From 47666ab547da0c2fbdc2026f955d7d7b615d11fb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: lltommy Date: Sun, 19 Apr 2020 19:47:39 +0200 Subject: Updating NCBI dictonaries, adding UI options, small yaml schema changes --- .../ncbi_countries.csv | 460 ++++++++++++--------- .../ncbi_sequencing_technology.csv | 2 + 2 files changed, 259 insertions(+), 203 deletions(-) (limited to 'scripts/dict_ontology_standardization') diff --git a/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_countries.csv b/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_countries.csv index 9813f52..a3a55ca 100644 --- a/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_countries.csv +++ b/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_countries.csv @@ -1,243 +1,297 @@ -USA,http://www.wikidata.org/entity/Q30 -USA: CA,http://www.wikidata.org/entity/Q99 -USA: ME,http://www.wikidata.org/entity/Q724 -USA: NH,http://www.wikidata.org/entity/Q759 -USA: AL,http://www.wikidata.org/entity/Q173 -USA: MA,http://www.wikidata.org/entity/Q771 -USA: CT,http://www.wikidata.org/entity/Q779 -USA: AK,http://www.wikidata.org/entity/Q797 -USA: HI,http://www.wikidata.org/entity/Q782 -USA: FL,http://www.wikidata.org/entity/Q812 -USA: AZ,http://www.wikidata.org/entity/Q816 -USA: OR,http://www.wikidata.org/entity/Q824 -USA: UT,http://www.wikidata.org/entity/Q829 -USA: MI,http://www.wikidata.org/entity/Q1166 -USA: IL,http://www.wikidata.org/entity/Q1204 -USA: ND,http://www.wikidata.org/entity/Q1207 -USA: SD,http://www.wikidata.org/entity/Q1211 -USA: ID,http://www.wikidata.org/entity/Q1221 -USA: MT,http://www.wikidata.org/entity/Q1212 -USA: WY,http://www.wikidata.org/entity/Q1214 -USA: WA,http://www.wikidata.org/entity/Q1223 -USA: NV,http://www.wikidata.org/entity/Q1227 -USA: CO,http://www.wikidata.org/entity/Q1261 -USA: WV,http://www.wikidata.org/entity/Q1371 -USA: VA,http://www.wikidata.org/entity/Q1370 -USA: RI,http://www.wikidata.org/entity/Q1387 -USA: NY,http://www.wikidata.org/entity/Q1384 -USA: DE,http://www.wikidata.org/entity/Q1393 -USA: OH,http://www.wikidata.org/entity/Q1397 -USA: MD,http://www.wikidata.org/entity/Q1391 -USA: NJ,http://www.wikidata.org/entity/Q1408 -USA: GA,http://www.wikidata.org/entity/Q1428 -USA: PA,http://www.wikidata.org/entity/Q1400 -USA: IN,http://www.wikidata.org/entity/Q1415 -USA: TX,http://www.wikidata.org/entity/Q1439 -USA: NC,http://www.wikidata.org/entity/Q1454 -USA: MS,http://www.wikidata.org/entity/Q1494 -USA: SC,http://www.wikidata.org/entity/Q1456 -USA: NM,http://www.wikidata.org/entity/Q1522 -USA: TN,http://www.wikidata.org/entity/Q1509 -USA: MN,http://www.wikidata.org/entity/Q1527 -USA: WI,http://www.wikidata.org/entity/Q1537 -USA: NE,http://www.wikidata.org/entity/Q1553 -USA: IA,http://www.wikidata.org/entity/Q1546 -USA: OK,http://www.wikidata.org/entity/Q1649 -USA: KS,http://www.wikidata.org/entity/Q1558 -USA: VT,http://www.wikidata.org/entity/Q16551 -USA: MO,http://www.wikidata.org/entity/Q1581 -USA: LA,http://www.wikidata.org/entity/Q1588 -USA: KY,http://www.wikidata.org/entity/Q1603 -USA: AR,http://www.wikidata.org/entity/Q1612 +30.59 N 114.3 E,http://www.wikidata.org/entity/Q11746 +Afghanistan,http://www.wikidata.org/entity/Q889 +Albania,http://www.wikidata.org/entity/Q222 +Algeria,http://www.wikidata.org/entity/Q262 +Andorra,http://www.wikidata.org/entity/Q228 +Angola,http://www.wikidata.org/entity/Q916 +Antigua and Barbuda,http://www.wikidata.org/entity/Q781 +Argentina,http://www.wikidata.org/entity/Q414 +Armenia,http://www.wikidata.org/entity/Q399 +Australia,http://www.wikidata.org/entity/Q408 +Australia: Queensland,http://www.wikidata.org/entity/Q36074 +Austria,http://www.wikidata.org/entity/Q40 +Azerbaijan,http://www.wikidata.org/entity/Q227 +Bahrain,http://www.wikidata.org/entity/Q398 +Bangladesh,http://www.wikidata.org/entity/Q902 +Barbados,http://www.wikidata.org/entity/Q244 +Belarus,http://www.wikidata.org/entity/Q184 +Belgium,http://www.wikidata.org/entity/Q31 +Belize,http://www.wikidata.org/entity/Q242 +Benin,http://www.wikidata.org/entity/Q962 +Bhutan,http://www.wikidata.org/entity/Q917 +Bolivia,http://www.wikidata.org/entity/Q750 +Bosnia and Herzegovina,http://www.wikidata.org/entity/Q225 +Botswana,http://www.wikidata.org/entity/Q963 +Brazil,http://www.wikidata.org/entity/Q155 +Brunei,http://www.wikidata.org/entity/Q921 +Bulgaria,http://www.wikidata.org/entity/Q219 +Burkina Faso,http://www.wikidata.org/entity/Q965 +Burundi,http://www.wikidata.org/entity/Q967 +Cambodia,http://www.wikidata.org/entity/Q424 +Cameroon,http://www.wikidata.org/entity/Q1009 +Canada,http://www.wikidata.org/entity/Q16 +Cape Verde,http://www.wikidata.org/entity/Q1011 +Central African Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q929 +Chad,http://www.wikidata.org/entity/Q657 +Chile,http://www.wikidata.org/entity/Q298 China,http://www.wikidata.org/entity/Q148 +China: Anhui,http://www.wikidata.org/entity/Q40956 China: Beijing,http://www.wikidata.org/entity/Q956 -China: Hong Kong,http://www.wikidata.org/entity/Q8646 -China: Shanghai,http://www.wikidata.org/entity/Q8686 China: Chongqing,http://www.wikidata.org/entity/Q11725 -China: Tianjin,http://www.wikidata.org/entity/Q11736 -China: Macau,http://www.wikidata.org/entity/Q14773 +China: Fujian,http://www.wikidata.org/entity/Q41705 +China: Gansu,http://www.wikidata.org/entity/Q42392 China: Guangdong,http://www.wikidata.org/entity/Q15175 China: Guangxi Zhuang Autonomous Region,http://www.wikidata.org/entity/Q15176 -China: Jiangsu,http://www.wikidata.org/entity/Q16963 -China: Zhejiang,http://www.wikidata.org/entity/Q16967 -China: Tibet Autonomous Region,http://www.wikidata.org/entity/Q17269 -China: Heilongjiang,http://www.wikidata.org/entity/Q19206 -China: Sichuan,http://www.wikidata.org/entity/Q19770 -China: Hebei,http://www.wikidata.org/entity/Q21208 -China: Xinjiang,http://www.wikidata.org/entity/Q34800 -China: Anhui,http://www.wikidata.org/entity/Q40956 -China: Inner Mongolia,http://www.wikidata.org/entity/Q41079 -China: Fujian,http://www.wikidata.org/entity/Q41705 +China: Guizhou,http://www.wikidata.org/entity/Q47097 China: Hainan,http://www.wikidata.org/entity/Q42200 -China: Gansu,http://www.wikidata.org/entity/Q42392 -China: Yunnan,http://www.wikidata.org/entity/Q43194 -China: Shandong,http://www.wikidata.org/entity/Q43407 +China: Hebei,http://www.wikidata.org/entity/Q21208 +China: Heilongjiang,http://www.wikidata.org/entity/Q19206 China: Henan,http://www.wikidata.org/entity/Q43684 -China: Liaoning,http://www.wikidata.org/entity/Q43934 -China: Jilin,http://www.wikidata.org/entity/Q45208 -China: Hunan,http://www.wikidata.org/entity/Q45761 +China: Hong Kong,http://www.wikidata.org/entity/Q8646 China: Hubei,http://www.wikidata.org/entity/Q46862 -China: Qinghai,http://www.wikidata.org/entity/Q45833 -China: Shanxi,http://www.wikidata.org/entity/Q46913 -China: Shaanxi,http://www.wikidata.org/entity/Q47974 -China: Guizhou,http://www.wikidata.org/entity/Q47097 +"China: Hubei, Wuhan",http://www.wikidata.org/entity/Q11746 +China: Hunan,http://www.wikidata.org/entity/Q45761 +China: Inner Mongolia,http://www.wikidata.org/entity/Q41079 +China: Jiangsu,http://www.wikidata.org/entity/Q16963 China: Jiangxi,http://www.wikidata.org/entity/Q57052 +China: Jilin,http://www.wikidata.org/entity/Q45208 +China: Liaoning,http://www.wikidata.org/entity/Q43934 +China: Macau,http://www.wikidata.org/entity/Q14773 China: Ningxia Hui Autonomous Region,http://www.wikidata.org/entity/Q57448 -30.59 N 114.3 E,http://www.wikidata.org/entity/Q11746 -Sri Lanka,http://www.wikidata.org/entity/Q854 -Syria,http://www.wikidata.org/entity/Q858 -Tajikistan,http://www.wikidata.org/entity/Q863 -Canada,http://www.wikidata.org/entity/Q16 -Thailand,http://www.wikidata.org/entity/Q869 -Japan,http://www.wikidata.org/entity/Q17 -Turkmenistan,http://www.wikidata.org/entity/Q874 -Norway,http://www.wikidata.org/entity/Q20 -Ireland,http://www.wikidata.org/entity/Q27 -United Arab Emirates,http://www.wikidata.org/entity/Q878 -Vietnam,http://www.wikidata.org/entity/Q881 -United States of America,http://www.wikidata.org/entity/Q30 -South Korea,http://www.wikidata.org/entity/Q884 +China: Qinghai,http://www.wikidata.org/entity/Q45833 +China: Shaanxi,http://www.wikidata.org/entity/Q47974 +China: Shandong,http://www.wikidata.org/entity/Q43407 +China: Shanghai,http://www.wikidata.org/entity/Q8686 +China: Shanxi,http://www.wikidata.org/entity/Q46913 +China: Sichuan,http://www.wikidata.org/entity/Q19770 +China: Tianjin,http://www.wikidata.org/entity/Q11736 +China: Tibet Autonomous Region,http://www.wikidata.org/entity/Q17269 +China: Xinjiang,http://www.wikidata.org/entity/Q34800 +China: Yunnan,http://www.wikidata.org/entity/Q43194 +China: Zhejiang,http://www.wikidata.org/entity/Q16967 +Colombia,http://www.wikidata.org/entity/Q739 +Comoros,http://www.wikidata.org/entity/Q970 +Costa Rica,http://www.wikidata.org/entity/Q800 +Croatia,http://www.wikidata.org/entity/Q224 +Cuba,http://www.wikidata.org/entity/Q241 +Czech Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q213 +Democratic Republic of the Congo,http://www.wikidata.org/entity/Q974 Denmark,http://www.wikidata.org/entity/Q35 -Afghanistan,http://www.wikidata.org/entity/Q889 -Bangladesh,http://www.wikidata.org/entity/Q902 -Poland,http://www.wikidata.org/entity/Q36 -Mali,http://www.wikidata.org/entity/Q912 -Italy,http://www.wikidata.org/entity/Q38 -Angola,http://www.wikidata.org/entity/Q916 -Switzerland,http://www.wikidata.org/entity/Q39 -Bhutan,http://www.wikidata.org/entity/Q917 -Austria,http://www.wikidata.org/entity/Q40 -Brunei,http://www.wikidata.org/entity/Q921 -Tanzania,http://www.wikidata.org/entity/Q924 -Turkey,http://www.wikidata.org/entity/Q43 -Philippines,http://www.wikidata.org/entity/Q928 -Portugal,http://www.wikidata.org/entity/Q45 -Uruguay,http://www.wikidata.org/entity/Q77 -Central African Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q929 -Togo,http://www.wikidata.org/entity/Q945 +Djibouti,http://www.wikidata.org/entity/Q977 +Dominica,http://www.wikidata.org/entity/Q784 +Dominican Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q786 +East Timor,http://www.wikidata.org/entity/Q574 +Ecuador,http://www.wikidata.org/entity/Q736 Egypt,http://www.wikidata.org/entity/Q79 -Tunisia,http://www.wikidata.org/entity/Q948 -Zambia,http://www.wikidata.org/entity/Q953 -Mexico,http://www.wikidata.org/entity/Q96 -Zimbabwe,http://www.wikidata.org/entity/Q954 -South Sudan,http://www.wikidata.org/entity/Q958 -Kenya,http://www.wikidata.org/entity/Q114 -Benin,http://www.wikidata.org/entity/Q962 +El Salvador,http://www.wikidata.org/entity/Q792 +Equatorial Guinea,http://www.wikidata.org/entity/Q983 +Eritrea,http://www.wikidata.org/entity/Q986 +Estado Libre del Istmo,http://www.wikidata.org/entity/Q8842943 +Estonia,http://www.wikidata.org/entity/Q191 +Eswatini,http://www.wikidata.org/entity/Q1050 Ethiopia,http://www.wikidata.org/entity/Q115 -Botswana,http://www.wikidata.org/entity/Q963 -Ghana,http://www.wikidata.org/entity/Q117 -Burkina Faso,http://www.wikidata.org/entity/Q965 -Burundi,http://www.wikidata.org/entity/Q967 +Federated States of Micronesia,http://www.wikidata.org/entity/Q702 +Fiji,http://www.wikidata.org/entity/Q712 +Finland,http://www.wikidata.org/entity/Q33 France,http://www.wikidata.org/entity/Q142 -Comoros,http://www.wikidata.org/entity/Q970 -United Kingdom,http://www.wikidata.org/entity/Q145 -Republic of the Congo,http://www.wikidata.org/entity/Q971 -People's Republic of China,http://www.wikidata.org/entity/Q148 -Democratic Republic of the Congo,http://www.wikidata.org/entity/Q974 -Brazil,http://www.wikidata.org/entity/Q155 -Djibouti,http://www.wikidata.org/entity/Q977 +Gabon,http://www.wikidata.org/entity/Q1000 +Georgia,http://www.wikidata.org/entity/Q230 Germany,http://www.wikidata.org/entity/Q183 -Eritrea,http://www.wikidata.org/entity/Q986 -The Gambia,http://www.wikidata.org/entity/Q1005 -Latvia,http://www.wikidata.org/entity/Q211 -Czech Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q213 +Ghana,http://www.wikidata.org/entity/Q117 +Greece,http://www.wikidata.org/entity/Q41 +Grenada,http://www.wikidata.org/entity/Q769 +Guatemala,http://www.wikidata.org/entity/Q774 Guinea,http://www.wikidata.org/entity/Q1006 Guinea-Bissau,http://www.wikidata.org/entity/Q1007 -Slovakia,http://www.wikidata.org/entity/Q214 +Guyana,http://www.wikidata.org/entity/Q734 +Haiti,http://www.wikidata.org/entity/Q790 +Honduras,http://www.wikidata.org/entity/Q783 +Hungary,http://www.wikidata.org/entity/Q28 +Iceland,http://www.wikidata.org/entity/Q189 +Icelandic Commonwealth,http://www.wikidata.org/entity/Q62389 +India,http://www.wikidata.org/entity/Q668 +Indonesia,http://www.wikidata.org/entity/Q252 +Iran,http://www.wikidata.org/entity/Q794 +Iran: Tehran,http://www.wikidata.org/entity/Q3616 +Iraq,http://www.wikidata.org/entity/Q796 +Ireland,http://www.wikidata.org/entity/Q27 +Israel,http://www.wikidata.org/entity/Q801 +Italy,http://www.wikidata.org/entity/Q38 +Italy: Cagliari,http://www.wikidata.org/entity/Q1897 +Italy: Rome,http://www.wikidata.org/entity/Q220 Ivory Coast,http://www.wikidata.org/entity/Q1008 -Romania,http://www.wikidata.org/entity/Q218 -Cape Verde,http://www.wikidata.org/entity/Q1011 -Cameroon,http://www.wikidata.org/entity/Q1009 -Bulgaria,http://www.wikidata.org/entity/Q219 +Jamaica,http://www.wikidata.org/entity/Q766 +Japan,http://www.wikidata.org/entity/Q17 +Jordan,http://www.wikidata.org/entity/Q810 +Kazakhstan,http://www.wikidata.org/entity/Q232 +Kenya,http://www.wikidata.org/entity/Q114 +Kingdom of Denmark,http://www.wikidata.org/entity/Q756617 +Kingdom of the Netherlands,http://www.wikidata.org/entity/Q29999 +Kiribati,http://www.wikidata.org/entity/Q710 +Kuwait,http://www.wikidata.org/entity/Q817 +Kyrgyzstan,http://www.wikidata.org/entity/Q813 +Laos,http://www.wikidata.org/entity/Q819 +Latvia,http://www.wikidata.org/entity/Q211 +Lebanon,http://www.wikidata.org/entity/Q822 Lesotho,http://www.wikidata.org/entity/Q1013 -Croatia,http://www.wikidata.org/entity/Q224 Liberia,http://www.wikidata.org/entity/Q1014 Libya,http://www.wikidata.org/entity/Q1016 -Kazakhstan,http://www.wikidata.org/entity/Q232 -Montenegro,http://www.wikidata.org/entity/Q236 +Liechtenstein,http://www.wikidata.org/entity/Q347 +Lithuania,http://www.wikidata.org/entity/Q37 +Luxembourg,http://www.wikidata.org/entity/Q32 Madagascar,http://www.wikidata.org/entity/Q1019 -Barbados,http://www.wikidata.org/entity/Q244 -Indonesia,http://www.wikidata.org/entity/Q252 Malawi,http://www.wikidata.org/entity/Q1020 +Malaysia,http://www.wikidata.org/entity/Q833 +Maldives,http://www.wikidata.org/entity/Q826 +Mali,http://www.wikidata.org/entity/Q912 +Malta,http://www.wikidata.org/entity/Q233 +Marshall Islands,http://www.wikidata.org/entity/Q709 Mauritania,http://www.wikidata.org/entity/Q1025 -South Africa,http://www.wikidata.org/entity/Q258 Mauritius,http://www.wikidata.org/entity/Q1027 -Algeria,http://www.wikidata.org/entity/Q262 +Mexico,http://www.wikidata.org/entity/Q96 +Moldova,http://www.wikidata.org/entity/Q217 +Monaco,http://www.wikidata.org/entity/Q235 +Mongolia,http://www.wikidata.org/entity/Q711 +Montenegro,http://www.wikidata.org/entity/Q236 Morocco,http://www.wikidata.org/entity/Q1028 Mozambique,http://www.wikidata.org/entity/Q1029 -Uzbekistan,http://www.wikidata.org/entity/Q265 +Myanmar,http://www.wikidata.org/entity/Q836 Namibia,http://www.wikidata.org/entity/Q1030 -Chile,http://www.wikidata.org/entity/Q298 +Nauru,http://www.wikidata.org/entity/Q697 +Nepal,http://www.wikidata.org/entity/Q837 +New Zealand,http://www.wikidata.org/entity/Q664 +Nicaragua,http://www.wikidata.org/entity/Q811 Niger,http://www.wikidata.org/entity/Q1032 -Singapore,http://www.wikidata.org/entity/Q334 Nigeria,http://www.wikidata.org/entity/Q1033 -Bahrain,http://www.wikidata.org/entity/Q398 -Uganda,http://www.wikidata.org/entity/Q1036 -Australia,http://www.wikidata.org/entity/Q408 +North Korea,http://www.wikidata.org/entity/Q423 +North Macedonia,http://www.wikidata.org/entity/Q221 +Norway,http://www.wikidata.org/entity/Q20 +Oman,http://www.wikidata.org/entity/Q842 +Ottoman Empire,http://www.wikidata.org/entity/Q12560 +Pakistan,http://www.wikidata.org/entity/Q843 +Palau,http://www.wikidata.org/entity/Q695 +Panama,http://www.wikidata.org/entity/Q804 +Papua New Guinea,http://www.wikidata.org/entity/Q691 +Paraguay,http://www.wikidata.org/entity/Q733 +People's Republic of China,http://www.wikidata.org/entity/Q148 +Peru,http://www.wikidata.org/entity/Q419 +Philippines,http://www.wikidata.org/entity/Q928 +Poland,http://www.wikidata.org/entity/Q36 +Portugal,http://www.wikidata.org/entity/Q45 +Principality of Turov and Pinsk,http://www.wikidata.org/entity/Q671362 +Qatar,http://www.wikidata.org/entity/Q846 +Republic of Cyprus,http://www.wikidata.org/entity/Q229 +Republic of Geneva,http://www.wikidata.org/entity/Q23366230 +Republic of the Congo,http://www.wikidata.org/entity/Q971 +Romania,http://www.wikidata.org/entity/Q218 +Russia,http://www.wikidata.org/entity/Q159 Rwanda,http://www.wikidata.org/entity/Q1037 -Argentina,http://www.wikidata.org/entity/Q414 +Saint Kitts and Nevis,http://www.wikidata.org/entity/Q763 +Saint Lucia,http://www.wikidata.org/entity/Q760 +Saint Vincent and the Grenadines,http://www.wikidata.org/entity/Q757 +Samoa,http://www.wikidata.org/entity/Q683 +San Marino,http://www.wikidata.org/entity/Q238 São Tomé and Príncipe,http://www.wikidata.org/entity/Q1039 -Peru,http://www.wikidata.org/entity/Q419 +Saudi Arabia,http://www.wikidata.org/entity/Q851 Senegal,http://www.wikidata.org/entity/Q1041 +Serbia,http://www.wikidata.org/entity/Q403 Seychelles,http://www.wikidata.org/entity/Q1042 -North Korea,http://www.wikidata.org/entity/Q423 Sierra Leone,http://www.wikidata.org/entity/Q1044 -Cambodia,http://www.wikidata.org/entity/Q424 -Sudan,http://www.wikidata.org/entity/Q1049 +Singapore,http://www.wikidata.org/entity/Q334 +Slovakia,http://www.wikidata.org/entity/Q214 +Slovenia,http://www.wikidata.org/entity/Q215 +Solomon Islands,http://www.wikidata.org/entity/Q685 Somalia,http://www.wikidata.org/entity/Q1045 -Eswatini,http://www.wikidata.org/entity/Q1050 -East Timor,http://www.wikidata.org/entity/Q574 -Chad,http://www.wikidata.org/entity/Q657 -New Zealand,http://www.wikidata.org/entity/Q664 -Kingdom of the Netherlands,http://www.wikidata.org/entity/Q29999 -India,http://www.wikidata.org/entity/Q668 +South Africa,http://www.wikidata.org/entity/Q258 +South African Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q550374 +South Korea,http://www.wikidata.org/entity/Q884 +South Sudan,http://www.wikidata.org/entity/Q958 +Spain,http://www.wikidata.org/entity/Q29 +Spain: Valencia,http://www.wikidata.org/entity/Q8818 +Sri Lanka,http://www.wikidata.org/entity/Q854 +State of Los Altos,http://www.wikidata.org/entity/Q738264 +Sudan,http://www.wikidata.org/entity/Q1049 +Suriname,http://www.wikidata.org/entity/Q730 +Sweden,http://www.wikidata.org/entity/Q34 +Switzerland,http://www.wikidata.org/entity/Q39 +Syria,http://www.wikidata.org/entity/Q858 +Tajikistan,http://www.wikidata.org/entity/Q863 +Tanzania,http://www.wikidata.org/entity/Q924 +Thailand,http://www.wikidata.org/entity/Q869 +The Bahamas,http://www.wikidata.org/entity/Q778 +The Gambia,http://www.wikidata.org/entity/Q1005 +Togo,http://www.wikidata.org/entity/Q945 +Tonga,http://www.wikidata.org/entity/Q678 +Trinidad and Tobago,http://www.wikidata.org/entity/Q754 +Tunisia,http://www.wikidata.org/entity/Q948 +Turkey,http://www.wikidata.org/entity/Q43 +Turkmenistan,http://www.wikidata.org/entity/Q874 Tuvalu,http://www.wikidata.org/entity/Q672 -Samoa,http://www.wikidata.org/entity/Q683 -Solomon Islands,http://www.wikidata.org/entity/Q685 +Uganda,http://www.wikidata.org/entity/Q1036 +Ukraine,http://www.wikidata.org/entity/Q212 +United Arab Emirates,http://www.wikidata.org/entity/Q878 +United Arab Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q170468 +United Kingdom,http://www.wikidata.org/entity/Q145 +United States of America,http://www.wikidata.org/entity/Q30 +Uruguay,http://www.wikidata.org/entity/Q77 +USA,http://www.wikidata.org/entity/Q30 +USA: AK,http://www.wikidata.org/entity/Q797 +USA: AL,http://www.wikidata.org/entity/Q173 +USA: AR,http://www.wikidata.org/entity/Q1612 +USA: AZ,http://www.wikidata.org/entity/Q816 +USA: CA,http://www.wikidata.org/entity/Q99 +USA: CO,http://www.wikidata.org/entity/Q1261 +USA: CT,http://www.wikidata.org/entity/Q779 +USA: DE,http://www.wikidata.org/entity/Q1393 +USA: FL,http://www.wikidata.org/entity/Q812 +USA: GA,http://www.wikidata.org/entity/Q1428 +USA: HI,http://www.wikidata.org/entity/Q782 +USA: IA,http://www.wikidata.org/entity/Q1546 +USA: ID,http://www.wikidata.org/entity/Q1221 +USA: IL,http://www.wikidata.org/entity/Q1204 +USA: IN,http://www.wikidata.org/entity/Q1415 +USA: KS,http://www.wikidata.org/entity/Q1558 +USA: KY,http://www.wikidata.org/entity/Q1603 +USA: LA,http://www.wikidata.org/entity/Q1588 +USA: MA,http://www.wikidata.org/entity/Q771 +USA: MD,http://www.wikidata.org/entity/Q1391 +USA: ME,http://www.wikidata.org/entity/Q724 +USA: MI,http://www.wikidata.org/entity/Q1166 +USA: MN,http://www.wikidata.org/entity/Q1527 +USA: MO,http://www.wikidata.org/entity/Q1581 +USA: MS,http://www.wikidata.org/entity/Q1494 +USA: MT,http://www.wikidata.org/entity/Q1212 +USA: NC,http://www.wikidata.org/entity/Q1454 +USA: ND,http://www.wikidata.org/entity/Q1207 +USA: NE,http://www.wikidata.org/entity/Q1553 +USA: NH,http://www.wikidata.org/entity/Q759 +USA: NJ,http://www.wikidata.org/entity/Q1408 +USA: NM,http://www.wikidata.org/entity/Q1522 +USA: NV,http://www.wikidata.org/entity/Q1227 +USA: NY,http://www.wikidata.org/entity/Q1384 +USA: OH,http://www.wikidata.org/entity/Q1397 +USA: OK,http://www.wikidata.org/entity/Q1649 +USA: OR,http://www.wikidata.org/entity/Q824 +USA: PA,http://www.wikidata.org/entity/Q1400 +USA: RI,http://www.wikidata.org/entity/Q1387 +USA: SC,http://www.wikidata.org/entity/Q1456 +USA: SD,http://www.wikidata.org/entity/Q1211 +USA: TN,http://www.wikidata.org/entity/Q1509 +USA: TX,http://www.wikidata.org/entity/Q1439 +USA: UT,http://www.wikidata.org/entity/Q829 +USA: VA,http://www.wikidata.org/entity/Q1370 +USA: VT,http://www.wikidata.org/entity/Q16551 +USA: WA,http://www.wikidata.org/entity/Q1223 +USA: WI,http://www.wikidata.org/entity/Q1537 +USA: WV,http://www.wikidata.org/entity/Q1371 +USA: WY,http://www.wikidata.org/entity/Q1214 +Uzbekistan,http://www.wikidata.org/entity/Q265 Vanuatu,http://www.wikidata.org/entity/Q686 -Papua New Guinea,http://www.wikidata.org/entity/Q691 -Palau,http://www.wikidata.org/entity/Q695 -Nauru,http://www.wikidata.org/entity/Q697 -Federated States of Micronesia,http://www.wikidata.org/entity/Q702 -Marshall Islands,http://www.wikidata.org/entity/Q709 -Kiribati,http://www.wikidata.org/entity/Q710 -Mongolia,http://www.wikidata.org/entity/Q711 -Fiji,http://www.wikidata.org/entity/Q712 +Vatican City,http://www.wikidata.org/entity/Q237 Venezuela,http://www.wikidata.org/entity/Q717 -Paraguay,http://www.wikidata.org/entity/Q733 -Guyana,http://www.wikidata.org/entity/Q734 -Ecuador,http://www.wikidata.org/entity/Q736 -Colombia,http://www.wikidata.org/entity/Q739 -Bolivia,http://www.wikidata.org/entity/Q750 -Trinidad and Tobago,http://www.wikidata.org/entity/Q754 -Saint Vincent and the Grenadines,http://www.wikidata.org/entity/Q757 -Saint Lucia,http://www.wikidata.org/entity/Q760 -Saint Kitts and Nevis,http://www.wikidata.org/entity/Q763 -Jamaica,http://www.wikidata.org/entity/Q766 -Grenada,http://www.wikidata.org/entity/Q769 -Guatemala,http://www.wikidata.org/entity/Q774 -The Bahamas,http://www.wikidata.org/entity/Q778 -Antigua and Barbuda,http://www.wikidata.org/entity/Q781 -Honduras,http://www.wikidata.org/entity/Q783 -Dominica,http://www.wikidata.org/entity/Q784 -Dominican Republic,http://www.wikidata.org/entity/Q786 -Haiti,http://www.wikidata.org/entity/Q790 -El Salvador,http://www.wikidata.org/entity/Q792 -Iran,http://www.wikidata.org/entity/Q794 -Iraq,http://www.wikidata.org/entity/Q796 -Costa Rica,http://www.wikidata.org/entity/Q800 -Israel,http://www.wikidata.org/entity/Q801 +Vietnam,http://www.wikidata.org/entity/Q881 +Viet nam,http://www.wikidata.org/entity/Q881 +Viet Nam: Ho Chi Minh city,http://www.wikidata.org/entity/Q1854 Yemen,http://www.wikidata.org/entity/Q805 -Jordan,http://www.wikidata.org/entity/Q810 -Nicaragua,http://www.wikidata.org/entity/Q811 -Kyrgyzstan,http://www.wikidata.org/entity/Q813 -Laos,http://www.wikidata.org/entity/Q819 -Lebanon,http://www.wikidata.org/entity/Q822 -Maldives,http://www.wikidata.org/entity/Q826 -Malaysia,http://www.wikidata.org/entity/Q833 -Myanmar,http://www.wikidata.org/entity/Q836 -Nepal,http://www.wikidata.org/entity/Q837 -Oman,http://www.wikidata.org/entity/Q842 -Pakistan,http://www.wikidata.org/entity/Q843 -Qatar,http://www.wikidata.org/entity/Q846 -Saudi Arabia,http://www.wikidata.org/entity/Q851 \ No newline at end of file +Zambia,http://www.wikidata.org/entity/Q953 +Zimbabwe,http://www.wikidata.org/entity/Q954 \ No newline at end of file diff --git a/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_sequencing_technology.csv b/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_sequencing_technology.csv index 3ec7e09..12d4e94 100644 --- a/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_sequencing_technology.csv +++ b/scripts/dict_ontology_standardization/ncbi_sequencing_technology.csv @@ -13,3 +13,5 @@ Oxford Nanopore,http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C146818 IonTorrent,http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C125894 Ion Torrent X5Plus,http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C125894 Sanger dideoxy sequencing,http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C19641 +MGISEQ 2000, http://virtual-bh/MGISEQ2000 +MGISEQ2000, http://virtual-bh/MGISEQ2000 \ No newline at end of file -- cgit v1.2.3