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+++ b/test/data/input/TN_UT2.yaml
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+id: placeholder
+
+license:
+ license_type: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
+ title: "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA"
+ attribution_name: "Mariah Taylor, Colleen Jonsson"
+ attribution_url: https://www.uthsc.edu/medicine/molecular-sciences/faculty-directory/jonsson.php
+
+host:
+ host_id: "TN_UT2"
+ host_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606
+
+sample:
+ sample_id: "TN_UT2"
+ specimen_source: [http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831]
+ collection_date: "2020-04-26"
+ collection_location: http://www.wikidata.org/entity/Q3289517
+
+virus:
+ virus_species: http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049
+ virus_strain: "SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020"
+
+technology:
+ sample_sequencing_technology: [http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632]
+ sequence_assembly_method: https://bio.tools/BWA#!
+ additional_technology_information: Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads
+
+submitter:
+ authors: [Mariah Taylor, Colleen Jonsson]
+ submitter_name: [Mariah Taylor, Colleen B. Jonsson, Pjotr Prins]
+ submitter_address: UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA
+ originating_lab: Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN
+ provider_sample_id: TN_UT2
+ submitter_sample_id: TN_UT2
+ submitter_orcid: [https://orcid.org/0000-0002-2640-7672,https://orcid.org/0000-0002-8021-9162]
diff --git a/test/test_shex.py b/test/test_shex.py
new file mode 100644
index 0000000..ead2396
--- /dev/null
+++ b/test/test_shex.py
@@ -0,0 +1,35 @@
+import schema_salad.schema
+import schema_salad.ref_resolver
+import schema_salad.jsonld_context
+import pkg_resources
+import logging
+import traceback
+# from rdflib import Graph, Namespace
+from pyshex.evaluate import evaluate
+import unittest
+
+class TestStringMethods(unittest.TestCase):
+
+ def test_schema(self):
+ with open("bh20sequploader/bh20seq-schema.yml") as schema_resource:
+ metadata_schema = schema_salad.schema.load_schema("https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-schema.yml")
+ (document_loader,
+ avsc_names,
+ schema_metadata,
+ metaschema_loader) = metadata_schema
+ print(metadata_schema)
+ assert(isinstance(avsc_names, schema_salad.avro.schema.Names))
+ metadatafile = "test/data/input/TN_UT2.yaml"
+ doc, metadata = schema_salad.schema.load_and_validate(document_loader, avsc_names, metadatafile, True)
+ print(doc)
+ g = schema_salad.jsonld_context.makerdf("workflow", doc, document_loader.ctx)
+ shex = pkg_resources.resource_stream(__name__, "../bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf").read().decode("utf-8")
+ rslt, reason = evaluate(g, shex, doc["id"], "https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf#submissionShape")
+
+ g.serialize(format="ntriples")
+
+ if not rslt:
+ raise Exception(reason)
+
+if __name__ == '__main__':
+ unittest.main()