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Jonsson, Pjotr Prins] + submitter_address: UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA + originating_lab: Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN + provider_sample_id: TN_UT2 + submitter_sample_id: TN_UT2 + submitter_orcid: [https://orcid.org/0000-0002-2640-7672,https://orcid.org/0000-0002-8021-9162] diff --git a/test/data/regression/TN_UT2.rdf b/test/data/regression/TN_UT2.rdf new file mode 100644 index 0000000..05492d2 --- /dev/null +++ b/test/data/regression/TN_UT2.rdf @@ -0,0 +1,33 @@ +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0001741> "TN_UT2" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://semanticscience.org/resource/SIO_000115> <https://orcid.org/0000-0002-8021-9162> . +<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/license> _:Nd4901846018d495bb053138baa027814 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://semanticscience.org/resource/SIO_000116> "Pjotr Prins" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://semanticscience.org/resource/SIO_000172> "UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA" . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 <http://purl.org/metadata/dublin_core_elements#Title> "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA" . +<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/sample> _:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://semanticscience.org/resource/SIO_000115> <https://orcid.org/0000-0002-2640-7672> . +_:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 <http://semanticscience.org/resource/SIO_010055> "SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781> "Colleen Jonsson" . +<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/submitter> _:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e . +_:N572d266882144945822657d869333da9 <http://semanticscience.org/resource/SIO_001167> "Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads" . +_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 <http://semanticscience.org/resource/SIO_000115> "TN_UT2" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://semanticscience.org/resource/SIO_000116> "Mariah Taylor" . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 <https://creativecommons.org/ns#attributionURL> <https://www.uthsc.edu/medicine/molecular-sciences/faculty-directory/jonsson.php> . +_:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 <http://edamontology.org/data_1875> <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_2697049> . +_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 <http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25164> "2020-04-26" . +<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/virus> _:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 . +_:N572d266882144945822657d869333da9 <http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0600047> <http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632> . +<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/technology> _:N572d266882144945822657d869333da9 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781> "Mariah Taylor" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C42781> "TN_UT2" . +_:N572d266882144945822657d869333da9 <http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0002699> "https://bio.tools/BWA#!" . +_:Nc89d151473da47de943e512a926416a8 <http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000532> <http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606> . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 <https://creativecommons.org/ns#License> <https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/> . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C37984> "Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN" . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 <https://creativecommons.org/ns#attributionName> "Mariah Taylor, Colleen Jonsson" . +_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 <http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00000448> <http://www.wikidata.org/entity/Q3289517> . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e <http://semanticscience.org/resource/SIO_000116> "Colleen B. Jonsson" . +_:Nc89d151473da47de943e512a926416a8 <http://semanticscience.org/resource/SIO_000115> "TN_UT2" . +_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 <http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0001479> <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831> . +<file:///export/local/home/wrk/iwrk/opensource/code/vg/bh20-seq-resource/test/data/input/placeholder> <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/host> _:Nc89d151473da47de943e512a926416a8 . + diff --git a/test/rest-api.html b/test/rest-api.html index 6e5bf5a..2059ccb 100644 --- a/test/rest-api.html +++ b/test/rest-api.html @@ -3,7 +3,7 @@ "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en"> <head> -<!-- 2020-07-21 Tue 05:38 --> +<!-- 2020-11-05 Thu 05:21 --> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" /> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1" /> <title>PubSeq REST API</title> @@ -40,7 +40,7 @@ } pre.src { position: relative; - overflow: visible; + overflow: auto; padding-top: 1.2em; } pre.src:before { @@ -195,50 +195,26 @@ </style> <link rel="Blog stylesheet" type="text/css" href="blog.css" /> <script type="text/javascript"> -/* -@licstart The following is the entire license notice for the -JavaScript code in this tag. - -Copyright (C) 2012-2020 Free Software Foundation, Inc. - -The JavaScript code in this tag is free software: you can -redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU -General Public License (GNU GPL) as published by the Free Software -Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) -any later version. The code is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; -without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS -FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU GPL for more details. - -As additional permission under GNU GPL version 3 section 7, you -may distribute non-source (e.g., minimized or compacted) forms of -that code without the copy of the GNU GPL normally required by -section 4, provided you include this license notice and a URL -through which recipients can access the Corresponding Source. - - -@licend The above is the entire license notice -for the JavaScript code in this tag. -*/ +// @license magnet:?xt=urn:btih:e95b018ef3580986a04669f1b5879592219e2a7a&dn=public-domain.txt Public Domain <!--/*--><![CDATA[/*><!--*/ - function CodeHighlightOn(elem, id) - { - var target = document.getElementById(id); - if(null != target) { - elem.cacheClassElem = elem.className; - elem.cacheClassTarget = target.className; - target.className = "code-highlighted"; - elem.className = "code-highlighted"; - } - } - function CodeHighlightOff(elem, id) - { - var target = document.getElementById(id); - if(elem.cacheClassElem) - elem.className = elem.cacheClassElem; - if(elem.cacheClassTarget) - target.className = elem.cacheClassTarget; - } -/*]]>*///--> + function CodeHighlightOn(elem, id) + { + var target = document.getElementById(id); + if(null != target) { + elem.classList.add("code-highlighted"); + target.classList.add("code-highlighted"); + } + } + function CodeHighlightOff(elem, id) + { + var target = document.getElementById(id); + if(null != target) { + elem.classList.remove("code-highlighted"); + target.classList.remove("code-highlighted"); + } + } + /*]]>*///--> +// @license-end </script> </head> <body> @@ -252,31 +228,31 @@ for the JavaScript code in this tag. <h2>Table of Contents</h2> <div id="text-table-of-contents"> <ul> -<li><a href="#orgc76638c">1. PubSeq REST API</a> +<li><a href="#org2e7d6bb">1. PubSeq REST API</a> <ul> -<li><a href="#org247cf63">1.1. Introduction</a></li> -<li><a href="#orgcc2b1b0">1.2. Search for an entry</a></li> -<li><a href="#org0ef2d2f">1.3. Fetch metadata</a></li> -<li><a href="#org82c693c">1.4. Fetch EBI XML</a></li> +<li><a href="#orgc61d641">1.1. Introduction</a></li> +<li><a href="#org368b8a5">1.2. Search for an entry</a></li> +<li><a href="#org2cb1511">1.3. Fetch metadata</a></li> +<li><a href="#orgd3ad7fd">1.4. Fetch EBI XML</a></li> </ul> </li> -<li><a href="#org49153e2">2. Configure emacs to run tests</a></li> +<li><a href="#org77f889e">2. Configure emacs to run tests</a></li> </ul> </div> </div> -<div id="outline-container-orgc76638c" class="outline-2"> -<h2 id="orgc76638c"><span class="section-number-2">1</span> PubSeq REST API</h2> +<div id="outline-container-org2e7d6bb" class="outline-2"> +<h2 id="org2e7d6bb"><span class="section-number-2">1</span> PubSeq REST API</h2> <div class="outline-text-2" id="text-1"> <p> Here we document the public REST API that comes with PubSeq. The tests -run in the amazing emacs <a href="https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html">org-babel</a>. See the bottom of this document -for running the tests inside emacs. +run in emacs <a href="https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html">org-babel</a>. See the bottom of this document for running +the tests inside emacs. See bottom of the page how to run tests. </p> </div> -<div id="outline-container-org247cf63" class="outline-3"> -<h3 id="org247cf63"><span class="section-number-3">1.1</span> Introduction</h3> +<div id="outline-container-orgc61d641" class="outline-3"> +<h3 id="orgc61d641"><span class="section-number-3">1.1</span> Introduction</h3> <div class="outline-text-3" id="text-1-1"> <p> We built a REST API for COVID-19 PubSeq. The API source code can be @@ -290,8 +266,8 @@ found in <a href="https://github.com/arvados/bh20-seq-resource/tree/master/bh20s <div class="org-src-container"> <pre class="src src-js">{ - "service": "PubSeq", - "version": 0.1 + <span style="color: #9ccc65;">"service"</span>: <span style="color: #9ccc65;">"PubSeq"</span>, + <span style="color: #9ccc65;">"version"</span>: 0.1 } </pre> </div> @@ -301,12 +277,12 @@ The Python3 version is </p> <div class="org-src-container"> -<pre class="src src-python">import requests -baseURL="http://localhost:5000" # for development -# baseURL="http://covid19.genenetwork.org" -response = requests.get(baseURL+"/api/version") -response_body = response.json() -assert response_body["service"] == "PubSeq", "PubSeq API not found" +<pre class="src src-python"><span style="color: #fff59d;">import</span> requests +<span style="color: #ffcc80;">baseURL</span>=<span style="color: #9ccc65;">"http://localhost:5067"</span> <span style="color: #b0bec5;"># </span><span style="color: #b0bec5;">for development</span> +<span style="color: #b0bec5;"># </span><span style="color: #b0bec5;">baseURL="http://covid19.genenetwork.org"</span> +<span style="color: #ffcc80;">response</span> = requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/version"</span>) +<span style="color: #ffcc80;">response_body</span> = response.json() +<span style="color: #fff59d;">assert</span> response_body[<span style="color: #9ccc65;">"service"</span>] == <span style="color: #9ccc65;">"PubSeq"</span>, <span style="color: #9ccc65;">"PubSeq API not found"</span> response_body </pre> </div> @@ -341,8 +317,8 @@ response_body </div> </div> -<div id="outline-container-orgcc2b1b0" class="outline-3"> -<h3 id="orgcc2b1b0"><span class="section-number-3">1.2</span> Search for an entry</h3> +<div id="outline-container-org368b8a5" class="outline-3"> +<h3 id="org368b8a5"><span class="section-number-3">1.2</span> Search for an entry</h3> <div class="outline-text-3" id="text-1-2"> <p> When you use the search box on PubSeq it queries the REST end point @@ -350,7 +326,7 @@ for information on the search items. For example </p> <div class="org-src-container"> -<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+"/api/search?s=MT533203.1").json() +<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/search?s=MT533203.1"</span>).json() </pre> </div> @@ -386,10 +362,10 @@ for information on the search items. For example <tr> <td class="org-left">collection</td> <td class="org-left">:</td> -<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126</a></td> +<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126</a></td> <td class="org-left">fasta</td> <td class="org-left">:</td> -<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta</a></td> +<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta</a></td> <td class="org-left">id</td> <td class="org-left">:</td> <td class="org-left">MT533203.1</td> @@ -408,8 +384,8 @@ acts as a deduplication uuid. </div> </div> -<div id="outline-container-org0ef2d2f" class="outline-3"> -<h3 id="org0ef2d2f"><span class="section-number-3">1.3</span> Fetch metadata</h3> +<div id="outline-container-org2cb1511" class="outline-3"> +<h3 id="org2cb1511"><span class="section-number-3">1.3</span> Fetch metadata</h3> <div class="outline-text-3" id="text-1-3"> <p> Using above collection link you can fetch the metadata in JSON as it @@ -423,7 +399,7 @@ because is does a bit more in terms of expansion </p> <div class="org-src-container"> -<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+"/api/sample/MT533203.1.json").json() +<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/sample/MT533203.1.json"</span>).json() </pre> </div> @@ -483,13 +459,13 @@ because is does a bit more in terms of expansion <tr> <td class="org-left">collection</td> <td class="org-left">:</td> -<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126</a></td> +<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126</a></td> <td class="org-left">date</td> <td class="org-left">:</td> <td class="org-right">2020-04-27</td> <td class="org-left">fasta</td> <td class="org-left">:</td> -<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta</a></td> +<td class="org-left"><a href="http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta">http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta</a></td> <td class="org-left">id</td> <td class="org-left">:</td> <td class="org-left">MT533203.1</td> @@ -513,8 +489,8 @@ because is does a bit more in terms of expansion -<div id="outline-container-org82c693c" class="outline-3"> -<h3 id="org82c693c"><span class="section-number-3">1.4</span> Fetch EBI XML</h3> +<div id="outline-container-orgd3ad7fd" class="outline-3"> +<h3 id="orgd3ad7fd"><span class="section-number-3">1.4</span> Fetch EBI XML</h3> <div class="outline-text-3" id="text-1-4"> <p> PubSeq provides an API that is used to export formats that are @@ -523,11 +499,11 @@ documented <a href="http://covid19.genenetwork.org/blog?id=using-covid-19-pubseq </p> <div class="org-src-container"> -<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+"/api/ebi/sample-MT326090.1.xml").text +<pre class="src src-python">requests.get(baseURL+<span style="color: #9ccc65;">"/api/ebi/sample-MT326090.1.xml"</span>).text </pre> </div> -<pre class="example"> +<pre class="example" id="orgb2d805a"> <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <SAMPLE_SET> <SAMPLE alias="MT326090.1" center_name="COVID-19 PubSeq"> @@ -584,20 +560,20 @@ documented <a href="http://covid19.genenetwork.org/blog?id=using-covid-19-pubseq </div> </div> -<div id="outline-container-org49153e2" class="outline-2"> -<h2 id="org49153e2"><span class="section-number-2">2</span> Configure emacs to run tests</h2> +<div id="outline-container-org77f889e" class="outline-2"> +<h2 id="org77f889e"><span class="section-number-2">2</span> Configure emacs to run tests</h2> <div class="outline-text-2" id="text-2"> <p> -Execute a code -block with C-c C-c. You may need to set +Execute a code block with C-c C-c. You may need to set </p> <div class="org-src-container"> <pre class="src src-elisp">(org-babel-do-load-languages 'org-babel-load-languages '((python . t))) -(setq org-babel-python-command "python3") -(setq org-babel-eval-verbose t) +(<span style="color: #fff59d;">setq</span> org-babel-python-command <span style="color: #9ccc65;">"python3"</span>) +(<span style="color: #fff59d;">setq</span> org-babel-eval-verbose t) +(<span style="color: #fff59d;">setq</span> org-confirm-babel-evaluate nil) </pre> </div> @@ -617,7 +593,7 @@ To see output of the inpreter open then <b>Python</b> buffer. </div> </div> <div id="postamble" class="status"> -<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-07-21 Tue 05:38</small>. +<hr><small>Created by <a href="http://thebird.nl/">Pjotr Prins</a> (pjotr.public768 at thebird 'dot' nl) using Emacs org-mode and a healthy dose of Lisp!<br />Modified 2020-11-05 Thu 05:21</small>. </div> </body> </html> diff --git a/test/rest-api.org b/test/rest-api.org index 559c272..66639c3 100644 --- a/test/rest-api.org +++ b/test/rest-api.org @@ -2,6 +2,10 @@ # C-c ! insert date (use . for active agenda, C-u C-c ! for date+time, C-u C-c . for time) # C-c C-t task rotate # RSS_IMAGE_URL: http://xxxx.xxxx.free.fr/rss_icon.png +# C-c C-c to run test blocks +# +# This page runs tests and the HTML export doubles as documentation on +# http://covid19.genenetwork.org/apidoc #+TITLE: PubSeq REST API #+AUTHOR: Pjotr Prins @@ -13,8 +17,8 @@ * PubSeq REST API Here we document the public REST API that comes with PubSeq. The tests -run in the amazing emacs [[https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html][org-babel]]. See the bottom of this document -for running the tests inside emacs. +run in emacs [[https://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/languages/ob-doc-python.html][org-babel]]. See the bottom of this document for running +the tests inside emacs. See bottom of the page how to run tests. ** Introduction @@ -36,7 +40,7 @@ The Python3 version is #+begin_src python :session :exports both import requests -baseURL="http://localhost:5000" # for development +baseURL="http://localhost:5067" # for development # baseURL="http://covid19.genenetwork.org" response = requests.get(baseURL+"/api/version") response_body = response.json() @@ -57,7 +61,7 @@ requests.get(baseURL+"/api/search?s=MT533203.1").json() #+end_src #+RESULTS: -| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence | +| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence | where collection is the raw uploaded data. The hash value in ~c=~ is computed on the contents of the Arvados keep [[https://doc.arvados.org/v2.0/user/tutorials/tutorial-keep-mount-gnu-linux.html][collection]] and effectively @@ -77,7 +81,7 @@ requests.get(baseURL+"/api/sample/MT533203.1.json").json() #+end_src #+RESULTS: -| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126 | date | : | 2020-04-27 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0015b0d65dfd2e82bb3cee4436bf2893+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence | mapper | : | minimap v. 2.17 | sequencer | : | http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632 | specimen | : | http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831 | +| collection | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126 | date | : | 2020-04-27 | fasta | : | http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=b16901333ea1754a1e0409bf3caf7d22+126/sequence.fasta | id | : | MT533203.1 | info | : | http://identifiers.org/insdc/MT533203.1#sequence | mapper | : | minimap v. 2.17 | sequencer | : | http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0008632 | specimen | : | http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C155831 | @@ -148,19 +152,18 @@ requests.get(baseURL+"/api/ebi/sample-MT326090.1.xml").text * Configure emacs to run tests -Execute a code -block with C-c C-c. You may need to set +Execute a code block with C-c C-c. You may need to set #+begin_src elisp -(org-babel-do-load-languages - 'org-babel-load-languages - '((python . t))) -(setq org-babel-python-command "python3") -(setq org-babel-eval-verbose t) + (org-babel-do-load-languages + 'org-babel-load-languages + '((python . t))) + (setq org-babel-python-command "python3") + (setq org-babel-eval-verbose t) + (setq org-confirm-babel-evaluate nil) #+end_src #+RESULTS: -: python3 To skip confirmations you may also want to set diff --git a/test/runner.py b/test/runner.py new file mode 100644 index 0000000..3cfe042 --- /dev/null +++ b/test/runner.py @@ -0,0 +1,17 @@ +# Run tests. python3 test/runner.py + +import unittest + +# initialize the test suite +loader = unittest.TestLoader() +suite = unittest.TestSuite() + +import test_shex +import test_sparql + +suite.addTests(loader.loadTestsFromModule(test_shex)) +suite.addTests(loader.loadTestsFromModule(test_sparql)) + +# initialize a runner, pass it your suite and run it +runner = unittest.TextTestRunner(verbosity=3) +result = runner.run(suite) diff --git a/test/test_shex.py b/test/test_shex.py new file mode 100644 index 0000000..728bfdc --- /dev/null +++ b/test/test_shex.py @@ -0,0 +1,36 @@ +# Run with python3 test/test_shex.py + +import schema_salad.schema +import schema_salad.ref_resolver +import schema_salad.jsonld_context +from pyshex.evaluate import evaluate +import unittest + +class TestShexMethods(unittest.TestCase): + + def test_schema(self): + with open("bh20sequploader/bh20seq-schema.yml") as schema_resource: + metadata_schema = schema_salad.schema.load_schema("bh20sequploader/bh20seq-schema.yml") + (document_loader, + avsc_names, + schema_metadata, + metaschema_loader) = metadata_schema + # print(metadata_schema) + self.assertTrue(isinstance(avsc_names, schema_salad.avro.schema.Names)) + metadatafile = "test/data/input/TN_UT2.yaml" + doc, metadata = schema_salad.schema.load_and_validate(document_loader, avsc_names, metadatafile, True) + print(doc) + g = schema_salad.jsonld_context.makerdf("workflow", doc, document_loader.ctx) + with open("bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf") as f: + shex = f.read() + # Note the https link simply acts as a URI descriptor (it does not fetch) + rslt, reason = evaluate(g, shex, doc["id"], "https://raw.githubusercontent.com/arvados/bh20-seq-resource/master/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf#submissionShape") + + with open("test/data/regression/TN_UT2.rdf","w") as f: + f.write(g.serialize(format="ntriples").decode("utf-8")) + + if not rslt: + raise Exception(reason) + +if __name__ == '__main__': + unittest.main() diff --git a/test/test_sparql.py b/test/test_sparql.py new file mode 100644 index 0000000..41cf717 --- /dev/null +++ b/test/test_sparql.py @@ -0,0 +1,39 @@ +# Run with python3 test/test_sparql.py + +import unittest +import requests +import logging + + + +class TestSPARQL(unittest.TestCase): + + def test_sparql(self): + sparqlURL='http://sparql.genenetwork.org/sparql/' + id = "http://collections.lugli.arvadosapi.com/c=0002e93b86ad77824620bf938b97e134+126/sequence.fasta" + id = "MT800005.1" + query=f""" +PREFIX pubseq: <http://biohackathon.org/bh20-seq-schema#MainSchema/> +PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/> +select distinct ?sample ?geoname ?date ?source ?geo ?sampletype ?institute ?sequenceuri +{{ + ?sample sio:SIO_000115 "{id}" . + ?sequenceuri pubseq:sample ?sample . + ?sample <http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00000448> ?geo . + ?geo rdfs:label ?geoname . + ?sample <http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25164> ?date . + OPTIONAL {{ ?sample <http://edamontology.org/data_2091> ?source }} + OPTIONAL {{ ?sample <http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0001479> ?sampletype }} + OPTIONAL {{ ?sample <http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C41206> ?institute }} +}} + """ + print(query) + payload = {'query': query, 'format': 'json'} + r = requests.get(sparqlURL, params=payload) + result = r.json()['results']['bindings'] + # for now we just take the first one + print(result) + self.assertEqual(result[0]['geoname']['value'],'Mahuva') + +if __name__ == '__main__': + unittest.main() |