aboutsummaryrefslogtreecommitdiff
diff options
context:
space:
mode:
-rw-r--r--README.md8
-rw-r--r--bh20seqanalyzer/main.py32
-rw-r--r--bh20sequploader/bh20seq-schema.yml5
-rw-r--r--bh20sequploader/qc_fasta.py4
-rw-r--r--bh20sequploader/qc_metadata.py26
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/main.py6
-rw-r--r--bh20simplewebuploader/templates/form.html4
-rw-r--r--example/metadata.yaml2
-rw-r--r--example/sequence.fasta642
9 files changed, 459 insertions, 270 deletions
diff --git a/README.md b/README.md
index 8a5a6dd..db4fe52 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -59,7 +59,7 @@ sudo apt install -y virtualenv git libcurl4-openssl-dev build-essential python3-
pip3 install --user git+https://github.com/arvados/bh20-seq-resource.git@master
```
-3. **Make sure the tool is on your `PATH`.** THe `pip3` command will install the uploader in `.local/bin` inside your home directory. Your shell may not know to look for commands there by default. To fix this for the terminal you currently have open, run:
+3. **Make sure the tool is on your `PATH`.** The `pip3` command will install the uploader in `.local/bin` inside your home directory. Your shell may not know to look for commands there by default. To fix this for the terminal you currently have open, run:
```sh
export PATH=$PATH:$HOME/.local/bin
@@ -126,10 +126,10 @@ For running/developing the uploader with GNU Guix see [INSTALL.md](./doc/INSTALL
# Usage
-Run the uploader with a FASTA file and accompanying metadata file in [JSON-LD format](https://json-ld.org/):
+Run the uploader with a FASTA or FASTQ file and accompanying metadata file in JSON or YAML:
```sh
-bh20-seq-uploader example/sequence.fasta example/metadata.json
+bh20-seq-uploader example/sequence.fasta example/metadata.yaml
```
## Workflow for Generating a Pangenome
@@ -174,7 +174,7 @@ pip3 install gunicorn
gunicorn bh20simplewebuploader.main:app
```
-This runs on [http://127.0.0.1:8000/](http://127.0.0.1:8000/) by default, but can be adjusted with various [gunicorn options](http://docs.gunicorn.org/en/latest/run.html#commonly-used-arguments)
+This runs on [http://127.0.0.1:8000/](http://127.0.0.1:8000/) by default, but can be adjusted with various [gunicorn options](http://docs.gunicorn.org/en/latest/run.html#commonly-used-arguments).
diff --git a/bh20seqanalyzer/main.py b/bh20seqanalyzer/main.py
index c05b402..193a268 100644
--- a/bh20seqanalyzer/main.py
+++ b/bh20seqanalyzer/main.py
@@ -29,7 +29,7 @@ def validate_upload(api, collection, validated_project,
else:
try:
metadata_content = ruamel.yaml.round_trip_load(col.open("metadata.yaml"))
- metadata_content["id"] = "keep:%s/metadata.yaml" % collection["portable_data_hash"]
+ metadata_content["id"] = "http://arvados.org/keep:%s/metadata.yaml" % collection["portable_data_hash"]
add_lc_filename(metadata_content, metadata_content["id"])
valid = qc_metadata(metadata_content) and valid
except Exception as e:
@@ -39,19 +39,21 @@ def validate_upload(api, collection, validated_project,
logging.warn("Failed metadata qc")
if valid:
- if "sequence.fasta" in col:
- try:
- qc_fasta(col.open("sequence.fasta"))
- except Exception as e:
- logging.warn(e)
- valid = False
- else:
- if "reads.fastq" in col:
- start_fastq_to_fasta(api, collection, fastq_project, fastq_workflow_uuid)
- return False
- else:
- valid = False
- logging.warn("Upload '%s' missing sequence.fasta", collection["name"])
+ tgt = None
+ for n in ("sequence.fasta", "reads.fastq"):
+ if n not in col:
+ continue
+ with col.open(n) as qf:
+ tgt = qc_fasta(qf)
+ if tgt != n:
+ logging.info("Expected %s but magic says it should be %s", n, tgt)
+ valid = False
+ elif tgt == "reads.fastq":
+ start_fastq_to_fasta(api, collection, fastq_project, fastq_workflow_uuid)
+ return False
+ if tgt is None:
+ valid = False
+ logging.warn("Upload '%s' does not contain sequence.fasta or reads.fastq", collection["name"])
dup = api.collections().list(filters=[["owner_uuid", "=", validated_project],
["portable_data_hash", "=", col.portable_data_hash()]]).execute()
@@ -144,7 +146,7 @@ def start_pangenome_analysis(api,
"class": "File",
"location": "keep:%s/metadata.yaml" % v["portable_data_hash"]
})
- inputobj["subjects"].append("keep:%s/sequence.fasta" % v["portable_data_hash"])
+ inputobj["subjects"].append("http://arvados.org/keep:%s/sequence.fasta" % v["portable_data_hash"])
run_workflow(api, analysis_project, pangenome_workflow_uuid, "Pangenome analysis", inputobj)
diff --git a/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml b/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml
index a072bd7..8a22db1 100644
--- a/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml
+++ b/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml
@@ -169,11 +169,6 @@ $graph:
virus: virusSchema?
technology: technologySchema
submitter: submitterSchema
- submission:
- type: string
- jsonldPredicate:
- _id: "@id"
- #_type: "@id"
id:
doc: The subject (eg the fasta/fastq file) that the metadata describes
type: string?
diff --git a/bh20sequploader/qc_fasta.py b/bh20sequploader/qc_fasta.py
index e3d4fe7..e47d66b 100644
--- a/bh20sequploader/qc_fasta.py
+++ b/bh20sequploader/qc_fasta.py
@@ -21,8 +21,8 @@ def qc_fasta(sequence):
raise ValueError("FASTA file contains multiple entries")
break
sequence.seek(0)
- return "reads.fastq"
- elif seq_type == "text/fastq":
return "sequence.fasta"
+ elif seq_type == "text/fastq":
+ return "reads.fastq"
else:
raise ValueError("Sequence file does not look like FASTA or FASTQ")
diff --git a/bh20sequploader/qc_metadata.py b/bh20sequploader/qc_metadata.py
index 38edcaa..e477f21 100644
--- a/bh20sequploader/qc_metadata.py
+++ b/bh20sequploader/qc_metadata.py
@@ -5,21 +5,10 @@ import pkg_resources
import logging
import traceback
-class CustomFetcher(schema_salad.ref_resolver.DefaultFetcher):
- def check_exists(sup, url):
- if url.startswith("keep:"):
- return True
- else:
- return super().check_exists(url)
-
- def supported_schemes(self): # type: () -> List[str]
- return ["file", "http", "https", "mailto", "keep"]
-
-
def qc_metadata(metadatafile):
schema_resource = pkg_resources.resource_stream(__name__, "bh20seq-schema.yml")
cache = {"https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml": schema_resource.read().decode("utf-8")}
- (loader,
+ (document_loader,
avsc_names,
schema_metadata,
metaschema_loader) = schema_salad.schema.load_schema("https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml", cache=cache)
@@ -28,19 +17,6 @@ def qc_metadata(metadatafile):
print(avsc_names)
return False
- document_loader = schema_salad.ref_resolver.Loader(
- loader.ctx,
- schemagraph=loader.graph,
- foreign_properties=loader.foreign_properties,
- idx=loader.idx,
- cache=loader.cache,
- fetcher_constructor=CustomFetcher,
- skip_schemas=loader.skip_schemas,
- url_fields=loader.url_fields,
- allow_attachments=loader.allow_attachments,
- session=loader.session,
- )
-
try:
doc, metadata = schema_salad.schema.load_and_validate(document_loader, avsc_names, metadatafile, True)
return True
diff --git a/bh20simplewebuploader/main.py b/bh20simplewebuploader/main.py
index bfc7762..383ef84 100644
--- a/bh20simplewebuploader/main.py
+++ b/bh20simplewebuploader/main.py
@@ -184,15 +184,17 @@ def receive_files():
# We're going to work in one directory per request
dest_dir = tempfile.mkdtemp()
+ # The uploader will happily accept a FASTQ with this name
fasta_dest = os.path.join(dest_dir, 'fasta.fa')
metadata_dest = os.path.join(dest_dir, 'metadata.json')
try:
if 'fasta' not in request.files:
return (render_template('error.html',
- error_message="You did not include a FASTA file."), 403)
+ error_message="You did not include a FASTA or FASTQ file."), 403)
try:
with open(fasta_dest, 'wb') as out_stream:
- copy_with_limit(request.files.get('fasta').stream, out_stream)
+ # Use a plausible file size limit for a little FASTQ
+ copy_with_limit(request.files.get('fasta').stream, out_stream, limit=50*1024*1024)
except FileTooBigError as e:
# Delegate to the 413 error handler
return handle_large_file(e)
diff --git a/bh20simplewebuploader/templates/form.html b/bh20simplewebuploader/templates/form.html
index 6720ec7..e870b66 100644
--- a/bh20simplewebuploader/templates/form.html
+++ b/bh20simplewebuploader/templates/form.html
@@ -116,9 +116,9 @@
This tool can be used to upload sequenced genomes of SARS-CoV-2 samples to the <a href="https://workbench.lugli.arvadosapi.com/collections/lugli-4zz18-z513nlpqm03hpca">Public SARS-CoV-2 Sequence Resource</a>. Your uploaded sequence will automatically be processed and incorporated into the public pangenome.
</p>
<div class="fasta-file-select">
- <label for="fasta">Select FASTA file for assembled genome (max 1MB):</label>
+ <label for="fasta">Select FASTA file of assembled genome, or FASTQ of reads (max 50MB):</label>
<br>
- <input type="file" id="fasta" name="fasta" accept=".fa,.fasta,.fna" required>
+ <input type="file" id="fasta" name="fasta" accept=".fa,.fasta,.fna,.fq" required>
<br>
</div>
diff --git a/example/metadata.yaml b/example/metadata.yaml
index a2f6e57..c780921 100644
--- a/example/metadata.yaml
+++ b/example/metadata.yaml
@@ -1,5 +1,3 @@
-submission: publicSequenceResource
-
host:
host_id: XX1
host_species: string
diff --git a/example/sequence.fasta b/example/sequence.fasta
index 3c4c0ef..b364687 100644
--- a/example/sequence.fasta
+++ b/example/sequence.fasta
@@ -1,214 +1,430 @@
->AF324493.2 HIV-1 vector pNL4-3, complete sequence
-TGGAAGGGCTAATTTGGTCCCAAAAAAGACAAGAGATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTA
-CTTCCCTGATTGGCAGAACTACACACCAGGGCCAGGGATCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGTGCTTC
-AAGTTAGTACCAGTTGAACCAGAGCAAGTAGAAGAGGCCAATGAAGGAGAGAACAACAGCTTGTTACACC
-CTATGAGCCAGCATGGGATGGAGGACCCGGAGGGAGAAGTATTAGTGTGGAAGTTTGACAGCCTCCTAGC
-ATTTCGTCACATGGCCCGAGAGCTGCATCCGGAGTACTACAAAGACTGCTGACATCGAGCTTTCTACAAG
-GGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCAGGGAGGTGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGAT
-GCTACATATAAGCAGCTGCTTTTTGCCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGC
-TCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTCAAAGTAGTGTG
-TGCCCGTCTGTTGTGTGACTCTGGTAACTAGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAATCTCT
-AGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAAGTAAAGCCAGAGGAGATCTCTCGACGCAGGACTCG
-GCTTGCTGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGTGAGTACGCCAAAAATTTTGACTAGC
-GGAGGCTAGAAGGAGAGAGATGGGTGCGAGAGCGTCGGTATTAAGCGGGGGAGAATTAGATAAATGGGAA
-AAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAACAATATAAACTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAGGGAGC
-TAGAACGATTCGCAGTTAATCCTGGCCTTTTAGAGACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACAGCT
-ACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCATTATATAATACAATAGCAGTCCTCTATTGT
-GTGCATCAAAGGATAGATGTAAAAGACACCAAGGAAGCCTTAGATAAGATAGAGGAAGAGCAAAACAAAA
-GTAAGAAAAAGGCACAGCAAGCAGCAGCTGACACAGGAAACAACAGCCAGGTCAGCCAAAATTACCCTAT
-AGTGCAGAACCTCCAGGGGCAAATGGTACATCAGGCCATATCACCTAGAACTTTAAATGCATGGGTAAAA
-GTAGTAGAAGAGAAGGCTTTCAGCCCAGAAGTAATACCCATGTTTTCAGCATTATCAGAAGGAGCCACCC
-CACAAGATTTAAATACCATGCTAAACACAGTGGGGGGACATCAAGCAGCCATGCAAATGTTAAAAGAGAC
-CATCAATGAGGAAGCTGCAGAATGGGATAGATTGCATCCAGTGCATGCAGGGCCTATTGCACCAGGCCAG
-ATGAGAGAACCAAGGGGAAGTGACATAGCAGGAACTACTAGTACCCTTCAGGAACAAATAGGATGGATGA
-CACATAATCCACCTATCCCAGTAGGAGAAATCTATAAAAGATGGATAATCCTGGGATTAAATAAAATAGT
-AAGAATGTATAGCCCTACCAGCATTCTGGACATAAGACAAGGACCAAAGGAACCCTTTAGAGACTATGTA
-GACCGATTCTATAAAACTCTAAGAGCCGAGCAAGCTTCACAAGAGGTAAAAAATTGGATGACAGAAACCT
-TGTTGGTCCAAAATGCGAACCCAGATTGTAAGACTATTTTAAAAGCATTGGGACCAGGAGCGACACTAGA
-AGAAATGATGACAGCATGTCAGGGAGTGGGGGGACCCGGCCATAAAGCAAGAGTTTTGGCTGAAGCAATG
-AGCCAAGTAACAAATCCAGCTACCATAATGATACAGAAAGGCAATTTTAGGAACCAAAGAAAGACTGTTA
-AGTGTTTCAATTGTGGCAAAGAAGGGCACATAGCCAAAAATTGCAGGGCCCCTAGGAAAAAGGGCTGTTG
-GAAATGTGGAAAGGAAGGACACCAAATGAAAGATTGTACTGAGAGACAGGCTAATTTTTTAGGGAAGATC
-TGGCCTTCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAATTTTCTTCAGAGCAGACCAGAGCCAACAGCCCCACCAGAAG
-AGAGCTTCAGGTTTGGGGAAGAGACAACAACTCCCTCTCAGAAGCAGGAGCCGATAGACAAGGAACTGTA
-TCCTTTAGCTTCCCTCAGATCACTCTTTGGCAGCGACCCCTCGTCACAATAAAGATAGGGGGGCAATTAA
-AGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGAAATGAATTTGCCAGGAAGATGGAA
-ACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGTTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGATACTCATAGAAATC
-TGCGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCTACACCTGTCAACATAATTGGAAGAAATCTGT
-TGACTCAGATTGGCTGCACTTTAAATTTTCCCATTAGTCCTATTGAGACTGTACCAGTAAAATTAAAGCC
-AGGAATGGATGGCCCAAAAGTTAAACAATGGCCATTGACAGAAGAAAAAATAAAAGCATTAGTAGAAATT
-TGTACAGAAATGGAAAAGGAAGGAAAAATTTCAAAAATTGGGCCTGAAAATCCATACAATACTCCAGTAT
-TTGCCATAAAGAAAAAAGACAGTACTAAATGGAGAAAATTAGTAGATTTCAGAGAACTTAATAAGAGAAC
-TCAAGATTTCTGGGAAGTTCAATTAGGAATACCACATCCTGCAGGGTTAAAACAGAAAAAATCAGTAACA
-GTACTGGATGTGGGCGATGCATATTTTTCAGTTCCCTTAGATAAAGACTTCAGGAAGTATACTGCATTTA
-CCATACCTAGTATAAACAATGAGACACCAGGGATTAGATATCAGTACAATGTGCTTCCACAGGGATGGAA
-AGGATCACCAGCAATATTCCAGTGTAGCATGACAAAAATCTTAGAGCCTTTTAGAAAACAAAATCCAGAC
-ATAGTCATCTATCAATACATGGATGATTTGTATGTAGGATCTGACTTAGAAATAGGGCAGCATAGAACAA
-AAATAGAGGAACTGAGACAACATCTGTTGAGGTGGGGATTTACCACACCAGACAAAAAACATCAGAAAGA
-ACCTCCATTCCTTTGGATGGGTTATGAACTCCATCCTGATAAATGGACAGTACAGCCTATAGTGCTGCCA
-GAAAAGGACAGCTGGACTGTCAATGACATACAGAAATTAGTGGGAAAATTGAATTGGGCAAGTCAGATTT
-ATGCAGGGATTAAAGTAAGGCAATTATGTAAACTTCTTAGGGGAACCAAAGCACTAACAGAAGTAGTACC
-ACTAACAGAAGAAGCAGAGCTAGAACTGGCAGAAAACAGGGAGATTCTAAAAGAACCGGTACATGGAGTG
-TATTATGACCCATCAAAAGACTTAATAGCAGAAATACAGAAGCAGGGGCAAGGCCAATGGACATATCAAA
-TTTATCAAGAGCCATTTAAAAATCTGAAAACAGGAAAGTATGCAAGAATGAAGGGTGCCCACACTAATGA
-TGTGAAACAATTAACAGAGGCAGTACAAAAAATAGCCACAGAAAGCATAGTAATATGGGGAAAGACTCCT
-AAATTTAAATTACCCATACAAAAGGAAACATGGGAAGCATGGTGGACAGAGTATTGGCAAGCCACCTGGA
-TTCCTGAGTGGGAGTTTGTCAATACCCCTCCCTTAGTGAAGTTATGGTACCAGTTAGAGAAAGAACCCAT
-AATAGGAGCAGAAACTTTCTATGTAGATGGGGCAGCCAATAGGGAAACTAAATTAGGAAAAGCAGGATAT
-GTAACTGACAGAGGAAGACAAAAAGTTGTCCCCCTAACGGACACAACAAATCAGAAGACTGAGTTACAAG
-CAATTCATCTAGCTTTGCAGGATTCGGGATTAGAAGTAAACATAGTGACAGACTCACAATATGCATTGGG
-AATCATTCAAGCACAACCAGATAAGAGTGAATCAGAGTTAGTCAGTCAAATAATAGAGCAGTTAATAAAA
-AAGGAAAAAGTCTACCTGGCATGGGTACCAGCACACAAAGGAATTGGAGGAAATGAACAAGTAGATAAAT
-TGGTCAGTGCTGGAATCAGGAAAGTACTATTTTTAGATGGAATAGATAAGGCCCAAGAAGAACATGAGAA
-ATATCACAGTAATTGGAGAGCAATGGCTAGTGATTTTAACCTACCACCTGTAGTAGCAAAAGAAATAGTA
-GCCAGCTGTGATAAATGTCAGCTAAAAGGGGAAGCCATGCATGGACAAGTAGACTGTAGCCCAGGAATAT
-GGCAGCTAGATTGTACACATTTAGAAGGAAAAGTTATCTTGGTAGCAGTTCATGTAGCCAGTGGATATAT
-AGAAGCAGAAGTAATTCCAGCAGAGACAGGGCAAGAAACAGCATACTTCCTCTTAAAATTAGCAGGAAGA
-TGGCCAGTAAAAACAGTACATACAGACAATGGCAGCAATTTCACCAGTACTACAGTTAAGGCCGCCTGTT
-GGTGGGCGGGGATCAAGCAGGAATTTGGCATTCCCTACAATCCCCAAAGTCAAGGAGTAATAGAATCTAT
-GAATAAAGAATTAAAGAAAATTATAGGACAGGTAAGAGATCAGGCTGAACATCTTAAGACAGCAGTACAA
-ATGGCAGTATTCATCCACAATTTTAAAAGAAAAGGGGGGATTGGGGGGTACAGTGCAGGGGAAAGAATAG
-TAGACATAATAGCAACAGACATACAAACTAAAGAATTACAAAAACAAATTACAAAAATTCAAAATTTTCG
-GGTTTATTACAGGGACAGCAGAGATCCAGTTTGGAAAGGACCAGCAAAGCTCCTCTGGAAAGGTGAAGGG
-GCAGTAGTAATACAAGATAATAGTGACATAAAAGTAGTGCCAAGAAGAAAAGCAAAGATCATCAGGGATT
-ATGGAAAACAGATGGCAGGTGATGATTGTGTGGCAAGTAGACAGGATGAGGATTAACACATGGAAAAGAT
-TAGTAAAACACCATATGTATATTTCAAGGAAAGCTAAGGACTGGTTTTATAGACATCACTATGAAAGTAC
-TAATCCAAAAATAAGTTCAGAAGTACACATCCCACTAGGGGATGCTAAATTAGTAATAACAACATATTGG
-GGTCTGCATACAGGAGAAAGAGACTGGCATTTGGGTCAGGGAGTCTCCATAGAATGGAGGAAAAAGAGAT
-ATAGCACACAAGTAGACCCTGACCTAGCAGACCAACTAATTCATCTGCACTATTTTGATTGTTTTTCAGA
-ATCTGCTATAAGAAATACCATATTAGGACGTATAGTTAGTCCTAGGTGTGAATATCAAGCAGGACATAAC
-AAGGTAGGATCTCTACAGTACTTGGCACTAGCAGCATTAATAAAACCAAAACAGATAAAGCCACCTTTGC
-CTAGTGTTAGGAAACTGACAGAGGACAGATGGAACAAGCCCCAGAAGACCAAGGGCCACAGAGGGAGCCA
-TACAATGAATGGACACTAGAGCTTTTAGAGGAACTTAAGAGTGAAGCTGTTAGACATTTTCCTAGGATAT
-GGCTCCATAACTTAGGACAACATATCTATGAAACTTACGGGGATACTTGGGCAGGAGTGGAAGCCATAAT
-AAGAATTCTGCAACAACTGCTGTTTATCCATTTCAGAATTGGGTGTCGACATAGCAGAATAGGCGTTACT
-CGACAGAGGAGAGCAAGAAATGGAGCCAGTAGATCCTAGACTAGAGCCCTGGAAGCATCCAGGAAGTCAG
-CCTAAAACTGCTTGTACCAATTGCTATTGTAAAAAGTGTTGCTTTCATTGCCAAGTTTGTTTCATGACAA
-AAGCCTTAGGCATCTCCTATGGCAGGAAGAAGCGGAGACAGCGACGAAGAGCTCATCAGAACAGTCAGAC
-TCATCAAGCTTCTCTATCAAAGCAGTAAGTAGTACATGTAATGCAACCTATAATAGTAGCAATAGTAGCA
-TTAGTAGTAGCAATAATAATAGCAATAGTTGTGTGGTCCATAGTAATCATAGAATATAGGAAAATATTAA
-GACAAAGAAAAATAGACAGGTTAATTGATAGACTAATAGAAAGAGCAGAAGACAGTGGCAATGAGAGTGA
-AGGAGAAGTATCAGCACTTGTGGAGATGGGGGTGGAAATGGGGCACCATGCTCCTTGGGATATTGATGAT
-CTGTAGTGCTACAGAAAAATTGTGGGTCACAGTCTATTATGGGGTACCTGTGTGGAAGGAAGCAACCACC
-ACTCTATTTTGTGCATCAGATGCTAAAGCATATGATACAGAGGTACATAATGTTTGGGCCACACATGCCT
-GTGTACCCACAGACCCCAACCCACAAGAAGTAGTATTGGTAAATGTGACAGAAAATTTTAACATGTGGAA
-AAATGACATGGTAGAACAGATGCATGAGGATATAATCAGTTTATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTGTA
-AAATTAACCCCACTCTGTGTTAGTTTAAAGTGCACTGATTTGAAGAATGATACTAATACCAATAGTAGTA
-GCGGGAGAATGATAATGGAGAAAGGAGAGATAAAAAACTGCTCTTTCAATATCAGCACAAGCATAAGAGA
-TAAGGTGCAGAAAGAATATGCATTCTTTTATAAACTTGATATAGTACCAATAGATAATACCAGCTATAGG
-TTGATAAGTTGTAACACCTCAGTCATTACACAGGCCTGTCCAAAGGTATCCTTTGAGCCAATTCCCATAC
-ATTATTGTGCCCCGGCTGGTTTTGCGATTCTAAAATGTAATAATAAGACGTTCAATGGAACAGGACCATG
-TACAAATGTCAGCACAGTACAATGTACACATGGAATCAGGCCAGTAGTATCAACTCAACTGCTGTTAAAT
-GGCAGTCTAGCAGAAGAAGATGTAGTAATTAGATCTGCCAATTTCACAGACAATGCTAAAACCATAATAG
-TACAGCTGAACACATCTGTAGAAATTAATTGTACAAGACCCAACAACAATACAAGAAAAAGTATCCGTAT
-CCAGAGGGGACCAGGGAGAGCATTTGTTACAATAGGAAAAATAGGAAATATGAGACAAGCACATTGTAAC
-ATTAGTAGAGCAAAATGGAATGCCACTTTAAAACAGATAGCTAGCAAATTAAGAGAACAATTTGGAAATA
-ATAAAACAATAATCTTTAAGCAATCCTCAGGAGGGGACCCAGAAATTGTAACGCACAGTTTTAATTGTGG
-AGGGGAATTTTTCTACTGTAATTCAACACAACTGTTTAATAGTACTTGGTTTAATAGTACTTGGAGTACT
-GAAGGGTCAAATAACACTGAAGGAAGTGACACAATCACACTCCCATGCAGAATAAAACAATTTATAAACA
-TGTGGCAGGAAGTAGGAAAAGCAATGTATGCCCCTCCCATCAGTGGACAAATTAGATGTTCATCAAATAT
-TACTGGGCTGCTATTAACAAGAGATGGTGGTAATAACAACAATGGGTCCGAGATCTTCAGACCTGGAGGA
-GGCGATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAAAAATTGAACCATTAGGAG
-TAGCACCCACCAAGGCAAAGAGAAGAGTGGTGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTTTGTT
-CCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACTATGGGCGCAGCGTCAATGACGCTGACGGTACAGGCCAGA
-CAATTATTGTCTGATATAGTGCAGCAGCAGAACAATTTGCTGAGGGCTATTGAGGCGCAACAGCATCTGT
-TGCAACTCACAGTCTGGGGCATCAAACAGCTCCAGGCAAGAATCCTGGCTGTGGAAAGATACCTAAAGGA
-TCAACAGCTCCTGGGGATTTGGGGTTGCTCTGGAAAACTCATTTGCACCACTGCTGTGCCTTGGAATGCT
-AGTTGGAGTAATAAATCTCTGGAACAGATTTGGAATAACATGACCTGGATGGAGTGGGACAGAGAAATTA
-ACAATTACACAAGCTTAATACACTCCTTAATTGAAGAATCGCAAAACCAGCAAGAAAAGAATGAACAAGA
-ATTATTGGAATTAGATAAATGGGCAAGTTTGTGGAATTGGTTTAACATAACAAATTGGCTGTGGTATATA
-AAATTATTCATAATGATAGTAGGAGGCTTGGTAGGTTTAAGAATAGTTTTTGCTGTACTTTCTATAGTGA
-ATAGAGTTAGGCAGGGATATTCACCATTATCGTTTCAGACCCACCTCCCAATCCCGAGGGGACCCGACAG
-GCCCGAAGGAATAGAAGAAGAAGGTGGAGAGAGAGACAGAGACAGATCCATTCGATTAGTGAACGGATCC
-TTAGCACTTATCTGGGACGATCTGCGGAGCCTGTGCCTCTTCAGCTACCACCGCTTGAGAGACTTACTCT
-TGATTGTAACGAGGATTGTGGAACTTCTGGGACGCAGGGGGTGGGAAGCCCTCAAATATTGGTGGAATCT
-CCTACAGTATTGGAGTCAGGAACTAAAGAATAGTGCTGTTAACTTGCTCAATGCCACAGCCATAGCAGTA
-GCTGAGGGGACAGATAGGGTTATAGAAGTATTACAAGCAGCTTATAGAGCTATTCGCCACATACCTAGAA
-GAATAAGACAGGGCTTGGAAAGGATTTTGCTATAAGATGGGTGGCAAGTGGTCAAAAAGTAGTGTGATTG
-GATGGCCTGCTGTAAGGGAAAGAATGAGACGAGCTGAGCCAGCAGCAGATGGGGTGGGAGCAGTATCTCG
-AGACCTAGAAAAACATGGAGCAATCACAAGTAGCAATACAGCAGCTAACAATGCTGCTTGTGCCTGGCTA
-GAAGCACAAGAGGAGGAAGAGGTGGGTTTTCCAGTCACACCTCAGGTACCTTTAAGACCAATGACTTACA
-AGGCAGCTGTAGATCTTAGCCACTTTTTAAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGCTAATTCACTCCCAAAG
-AAGACAAGATATCCTTGATCTGTGGATCTACCACACACAAGGCTACTTCCCTGATTGGCAGAACTACACA
-CCAGGGCCAGGGGTCAGATATCCACTGACCTTTGGATGGTGCTACAAGCTAGTACCAGTTGAGCCAGATA
-AGGTAGAAGAGGCCAATAAAGGAGAGAACACCAGCTTGTTACACCCTGTGAGCCTGCATGGAATGGATGA
-CCCTGAGAGAGAAGTGTTAGAGTGGAGGTTTGACAGCCGCCTAGCATTTCATCACGTGGCCCGAGAGCTG
-CATCCGGAGTACTTCAAGAACTGCTGACATCGAGCTTGCTACAAGGGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCAG
-GGAGGCGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGATGCTGCATATAAGCAGCTGCTTTTTG
-CCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACT
-GCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTTCAAGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTGACTCTGGT
-AACTAGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAATCTCTAGCACCCAGGAGGTAGAGGTTGCAG
-TGAGCCAAGATCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGCAAGAAAACAAGACTGTCTAAAATAATAATAATAA
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