitters, try #+begin_src sql -select ?p ?s +select distinct ?s { - <http://arvados.org/keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta> ?p ?s + ?o <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter> ?s } #+end_src -which will tell you that original FASTA ID is "MT293175.1". It also -says the submitter is nodeID://b31228. +Oh wait, it returns things like nodeID://b76150! That is not helpful, +these are anonymous nodes in the graph. These point to another triple +and by #+begin_src sql -select distinct ?id ?p ?s +select distinct ?s { - <http://arvados.org/keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter> ?id . + ?o <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter> ?id . ?id ?p ?s } #+end_src -Tells you the submitter is "Roychoudhury,P.;Greninger,A.;Jerome,K." -with [[http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781][predicate]] explaining "The individual who is responsible for the -content of a document." Welcome to the power of the semantic web. +you get a list of all submitters including "University of Washington, +Seattle, WA 98109, USA". + +To lift the full URL out of the query you can use a header like + +#+begin_src sql +PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/> +select distinct ?dataset ?submitter +{ + ?dataset pubseq:submitter ?id . + ?id ?p ?submitter +} +#+end_src + +which reads a bit better. We can also see the datasets. One of them submitted +by University of Washington is +is http://arvados.org/keep:00fede2c6f52b053a14edca01cfa02b7+126/sequence.fasta +(note the ID may have changed so pick one with above query). + + +* Fetch submitter info and other metadata -To get more information about the relevant sample +To get dataests with submitters we can do the above #+begin_src sql -select ?sample ?p ?o +PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/> +select distinct ?dataset ?p ?submitter { - <http://arvados.org/keep:e17abc8a0269875ed4cfbff5d9897c6c+123/sequence.fasta> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/sample> ?sample . - ?sample ?p ?o + ?dataset pubseq:submitter ?id . + ?id ?p ?submitter } #+end_src -we find it originates from Washington state (object -https://www.wikidata.org/wiki/Q1223) , dated "30-Mar-2020". The -sequencing was executed with Illumina and pipeline "custom pipeline -v. 2020-03" which is arguably not that descriptive. +Tells you one submitter is "Roychoudhury,P.;Greninger,A.;Jerome,K." +with a URL [[http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781][predicate]] (http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781) +explaining "The individual who is responsible for the content of a +document." Well formed URIs point to real information about the URI +itself. Welcome to the power of the semantic web. + +Let's focus on one sample with + +#+begin_src sql +PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/> +select distinct ?dataset ?submitter +{ + ?dataset pubseq:submitter ?id . + ?id ?p ?submitter . + FILTER(CONTAINS(?submitter,"Roychoudhury")) . +} +#+end_src + +That is a lot of samples! We just want to pick one, so let's +see if we can get a sample ID by listing sample predicates + +#+begin_src sql +PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/> +select distinct ?p +{ + ?dataset ?p ?o . + ?dataset pubseq:submitter ?id . +} +#+end_src + +which lists a predicate named +http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/sample. +Let's zoom in on those of Roychoudhury with + + +#+begin_src sql +PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/> +select distinct ?sid ?sample ?p1 ?dataset ?submitter +{ + ?dataset pubseq:submitter ?id . + ?id ?p ?submitter . + FILTER(CONTAINS(?submitter,"Roychoudhury")) . + ?dataset pubseq:sample ?sid . + ?sid ?p1 ?sample +} +#+end_src + +which shows pretty much [[http://sparql.genenetwork.org/sparql/?default-graph-uri=&query=PREFIX+pubseq%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fbiohackathon.org%2Fbh20-seq-schema%23MainSchema%2F%3E%0D%0Aselect+distinct+%3Fsid+%3Fsample+%3Fp1+%3Fdataset+%3Fsubmitter%0D%0A%7B%0D%0A+++%3Fdataset+pubseq%3Asubmitter+%3Fid+.%0D%0A+++%3Fid+%3Fp+%3Fsubmitter+.%0D%0A+++FILTER%28CONTAINS%28%3Fsubmitter%2C%22Roychoudhury%22%29%29+.%0D%0A+++%3Fdataset+pubseq%3Asample+%3Fsid+.%0D%0A+++%3Fsid+%3Fp1+%3Fsample%0D%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&debug=on&run=+Run+Query+][everything known]] about their submissions in +this database. Let's focus on one sample "MT326090.1" with predicate +http://semanticscience.org/resource/SIO_000115. + +#+begin_src sql +PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/> +PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/> +select distinct ?sample ?p ?o +{ + ?sample sio:SIO_000115 "MT326090.1" . + ?sample ?p ?o . +} +#+end_src + +This [[http://sparql.genenetwork.org/sparql/?default-graph-uri=&query=PREFIX+pubseq%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fbiohackathon.org%2Fbh20-seq-schema%23MainSchema%2F%3E%0D%0APREFIX+sio%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fsemanticscience.org%2Fresource%2F%3E%0D%0Aselect+distinct+%3Fsample+%3Fp+%3Fo%0D%0A%7B%0D%0A+++%3Fsample+sio%3ASIO_000115+%22MT326090.1%22+.%0D%0A+++%3Fsample+%3Fp+%3Fo+.%0D%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&debug=on&run=+Run+Query+][query]] tells us the sample was submitted "2020-03-21" and +originates from http://www.wikidata.org/entity/Q30, i.e., the USA and +is a biospecimen collected from the back of the throat by swabbing. +We can track it back to the original GenBank [[http://identifiers.org/insdc/MT326090.1#sequence][submission]]. + +We have also added country and label data to make it a bit easier +to view/query the database. * Fetch all sequences from Washington state @@ -133,12 +231,19 @@ select ?seq ?sample which lists 300 sequences originating from Washington state! Which is almost half of the set coming out of GenBank. +* Discussion + +The public sequence uploader collects sequences, raw data and +(machine) queriable metadata. Not only that: data gets analyzed in the +pangenome and results are presented immediately. The data can be +referenced in publications and origins are citeable. + * Acknowledgements The overall effort was due to magnificent freely donated input by a great number of people. I particularly want to thank Thomas Liener for the great effort he made with the ontology group in getting ontology's -and schema sorted! Peter Amstutz and Curii helped build the on-demand -compute and back-ends. Thanks also to Michael Crusoe for supporting -the CWL initiative. And without Erik Garrison this initiative would -not have existed! +and schema sorted! Peter Amstutz and [[https://arvados.org/][Arvados/Curii]] helped build the +on-demand compute and back-ends. Thanks also to Michael Crusoe for +supporting the [[https://www.commonwl.org/][Common Workflow Language]] initiative. And without Erik +Garrison this initiative would not have existed! diff --git a/example/sequence.fasta b/example/sequence.fasta index b364687..ceb7e18 100644 --- a/example/sequence.fasta +++ b/example/sequence.fasta @@ -1,430 +1,500 @@ ->NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome -ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA -CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC -TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG -TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC -CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC -GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG -CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT -GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC -GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT -TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA -GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG -TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG -CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG -TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG -CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA -ATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA -CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCAC -CAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA -GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACT -ACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAG -GACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCG -CACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCA -CGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACA -ACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA -GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGAT -TATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAG -GTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCG -TGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCC -GCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG -ATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG -GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTT -AAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA -TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGT -AAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTA -GGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCC 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graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph -X DELETE" % pwd).split(" ") print("UPLOAD "+fn) - cmd = ("curl -X PUT --digest -u dba:%s -H Content-Type:text/turtle -T %s -G http://sparql.genenetwork.org/sparql-graph-crud-auth --data-urlencode graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph" % (pwd, fn) ).split(" ") + cmd = ("curl -X PUT --digest -u dba:%s -H Content-Type:text/turtle -T %s -G http://sparql.genenetwork.org/sparql-graph-crud-auth --data-urlencode graph=http://covid-19.genenetwork.org/graph/%s" % (pwd, fn, fn) ).split(" ") print(cmd) p = subprocess.Popen(cmd) output = p.communicate()[0] print(output) assert(p.returncode == 0) +# --- Always update these +upload("semantic_enrichment/labels.ttl") +upload("semantic_enrichment/countries.ttl") + url = 'https://download.lugli.arvadosapi.com/c=lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca/_/mergedmetadata.ttl' # --- Fetch headers from TTL file on Arvados r = requests.head(url) print(r.headers) - print(r.headers['Last-Modified']) # --- Convert/validate time stamp @@ -45,14 +50,12 @@ t_stamp = time.strptime(last_modified_str,"%a, %d %b %Y %H:%M:%S %Z" ) print(t_stamp) # OK, it works, now check last stored value -import os.path stamp = None if os.path.isfile(fn): file = open(fn,"r") stamp = file.read() file.close -import subprocess if stamp != last_modified_str: print("Fetch metadata TTL") r = requests.get(url) @@ -61,8 +64,5 @@ if stamp != last_modified_str: f.write(r.text) f.close upload("metadata.ttl") - upload("semantic_enrichment/labels.ttl") - upload("semantic_enrichment/countries.ttl") - with open(fn,"w") as f: f.write(last_modified_str) |