From 96e7935a658f596f600011888b9eb9efe93973b8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Pjotr Prins Date: Wed, 4 Nov 2020 06:26:21 -0600 Subject: Test data set --- test/data/test.ttl | 3023 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 3023 insertions(+) create mode 100644 test/data/test.ttl (limited to 'test/data') diff --git a/test/data/test.ttl b/test/data/test.ttl new file mode 100644 index 0000000..ddca016 --- /dev/null +++ b/test/data/test.ttl @@ -0,0 +1,3023 @@ + "MT642388.1" . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Pelle,B." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Sibley,T.R." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Gautom,R." . +_:N4a8cabe36a4a4b889237bf50672afdc5 "SARS-CoV-2/human/USA/WA-S1134/2020" . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Hiatt,B." . +_:N95c93ea1ad6e466a923c5224615af9cd . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Thompson,M." . + _:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Starita,L.M." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Brandstetter,E." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Englund,J.A." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Han,P.D." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Frazar,C.D." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Shendure,J." . +_:N10d858ad0a8f428b99e9d50e44534232 . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Adler,A." . +_:N95c93ea1ad6e466a923c5224615af9cd "2020-05-04" . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Bedford,T." . +_:N95c93ea1ad6e466a923c5224615af9cd . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Boeckh,M." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Fay,K." . +_:N95c93ea1ad6e466a923c5224615af9cd . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Lee,J." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Seattle Flu Study, 1959 NE Pacific Street, Seattle, WA 98195, USA" . + _:N10d858ad0a8f428b99e9d50e44534232 . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Ilcisin,M." . +_:Naf3e36eba6f649e598a4cdae5798c5f9 . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Richardson,M." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Truong,M." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Lutz,B.R." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Wolf,C.R." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Rieder,M.J." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Nickerson,D.A." . +_:N95c93ea1ad6e466a923c5224615af9cd "MT642388.1" . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Chu,H.Y." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Famulare,M." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Lindquist,S." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Melly,G." . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "Dykema,P." . + _:N95c93ea1ad6e466a923c5224615af9cd . +_:N4a8cabe36a4a4b889237bf50672afdc5 . +_:N1439b1d6d2d94e87933fa8e291ef424c "University of Washington Medical Center" . +_:N10d858ad0a8f428b99e9d50e44534232 "https://github.com/seattleflu/assembly v. 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National Research Center for Translational Medicine (Shanghai); Ruijin Hospital Affiliated to Shanghai Jiao Tong University School of Medicine; 197 RuiJin Er Rd; Shanghai; China; Postal code 200025" . +_:N26411c3735c0472ba4cc766f993f1ddc "SRR11597148" . + + "MT449640.1" . +_:N6be8f10192f847bf835e802ba3427b0c "CZB Cliahub Consortium,C.C.C." . + _:Ndcf460ebe64846ff952dd84645532892 . +_:N682fbcceebbb43b4b2d0172f76dcf06c "SARS-CoV-2/human/USA/CA-CZB-1047/2020" . +_:Ndcf460ebe64846ff952dd84645532892 "minimap2 v. 2.17; ivar v. 1.2" . +_:N3215b52ff3944ded9605ffcc506c3892 . + _:N3215b52ff3944ded9605ffcc506c3892 . +_:N3215b52ff3944ded9605ffcc506c3892 . + _:N682fbcceebbb43b4b2d0172f76dcf06c . +_:N6be8f10192f847bf835e802ba3427b0c "Chan-Zuckerberg Biohub, 499 Illinois St, San Francisco, CA 94158, USA" . +_:N3215b52ff3944ded9605ffcc506c3892 "2020-04-03" . +_:N682fbcceebbb43b4b2d0172f76dcf06c . +_:N3215b52ff3944ded9605ffcc506c3892 . +_:N6be8f10192f847bf835e802ba3427b0c "Data Science" . +_:N3215b52ff3944ded9605ffcc506c3892 . +_:N3215b52ff3944ded9605ffcc506c3892 "MT449640.1" . +_:Ne05f1f42aa60427ebb2b660dd186df5f . + _:N6be8f10192f847bf835e802ba3427b0c . + _:Ne05f1f42aa60427ebb2b660dd186df5f . +_:Ndcf460ebe64846ff952dd84645532892 . + + "SRR11953676" . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "Christine Loreth" . +_:N4dd975552ef3489dae56e8ebad9c91b5 . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "Broad Institute of Harvard and MIT" . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "PRJNA622837" . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "Infectious Disease Program; Broad Institute of Harvard and MIT; 75 Ames St; Cambridge; Massachusetts; USA; Postal code 02142" . +_:N0ad24ff5428948dc81be8a553cef3c04 . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "" . +_:N0acf419b4c2941cd9940a23b711b34c0 . +_:Nccfac8355d874335a6ca3973ae881a9e "LIBRARY_STRATEGY: RNA-Seq;" . +_:Nccfac8355d874335a6ca3973ae881a9e . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "SRA1084625" . + _:N653ebb150e034144ad833851ffc162af . +_:N4dd975552ef3489dae56e8ebad9c91b5 "Massachusetts General Hospital" . +_:N0ad24ff5428948dc81be8a553cef3c04 "SARS-CoV-2/human/USA/MA_MGH_00005/2020" . +_:N4dd975552ef3489dae56e8ebad9c91b5 . + _:N0ad24ff5428948dc81be8a553cef3c04 . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "Infectious Disease Program; Broad Institute of Harvard and MIT; 75 Ames St; Cambridge; Massachusetts; USA; Postal code 02142" . +_:N4dd975552ef3489dae56e8ebad9c91b5 "2020-03-11" . + _:N0acf419b4c2941cd9940a23b711b34c0 . + _:N4dd975552ef3489dae56e8ebad9c91b5 . + _:Nccfac8355d874335a6ca3973ae881a9e . +_:N4dd975552ef3489dae56e8ebad9c91b5 "SRR11953676" . +_:N653ebb150e034144ad833851ffc162af "cloreth@broadinstitute.org" . + + "MT641699.1" . +_:Ndc58271c17b546f58e8637fc179588a2 "Hopkins,M." . +_:N76f2b841ffc74e14b7e29ebee84fd390 . +_:N76f2b841ffc74e14b7e29ebee84fd390 . + _:Neb5f8f7db6544909bc4056fa49de3017 . +_:N76f2b841ffc74e14b7e29ebee84fd390 "2020-03-11" . +_:Ndc58271c17b546f58e8637fc179588a2 "Thielen,P.M." . +_:Ndc58271c17b546f58e8637fc179588a2 "Infectious Disease" . +_:Ndc58271c17b546f58e8637fc179588a2 "Ernlund,A." . +_:Ndc58271c17b546f58e8637fc179588a2 "Zudock,K." . +_:Ndc58271c17b546f58e8637fc179588a2 "JHU SARS-CoV-2 Genome Sequencing, 3400 N. 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University of Washington; 1100 Fairview Avenue North, E5-110; Seattle; WA; USA; Postal code 98109" . +_:N6965c1618bf14925b9e241f2ed65ef8a "Pavitra Roychoudhury" . +_:N6965c1618bf14925b9e241f2ed65ef8a "proychou@uw.edu" . +_:Nf56d8ec310004a72b04e213a4a118a4c . +_:N6965c1618bf14925b9e241f2ed65ef8a "SRA1069823" . +_:N6965c1618bf14925b9e241f2ed65ef8a "Laboratory Medicine; University of Washington; 1100 Fairview Avenue North, E5-110; Seattle; WA; USA; Postal code 98109" . +_:N80762c50883d408c8d311dd0fe8c9f95 "University of Washington Virology Lab" . + _:Nf56d8ec310004a72b04e213a4a118a4c . + _:N115440e6f05443cc9cd827c6ef557167 . +_:N78282f01ddb34c44834c6cc955b97e76 . +_:N6965c1618bf14925b9e241f2ed65ef8a "University of Washington" . +_:N80762c50883d408c8d311dd0fe8c9f95 "SRR11621921" . + _:N78282f01ddb34c44834c6cc955b97e76 . +_:N80762c50883d408c8d311dd0fe8c9f95 "1970-01-01" . +_:N80762c50883d408c8d311dd0fe8c9f95 . +_:N80762c50883d408c8d311dd0fe8c9f95 "The real 'collection_date' is missing" . + + "MT704072.1" . +_:N84b5dae103b04e56bf6965c11f5f4d1a . + _:Nbd2efdc049164a36b31ac68da3f85068 . +_:N129204a46bf04761a6169d08382b5777 "SARS-CoV-2/human/USA/FL-BPHL-0254/2020" . +_:N6619e127a8a148c0ad660c55bc356782 . +_:Nbd2efdc049164a36b31ac68da3f85068 . +_:Nbd2efdc049164a36b31ac68da3f85068 "MT704072.1" . +_:Nea400043d6694950943506952c977b37 "Schmedes,S." . +_:Nea400043d6694950943506952c977b37 "FLDOH, 1217 N Pearl St, Jacksonville, FL 32202, USA" . +_:Nbd2efdc049164a36b31ac68da3f85068 . +_:Nbd2efdc049164a36b31ac68da3f85068 "2020-05-05" . +_:N129204a46bf04761a6169d08382b5777 . + _:N84b5dae103b04e56bf6965c11f5f4d1a . + _:N6619e127a8a148c0ad660c55bc356782 . + _:N129204a46bf04761a6169d08382b5777 . + _:Nea400043d6694950943506952c977b37 . +_:Nea400043d6694950943506952c977b37 "Blanton,J." . +_:Nea400043d6694950943506952c977b37 "BPHL" . +_:N84b5dae103b04e56bf6965c11f5f4d1a "bwa v. 0.7.17; 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Jr." . +_:N736fe805658f411689cd7e10c030530f "2020-03-10" . +_:N7cb9c98245a841f89f808449e4ba6313 "1.169"^^ . + _:Nc8eb014db2c242f5b1d0767a172c3b8f . +_:N31680becbd8848bba00a736374ab6510 "SARS CoV-2/human/USA/UF-1/2020" . +_:N814a3877bf7e488d925c600f4760e12b "Alam,M." . +_:N31680becbd8848bba00a736374ab6510 . +_:N736fe805658f411689cd7e10c030530f . +_:N814a3877bf7e488d925c600f4760e12b "Waltzek,T.B." . + _:N814a3877bf7e488d925c600f4760e12b . +_:N814a3877bf7e488d925c600f4760e12b "Stephenson,C.J." . +_:N814a3877bf7e488d925c600f4760e12b "Lednicky,J.A." . +_:N814a3877bf7e488d925c600f4760e12b "Subramaniam,K." . +_:N736fe805658f411689cd7e10c030530f "MT295464.1" . + _:N7cb9c98245a841f89f808449e4ba6313 . +_:Nc8eb014db2c242f5b1d0767a172c3b8f . +_:N736fe805658f411689cd7e10c030530f . + + "MT666099.1" . +_:N2fd6032e17e641fd99c6cc36f61b6f35 . + _:N308e6a9b3ac94e99b583b9664c1d0413 . +_:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 "Habib,M.A." . +_:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 "Molla,M.M.A." . 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+_:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 "Akter,S." . +_:N2fd6032e17e641fd99c6cc36f61b6f35 . +_:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 "Akram,A." . + _:N8d2d5afdd3ef4f628f41fb94286ea01b . + _:Nb95061fe96d942b4bde2616c679419a3 . + _:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 . +_:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 "Jahan,I." . +_:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 "Banu,T.A." . +_:N8d2d5afdd3ef4f628f41fb94286ea01b "DRAGEN RNA Pathogen Detection v. 3.5.13" . +_:N551d6de1d4604fba8bc8625822fd3d30 "Uzzaman,M.S." . +_:Nb95061fe96d942b4bde2616c679419a3 "SARS-CoV-2/human/BGD/BCSIR_NILMRC_115/2020" . + + "MT873313.1" . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Branda,J." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Smole,S." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Anahtar,M." . +_:N02661acab05c4ddb80eb7823637b5fda . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Gladden-Young,A." . +_:N9f5ae5cd1fb2466690374bdc4b076ce8 "Massachusetts Department of Public Health" . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Birren,B.W." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "MacInnis,B.L." . + _:N9f5ae5cd1fb2466690374bdc4b076ce8 . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Cusick,C." . + _:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Neumann,A." . + _:N2347075506274dc480ccd938b78aeb29 . + _:N02661acab05c4ddb80eb7823637b5fda . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Pierce,V." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Normandin,E." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Cerrato,F." . +_:N9f5ae5cd1fb2466690374bdc4b076ce8 "2020-03-07" . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Harris,J." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Rudy,M." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Gallagher,G." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Turbett,S." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Rosenberg,E." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Gnirke,A." . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "DeRuff,K." . +_:N9f5ae5cd1fb2466690374bdc4b076ce8 . +_:N5906b8e5809e4da88f882e6b4720be6f "Park,D.J." . 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_:N2153dbb756c9413a9fd5aa8d26b3e7fe . +_:N8b5ce3eeda674f50b0cd1764446eea77 "Jerome,K." . +_:N2153dbb756c9413a9fd5aa8d26b3e7fe . + _:N521aee7881444902b1ec67c44d7040af . +_:N9156ac84f97e4abc9d25ca3b9b59f47e "SARS-CoV-2/human/USA/WA-UW322/2020" . +_:N521aee7881444902b1ec67c44d7040af . +_:N2153dbb756c9413a9fd5aa8d26b3e7fe . + + "MT612185.1" . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Caly,L." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Barreto,I." . +_:N7760ce291a6d48a890c2ff882aa1b0b2 "minimap2 v. 2.17; iVar v. 1.2.1; samtools v. 1.10" . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Sherry,N." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Wapling,J." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Douglas,N." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Druce,J." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Freeman,K." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Salles de Sousa,A." . + _:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 . +_:N0c8ae76f36ed4b7f99ad28abd44bf435 "The 'collection_date' is estimated (the original date was: 2020)" . +_:N0c8ae76f36ed4b7f99ad28abd44bf435 "Victorian Infectious Diseases Reference Laboratory (VIDRL)" . +_:N310e11b121904418a58edc4373e1b6cb . + _:N310e11b121904418a58edc4373e1b6cb . +_:N0c8ae76f36ed4b7f99ad28abd44bf435 "2020-01-15" . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Francis,J." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Baird,R." . +_:N22a8ecf506704779a1ffa9de6dad25dd . + _:N0c8ae76f36ed4b7f99ad28abd44bf435 . +_:N0c8ae76f36ed4b7f99ad28abd44bf435 . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Soares da Silva,E." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Dolores de Jesus da Costa,M." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Dakh,F." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Canisia,D." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Meumann,E." . +_:N0c8ae76f36ed4b7f99ad28abd44bf435 . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Schultz,M.B." . + _:N22a8ecf506704779a1ffa9de6dad25dd . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Sait,M." . +_:N13775760fb9f45e89536df1380186a33 "Seemann,T." . 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+_:N965c0e971450489e9e2008c32c914419 "The Scripps Research Institute, 10550 N Torrey Pines Rd, San Diego, CA 92122, USA" . +_:Nc9778b6d151e4eefb7b76bc949251731 "iVar v. 1.2.2" . +_:Nc9778b6d151e4eefb7b76bc949251731 . +_:N965c0e971450489e9e2008c32c914419 "SEARCH Alliance,S.D." . +_:Nd2136f4cf1d9437d92b06bc68efcf897 . + _:N6a219ad8686440d2a41d5af1ac11173b . +_:N965c0e971450489e9e2008c32c914419 "Department of Immunology" . + _:Nc9778b6d151e4eefb7b76bc949251731 . +_:N6a219ad8686440d2a41d5af1ac11173b . +_:N6a219ad8686440d2a41d5af1ac11173b "SARS-CoV-2/human/MEX/SEARCH-1715-TIJ/2020" . + _:Nb146ea521988424d98ccaf89e0680bb0 . +_:Nd2136f4cf1d9437d92b06bc68efcf897 . +_:Nd2136f4cf1d9437d92b06bc68efcf897 . +_:Nb146ea521988424d98ccaf89e0680bb0 . +_:N965c0e971450489e9e2008c32c914419 "Alvarez,S.N." . +_:N965c0e971450489e9e2008c32c914419 "Cota Haros,C.A." . + + "MT262897.1" . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Li,Y." . + _:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Tong,S." . +_:N6c719d288f484e4ca81800a1cba1bf55 "minimap v. 2.17; Sequencher v. 5.4.6" . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Hiatt,B." . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Tao,Y." . +_:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab "MT262897.1" . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Gant,J." . + _:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec . +_:N9a9e671cf2e344e285450561b21e3e2a . +_:Nbabec4eb45dd4201891cc5f131eb773b . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Wang,H." . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Queen,K." . +_:N6c719d288f484e4ca81800a1cba1bf55 . +_:N9a9e671cf2e344e285450561b21e3e2a "SARS-CoV-2/human/USA/WA-NH3/2020" . +_:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab . +_:N6c719d288f484e4ca81800a1cba1bf55 "20.0"^^ . +_:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab "5' sequence is the sequencing primer used" . +_:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab "2020-03-13" . + _:N9a9e671cf2e344e285450561b21e3e2a . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Russell,D." . + _:N6c719d288f484e4ca81800a1cba1bf55 . +_:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Paden,C.R." . + _:Nbabec4eb45dd4201891cc5f131eb773b . +_:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Jacobs,J." . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Uehara,A." . +_:N9f74d85ae532401cb88e58e9537bb5ec "Zhang,J." . +_:N6c719d288f484e4ca81800a1cba1bf55 . +_:N62a8cb9597fe429996b49319f6dd88ab . + + "MT704095.1" . +_:N942bb088d86947ff8d14f26625853030 "2020-05-08" . +_:N942bb088d86947ff8d14f26625853030 . +_:Na7abcfd276f0495cb120a5dc079b8567 "SARS-CoV-2/human/USA/FL-BPHL-0277/2020" . +_:N5d72dfbe34e740ac8f2f531e6f13dbd8 "bwa v. 0.7.17; ivar v. 1.2.2" . +_:N942bb088d86947ff8d14f26625853030 . +_:N2ae9fce2e92d433cb357eecf15c949b2 "Schmedes,S." . + _:N2ae9fce2e92d433cb357eecf15c949b2 . + _:N942bb088d86947ff8d14f26625853030 . +_:N942bb088d86947ff8d14f26625853030 "MT704095.1" . + _:N5d72dfbe34e740ac8f2f531e6f13dbd8 . +_:Na7abcfd276f0495cb120a5dc079b8567 . +_:N5d72dfbe34e740ac8f2f531e6f13dbd8 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+_:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 "Sajib,S.A." . +_:N1085c0228b5a4e5bb856039c41f0c0fe . +_:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 "Sarkar,M.M.H." . + _:N311a706bb2c54a278ad01629a908743d . +_:Nbd6fa614b2774214810a31419f685b58 . + _:Nbd6fa614b2774214810a31419f685b58 . +_:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 "Molla,M.M.A." . +_:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 "Nafisa,T." . +_:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 "Khan,M.S." . + _:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 . +_:N1085c0228b5a4e5bb856039c41f0c0fe . +_:N311a706bb2c54a278ad01629a908743d "DRAGEN RNA Pathogen Detection v. 3.5.14" . +_:N29f3317db7db4887bd5579982d67995b "SARS-CoV-2/human/BGD/BCSIR_NILMRC_323/2020" . +_:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 "Al Din,S.M.S." . +_:N311a706bb2c54a278ad01629a908743d . +_:N75983b552d3246739c5fb7d621449ce6 "Ghosh,A.K." . + _:N29f3317db7db4887bd5579982d67995b . +_:N1085c0228b5a4e5bb856039c41f0c0fe . + + "MT506699.1" . +_:N823462fc31624d8ca5067d1033567cd6 . +_:N1f5c9f12600a4412a035d9d64ab290b4 "Department of General Services" . +_:N1f5c9f12600a4412a035d9d64ab290b4 "Division of Consolidated Laboratory Services, 600 N 5th Street, Richmond, VA 23219, USA" . +_:N05c020b08d9a4951b96c313ee53c2e74 . + _:Na167b8311537488c83127c4e23d4a55e . + _:N1f5c9f12600a4412a035d9d64ab290b4 . +_:N1f5c9f12600a4412a035d9d64ab290b4 "Fink,L." . +_:N05c020b08d9a4951b96c313ee53c2e74 "MT482117.1" . +_:N05c020b08d9a4951b96c313ee53c2e74 . +_:Na167b8311537488c83127c4e23d4a55e . + _:Na081a334b02741c09db43f3fef508c34 . +_:Na167b8311537488c83127c4e23d4a55e "minimap2 v. 2.17; ivar v. 1.1" . +_:N823462fc31624d8ca5067d1033567cd6 "SARS-CoV-2/human/USA/VA-DCLS-0131/2020" . +_:N05c020b08d9a4951b96c313ee53c2e74 "2020-04-15" . +_:N05c020b08d9a4951b96c313ee53c2e74 "The 'collection_date' is estimated (the original date was: 2020-04)" . +_:Na081a334b02741c09db43f3fef508c34 . + _:N05c020b08d9a4951b96c313ee53c2e74 . + _:N823462fc31624d8ca5067d1033567cd6 . + + "MT246473.1" . + _:N355eb535554d4ec8a8c1d1695d455694 . 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+_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Sordillo,E." . +_:N8105232d8b204f26a316831290eb924f "Minimap2, Pilon v. 2.17-r941, v.1.23" . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Patel,G." . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Gonzalez-Reiche,A.S." . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Krammer,F." . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Polanco,J." . +_:N9a2b14b38381458d88fad7de39355425 . +_:N84926d34293a49cd855d10d798770490 . +_:N3961c374076b4b96ba32d3e4b7d8fba7 . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Gitman,M." . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Albuquerque,B." . +_:N9a2b14b38381458d88fad7de39355425 "2020-03-22" . +_:N3961c374076b4b96ba32d3e4b7d8fba7 "SARS-CoV-2/human/USA/NY-PV09200/2020" . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Liu,W." . + _:N9a2b14b38381458d88fad7de39355425 . +_:N6ad9c0fad4704cc4a753cdbc22a317d2 "Miorin,L." . + + "MT834064.1" . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Thompson,M." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Brandstetter,E." . +_:N9edf8b2b8c3340a6bf1e69fe03b57f39 . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Pelle,B." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Truong,M." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Gautom,R." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Lacombe,K." . + _:N7ccaccf10f9f4e20b2037b1e11c35728 . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Richardson,M." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Seattle Flu Study, 1959 NE Pacific Street, Seattle, WA 98195, USA" . +_:Ndf36723f8676436bbf4bd5a0cde76170 . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Lutz,B.R." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "University of Washington Medical Center" . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Adler,A." . + _:N9edf8b2b8c3340a6bf1e69fe03b57f39 . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Nickerson,D.A." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Dykema,P." . + _:Ndf36723f8676436bbf4bd5a0cde76170 . +_:N9edf8b2b8c3340a6bf1e69fe03b57f39 "MT834064.1" . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba "Bedford,T." . +_:Na04128b74a4c4887a3ba7fffd134e1ba 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server in a Guix container GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/ diff --git a/.guix-test b/.guix-test new file mode 100644 index 0000000..b7b9ab3 --- /dev/null +++ b/.guix-test @@ -0,0 +1,11 @@ +#! /bin/sh +# +# This script runs the tests in a Guix container + +GUIX_PROFILE=~/.config/guix/current +export GUILE_LOAD_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/ +export GUILE_LOAD_COMPILED_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/ + +ls $GUILE_LOAD_PATH + +env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ $GUIX_PROFILE/bin/guix environment -C guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex python-pyyaml --network openssl python-pyshex python-pyshexc minimap2 python-schema-salad python-arvados-python-client -- python3 test/test_shex.py diff --git a/test/data/input/TN_UT2.fa b/test/data/input/TN_UT2.fa new file mode 100644 index 0000000..d723c0a --- /dev/null +++ b/test/data/input/TN_UT2.fa @@ -0,0 +1,2 @@ +>SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020 +----------------------------AAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACATCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTTTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAAC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@@ -34,11 +36,15 @@ $graph: type: string? jsonldPredicate: _id: https://creativecommons.org/ns#attributionURL + _type: "@id" + noLinkCheck: true attribution_source: doc: Attribution source URL related to data license type: string? jsonldPredicate: _id: https://creativecommons.org/ns#attributionSource + _type: "@id" + noLinkCheck: true - name: hostSchema type: record diff --git a/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf b/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf index fa765dd..1b15c58 100644 --- a/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf +++ b/bh20sequploader/bh20seq-shex.rdf @@ -2,6 +2,7 @@ PREFIX : PREFIX hostSchema: PREFIX cc: +PREFIX cclicenses: PREFIX dc: PREFIX xsd: PREFIX obo: @@ -71,9 +72,9 @@ PREFIX wikidata: } :licenseShape{ - cc:License xsd:string ; + cc:License [ cclicenses:~ ] ; dc:Title xsd:string ?; cc:attributionName xsd:string ?; - cc:attributionURL xsd:string ?; + cc:attributionURL /^http/ ; cc:attributionSource xsd:string ?; } diff --git a/test/data/input/TN_UT2.yaml b/test/data/input/TN_UT2.yaml index 2c5f987..9c4370d 100644 --- a/test/data/input/TN_UT2.yaml +++ b/test/data/input/TN_UT2.yaml @@ -1,7 +1,7 @@ id: placeholder license: - license_type: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ + license_type: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ title: "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA" attribution_name: "Mariah Taylor, Colleen Jonsson" attribution_url: https://www.uthsc.edu/medicine/molecular-sciences/faculty-directory/jonsson.php diff --git a/test/data/regression/TN_UT2.rdf b/test/data/regression/TN_UT2.rdf index aa1356a..84353a5 100644 --- a/test/data/regression/TN_UT2.rdf +++ b/test/data/regression/TN_UT2.rdf @@ -1,33 +1,33 @@ -_:Nc519408f538a4bb39ea09f56ce9bb88e "TN_UT2" . -_:N299826fb66794f11991cebc5f8d8b24a "https://bio.tools/BWA#!" . -_:N982774a13a39474aae39272447a09574 "https://www.uthsc.edu/medicine/molecular-sciences/faculty-directory/jonsson.php" . -_:N7857c4718ab741169bae9fafa9b47c75 "2020-04-26" . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d "Pjotr Prins" . -_:N95d4a000e14d4bd99b46d6ec84989aaf "SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020" . - _:N982774a13a39474aae39272447a09574 . -_:N95d4a000e14d4bd99b46d6ec84989aaf . -_:Nc519408f538a4bb39ea09f56ce9bb88e . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d "Colleen Jonsson" . -_:N982774a13a39474aae39272447a09574 "Mariah Taylor, Colleen Jonsson" . - _:N7857c4718ab741169bae9fafa9b47c75 . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d "Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN" . -_:N299826fb66794f11991cebc5f8d8b24a . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d "UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA" . -_:N7857c4718ab741169bae9fafa9b47c75 . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d "TN_UT2" . -_:N7857c4718ab741169bae9fafa9b47c75 "TN_UT2" . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d . - _:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d . - _:N299826fb66794f11991cebc5f8d8b24a . -_:N982774a13a39474aae39272447a09574 "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA" . -_:N299826fb66794f11991cebc5f8d8b24a "Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads" . -_:N7857c4718ab741169bae9fafa9b47c75 . - _:Nc519408f538a4bb39ea09f56ce9bb88e . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d "Mariah Taylor" . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d . - _:N95d4a000e14d4bd99b46d6ec84989aaf . -_:N708d19e87323455c9f9bb317538f742d "Colleen B. 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Jonsson" . +_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 . + _:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 . +_:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA" . +_:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 "Mariah Taylor, Colleen Jonsson" . +_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Mariah Taylor" . +_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Mariah Taylor" . +_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN" . +_:N14a259ceba1446a389be1076f7090540 "TN_UT2" . +_:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc . + _:N17d644aee0054862ab8beb6cdf5cb4d6 . +_:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 . +_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Pjotr Prins" . +_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA" . +_:N17d644aee0054862ab8beb6cdf5cb4d6 "Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads" . +_:N69368ab7984c4659bcfa493bdca2d5f1 . +_:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc "TN_UT2" . +_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "TN_UT2" . + _:N69368ab7984c4659bcfa493bdca2d5f1 . +_:N17d644aee0054862ab8beb6cdf5cb4d6 . +_:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc "2020-04-26" . diff --git a/test/runner.py b/test/runner.py new file mode 100644 index 0000000..3cfe042 --- /dev/null +++ b/test/runner.py @@ -0,0 +1,17 @@ +# Run tests. python3 test/runner.py + +import unittest + +# initialize the test suite +loader = unittest.TestLoader() +suite = unittest.TestSuite() + +import test_shex +import test_sparql + +suite.addTests(loader.loadTestsFromModule(test_shex)) +suite.addTests(loader.loadTestsFromModule(test_sparql)) + +# initialize a runner, pass it your suite and run it +runner = unittest.TextTestRunner(verbosity=3) +result = runner.run(suite) diff --git a/test/test_shex.py b/test/test_shex.py index e5d97cc..728bfdc 100644 --- a/test/test_shex.py +++ b/test/test_shex.py @@ -1,14 +1,12 @@ +# Run with python3 test/test_shex.py + import schema_salad.schema import schema_salad.ref_resolver import schema_salad.jsonld_context -# import pkg_resources -import logging -# import traceback -# from rdflib import Graph, Namespace from pyshex.evaluate import evaluate import unittest -class TestStringMethods(unittest.TestCase): +class TestShexMethods(unittest.TestCase): def test_schema(self): with open("bh20sequploader/bh20seq-schema.yml") as schema_resource: diff --git a/test/test_sparql.py b/test/test_sparql.py new file mode 100644 index 0000000..00bb3ed --- /dev/null +++ b/test/test_sparql.py @@ -0,0 +1,11 @@ +# Run with python3 test/test_sparql.py + +import unittest + +class TestSPARQL(unittest.TestCase): + + def test_sparql(self): + pass + +if __name__ == '__main__': + unittest.main() -- cgit v1.2.3 From f9c64353ac87b1fe05e0cad68e358a7f69b3bcdc Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Pjotr Prins Date: Sat, 7 Nov 2020 10:31:27 +0000 Subject: Tests: added SPARQL test --- .guix-test | 2 +- test/data/regression/TN_UT2.rdf | 64 ++++++++++++++++++++--------------------- test/test_sparql.py | 30 ++++++++++++++++++- 3 files changed, 62 insertions(+), 34 deletions(-) (limited to 'test/data') diff --git a/.guix-test b/.guix-test index b8e92a0..26d2548 100644 --- a/.guix-test +++ b/.guix-test @@ -8,4 +8,4 @@ export GUILE_LOAD_COMPILED_PATH=$GUIX_PROFILE/share/guile/site/3.0/ ls $GUILE_LOAD_PATH -env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ $GUIX_PROFILE/bin/guix environment -C guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex python-pyyaml openssl python-pyshex python-pyshexc minimap2 python-schema-salad python-arvados-python-client -- python3 test/runner.py +env GUIX_PACKAGE_PATH=~/iwrk/opensource/guix/guix-bioinformatics/ $GUIX_PROFILE/bin/guix environment -C guix --ad-hoc git python python-flask python-pyyaml python-pycurl python-magic nss-certs python-pyshex python-pyyaml --network openssl python-pyshex python-pyshexc minimap2 python-schema-salad python-arvados-python-client -- python3 test/runner.py diff --git a/test/data/regression/TN_UT2.rdf b/test/data/regression/TN_UT2.rdf index 28b7a2d..05492d2 100644 --- a/test/data/regression/TN_UT2.rdf +++ b/test/data/regression/TN_UT2.rdf @@ -1,33 +1,33 @@ -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 . -_:N14a259ceba1446a389be1076f7090540 . - _:N14a259ceba1446a389be1076f7090540 . - _:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Colleen Jonsson" . - _:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc . -_:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 . -_:N17d644aee0054862ab8beb6cdf5cb4d6 "https://bio.tools/BWA#!" . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "TN_UT2" . -_:N69368ab7984c4659bcfa493bdca2d5f1 "SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020" . -_:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Colleen B. Jonsson" . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 . - _:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 . -_:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA" . -_:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 "Mariah Taylor, Colleen Jonsson" . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Mariah Taylor" . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Mariah Taylor" . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN" . -_:N14a259ceba1446a389be1076f7090540 "TN_UT2" . -_:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc . - _:N17d644aee0054862ab8beb6cdf5cb4d6 . -_:N1421ab28904c425faf6c308f77800e08 . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "Pjotr Prins" . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA" . -_:N17d644aee0054862ab8beb6cdf5cb4d6 "Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads" . -_:N69368ab7984c4659bcfa493bdca2d5f1 . -_:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc "TN_UT2" . -_:N76e90938195c463c9dd2af9dadcf3d56 "TN_UT2" . - _:N69368ab7984c4659bcfa493bdca2d5f1 . -_:N17d644aee0054862ab8beb6cdf5cb4d6 . -_:Na3153e61734c4cd1b7c4a11bb64b76cc "2020-04-26" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "TN_UT2" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e . + _:Nd4901846018d495bb053138baa027814 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "Pjotr Prins" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "UTHSC, Memphis, Tennessee 38163, USA" . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 "TN_UT2 - Pegram, Tennessee, USA" . + _:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e . +_:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 "SARS-CoV-2/human/USA/TN_UT2/2020" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "Colleen Jonsson" . + _:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e . +_:N572d266882144945822657d869333da9 "Oxford Nanopore MiniIon RNA long reads" . +_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 "TN_UT2" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "Mariah Taylor" . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 . +_:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 . +_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 "2020-04-26" . + _:N98ebfff2566041cda89444d4cfe03752 . +_:N572d266882144945822657d869333da9 . + _:N572d266882144945822657d869333da9 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "Mariah Taylor" . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "TN_UT2" . +_:N572d266882144945822657d869333da9 "https://bio.tools/BWA#!" . +_:Nc89d151473da47de943e512a926416a8 . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "Regional Biocontainment Laboratory, Memphis, TN" . +_:Nd4901846018d495bb053138baa027814 "Mariah Taylor, Colleen Jonsson" . +_:N7e96da40d73c4c2dbf05111f468abae3 . +_:N2db9cee579dd43f1b726d25af29c234e "Colleen B. 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